基于外显子测序的脑部肿瘤体细胞突变分析

发布时间：2022-07-16 19:31

　　肿瘤的发生发展伴随着基因组突变的积累和被选择,第二代高通量测序技术的发展使得肿瘤研究步入了基因组学时代。脑部肿瘤由于样本获取不易,成为肿瘤研究中的难点。为了拓展我们对脑部肿瘤形成机制的认识,结合外显子组测序技术,我们分别对Ⅱ型神经纤维瘤和脊索瘤进行了初步的研究。神经纤维瘤指起源于神经鞘细胞的一种良性肿瘤,当神经纤维瘤多发或伴发全身其它系统疾患时,称为神经纤维瘤病（Neurofibromatosis, NF）,该病有三种类型,其中Ⅱ型神经纤维瘤病（Neurofibromatosis type2, NF2）是由于NF2抑癌基因突变导致的常染色体显性遗传疾病。通过对一例散发患者的Ⅱ型神经纤维瘤样本进行了候选基因Sanger测序发现在NF2基因11号外显子区域存在一个已报道的无义突变。克隆测序结果表明该突变在患者不同胚层来源的样本中的均存在,还发现该患者在克隆测序区域就存在较多的低频突变位点,因此我们对该患者及其父母的口腔样本进行了外显子组测序,在外显子组中也观察到患者的低频突变位点要多于患者父母。通过对比患者和患者父母外显子组测序结果,在钙释放激活钙调节蛋白3（calcium release... 

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【学位级别】：硕士

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致谢
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1 体细胞突变和肿瘤发生
        1.1 体细胞突变
        1.2 体细胞突变对肿瘤发生的影响
    2 高通量测序技术
        2.1 测序技术的发展
        2.2 二代测序技术基本原理和对比
        2.3 外显子组测序技术及其应用
    3 肿瘤基因组研究
第二章 Ⅱ型神经纤维瘤病的外显子组研究
    1 引言
        1.1 Ⅱ型神经纤维瘤病的研究背景
        1.2 Ⅱ型神经纤维瘤病的研究进展
        1.3 研究目的和技术路线
    2 材料和方法
        2.1 样本采集
        2.2 DNA提取
        2.3 PCR扩增分析
        2.4 克隆测序
        2.5 外显子组测序
        2.6 测序数据分析和验证
    3 研究结果和分析
        3.1 NF2基因外显子扩增定位致病突变位点
        3.2 克隆测序量化突变位点在不同组织中的比率
        3.3 外显子组测序结果概况
        3.4 NF2基因组编码区域测序结果验证突变位点
        3.5 患者家系外显子组区域突变率具有明显差异
        3.6 De novo突变分析发现患者ORAI3基因存在一个错义突变
        3.7 定位人群稀有纯合位点
    4 结论
    5 讨论
        5.1 ORAI3对DNA修复系统及肿瘤发生的影响
        5.2 低频突变的定位和验证
        5.3 低频突变率的统计和对比
第三章 脊索瘤的外显子组研究
    1 引言
        1.1 脊索瘤研究背景
        1.2 脊索瘤研究进展
        1.3 研究目的和技术路线
    2 材料和方法
        2.1 样本采集和DNA提取
        2.2 复发肿瘤样本的全基因组扩增
        2.3 全基因组SNP分型和数据分析
        2.4 外显子组测序和分析
        2.5 等位基因型不平衡性检测
        2.6 候选位点验证
    3 研究结果和分析
        3.1 SNP芯片分型结果分析
        3.2 外显子组测序结果分析
    4 结论
    5 讨论
        5.1 脊索瘤特有突变的检测
参考文献
附录
作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果



本文编号：3663147