1、永生化上皮细胞拷贝数变异和表达数据的研究2、基因组表达谱数据与神经胶质瘤的预后分析

发布时间：2023-03-03 22:30

　　目的：了解肺癌发展的早期分子改变对肺癌的预防和早诊有重要意义,然而癌前组织通常难以获取,因此本研究选取可能和肺癌癌前病变具有相似分子特征的人支气管上皮永生化细胞作为癌前模型,对比肺癌细胞系,检测分析其拷贝数变异和表达模式,以获得可能对肺癌发展早期阶段有意义的染色体或基因改变。方法：利用array-CGH和表达谱芯片技术获得永生化上皮细胞系Y-BE和肺鳞癌细胞系NCI-H2170的拷贝数变异谱和mRNA表达谱,并利用生物信息学分析手段和GO富集分析得到有意义的拷贝数或表达改变。结果：永生化上皮细胞系Y-BE早代发生了染色体20q区段的显著扩增,而这种扩增现象同时存在于NCI-H2170细胞系中；相较于Y-BE早代细胞,Y-BE晚代细胞和NCI-H2170细胞都存在炎症反应及胚胎发育相关基因的表达改变。结论：染色体20q的扩增可能是重要的肺癌早期事件,而炎症反应和胚胎发育相关基因的调节作用可能只在肿瘤发展过程的某个特定阶段起重要作用。 目的：神经胶质瘤的通用分级WHO分级因可能引入主观因素并难以适应个性化医疗等原因需要改进与细化,本研究利用神经胶质瘤患者间的mRNA表达差异对其进行生存分析...

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

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图表索引
英语缩略词表
摘要
Abstract
第一部分 永生化上皮细胞拷贝数变异和表达数据的研究
    前言
        1. 肺癌及其癌前病变
        2. 肿瘤与细胞永生化
        3. 肺癌及癌前组织的基因组变化
        4. 研究目的及研究策略
    材料和方法
        1. 细胞培养
        2. 主要试剂或试剂盒
        3. 细胞收集及生物大分子的提取
        4. array-CGH实验流程
        5. mRNA表达谱芯片实验流程
        6. 数据分析
    结果
        1. DNA及RNA样本的各项质量控制
        2. array-CGH检测的细胞拷贝数变异
            1) 永生化上皮细胞Y-BE的拷贝数变异
            2) 肺鳞癌NCI-H2170细胞的拷贝数变异
            3) 三组细胞拷贝数变异的对比观察
        3. 表达谱芯片检测的不同细胞系间基因表达情况
            1) 表达谱差异的整体情况及GO富集结果
            2) 表达谱与array-CGH结果的整合情况
    讨论
        1. array-CGH芯片拷贝数变异分析
            1) 永生化上皮细胞Y-BE的拷贝数变异情况
            2) 肺鳞癌细胞NCI-H2170的拷贝数变异情况
            3) 拷贝数变异在三组细胞间的整体情况
        2. 表达谱芯片结果分析
            1) 永生化上皮细胞早晚代间的表达差异
            2) 肿瘤细胞相对于永生化上皮细胞的表达差异
            3) 表达谱芯片与array-CGH结果的整合情况
    小结
第二部分 基因组表达谱数据与神经胶质瘤的预后分析
    前言
        1. 神经胶质瘤及其通用分级
        2. 神经胶质瘤的分子特征与预后的关系
        3. 研究目的及研究策略
    材料和方法
        1. 临床样本的收集及患者随访
        2. 主要试剂或试剂盒
        3. RNA的提取及保存
        4. 利用Agilent(?)2100平台对样本RNA质量进行检测
        5. 表达谱芯片实验
        6. 生物信息学分析
    结果
        1. RNA样本的质量检验
        2. 用2512个基因对样本进行聚类及主成分分析分析
        3. 分子网络的获得与分析
        4. 分子网络的表达特点及关键基因
        5. 利用筛选基因对样本的预后重新分析
    讨论
        1. WHO分级对神经胶质瘤预后的作用及影响
        2. 分子网络与神经胶质瘤的关系
        3. 神经胶质瘤的分子分型：问题与展望
    小结
参考文献
文献综述
    参考文献
致谢
个人简历



本文编号：3753231