基于生物信息学的胶质母细胞瘤不良预后风险评估

发布时间：2023-06-17 22:29

　　目的:胶质母细胞瘤(GBM)是一种高度恶化的弥漫性神经胶质瘤,具有极强的浸润性。GBM的主要治疗方法为手术切除联合放化疗,但术后易复发,且预后不良,其中位生存期仅有14个月左右。因此,本文基于生物信息学分析,寻找与GBM不良预后相关的分子标志物,将有助于筛选可靠生物分子标志物,并对其进行风险评估,并具有关键意义。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)中下载GBM相关数据集,利用R语言进行差异基因分析,FDR<0.05,fold change>1,并绘制相关火山图和热图。以P<0.05作为显著性检验判别标准,对差异基因进行生存分析。利用DAVID8.4对影响总生存率的差异基因进行基因本体论(GO)和京都基因组百科全书(KEGG)富集分析,探究相关靶基因参与的生物过程、细胞组成、分子功能和信号通路;利用String数据库获取对总生存有影响的差异基因的蛋白-蛋白相互作用网络,联合Cytoscape软件中MCODE插件对前述基因进行模块分析。然后,利用Cytoscape中ClueGO插件将与GBM相关的基因簇进行GO和KEGG基因富集分析,观察通路之间的关系和基因在通路中的富集情...

【文章页数】：39 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略语
1 前言
2 材料与方法
    2.1 主要材料
    2.2 方法
        2.2.1 TCGA数据库资料下载
        2.2.2 TCGA胶质母细胞瘤数据标准化及差异表达分析
        2.2.3 差异基因的生存分析
        2.2.4 基因功能富集分析
        2.2.5 PPI相互作用网络的构建
        2.2.6 Cytoscape网络可视化分析
        2.2.7 Cox比例风险回归模型的构建
        2.2.8 ROC曲线分析
        2.2.9 风险评分相关生存分析
3 结果
    3.1 GBM中差异表达基因的筛选
    3.2 对GBM差异基因的生存分析
    3.3 基因功能富集分析
    3.4 PPI网络可视化分析
    3.5 Cox回归模型分析靶基因对GBM患者预后总生存的影响
4 讨论
5 结论
本研究创新性的自我评价
参考文献
综述
    参考文献
致谢
个人简介



本文编号：3834264