胶质瘤相关lncRNA表达谱分析以及PAR5在胶质瘤中的功能和机制研究

发布时间：2021-06-14 12:07

　　[研究背景]胶质瘤（Glioma）是中枢神经系统中最常见的原发性、恶性肿瘤,约占所有原发性中枢神经系统肿瘤的30%,约占中枢神经系统恶性肿瘤的80%。其中恶性度最高的是胶质母细胞瘤（glioblastomamultiforme,GBM）,约占胶质瘤的一半以上。目前国内外临床针对胶质瘤患者普遍建议采用“手术+放、化疗”综合治疗方案,但是GBM的中位生存期也仍然只有15个月左右。虽然近年来手术设备更新、技术改进、放化疗技术的不断发展,但是胶质瘤的治疗效果依旧差强人意,仍然没有取得重大突破,同时胶质瘤的明确致病因素仍不清楚,有关胶质瘤发生发展的分子机制研究一直是学术界的热点之一。2013年研究人员对胶质瘤全基因组进行了分析,结合近年来有关胶质瘤研究的相关结果,目前胶质瘤常见的突变基因有 PTEN,TP53,EGFR,PIK3CA,PIK3R1,NF1,RB1,IDH1 和 PDGFRA 等,常见易感通道有p53,Rb,PI3K等。除了研究功能基因,非编码RNA（Non coding RNA）逐渐成为包括肿瘤在内的各类生物领域研究的热点,有研究表明非编码RNA（包括micRNA、lncRNA等... 

【文章来源】：昆明医科大学云南省

【文章页数】：138 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１为ＩｎｃＲＮＡ测序实验流程图

物扩增偏差等原因，往往导致在测序过程中得到的每个ｒｅａｄ前６－１０个碱基有较??大的波动干扰，这种波动干扰属于正常情况，但是其后续循环碱基组成应该趋于??平稳。如图３所示。??Ｂａｓｅｓ?ｃｏｎｔｅｎｔ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??５〇－?Ｉ??４０??Ｉ?ｒ??０－???０?＇Ｘ?２Ｃ０?ＺＯＯ??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??图３碱基组成分布图??统计每个测序循环的碱基质量，并绘制碱基质量分布箱线图，以便从整体??水平上评估测序质量。图中循环的碱基质量平均值用蓝色线代表，蓝色长方形代??表四分位数ＩＱＲ（第一四分位点和第三四分位点）的范围，蓝色长方形外的黑色水??平线代表质量值的上限和下限。碱基质量值一般会随测序循环数的增加而有所降??低，这种情况多考虑是由于测序过程中试剂消耗以及随着时间推移酶活性降低导??致的。如图４所示。??Ｑｕａｌｉｔｙ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??３０－??９）??８??Ｗ２０－??１０??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??图４碱基质量分布图??同样道理，由于测序过程中引物扩增偏差等原因，序列前６－１０个碱基的错??误率较高，随后其趋势应该趋于平稳。但是随着测序过程中化学试剂的消耗以及??随着时间推移酶活性的降低，测序错误率又会逐渐升高。如图５所示。??２１??

平线代表质量值的上限和下限。碱基质量值一般会随测序循环数的增加而有所降??低，这种情况多考虑是由于测序过程中试剂消耗以及随着时间推移酶活性降低导??致的。如图４所示。??Ｑｕａｌｉｔｙ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??３０－??９）??８??Ｗ２０－??１０??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??图４碱基质量分布图??同样道理，由于测序过程中引物扩增偏差等原因，序列前６－１０个碱基的错??误率较高，随后其趋势应该趋于平稳。但是随着测序过程中化学试剂的消耗以及??随着时间推移酶活性的降低，测序错误率又会逐渐升高。如图５所示。??２１??

【参考文献】：
期刊论文
[1]Roles of long non-coding RNAs in gastric cancer metastasis[J]. Zi-Guo Yang,Ling Gao,Xiao-Bo Guo,Yu-Long Shi.  World Journal of Gastroenterology. 2015(17)
[2]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民.  生物技术通报. 2012(12)
[3]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒.  遗传. 2011(11)
[4]新一代高通量RNA测序数据的处理与分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,冯智星,张学工.  生物化学与生物物理进展. 2010(08)



本文编号：3229797