基于二代测序技术的遗传性痉挛性截瘫一家系突变情况的研究

发布时间：2017-07-15 13:08

  本文关键词：基于二代测序技术的遗传性痉挛性截瘫一家系突变情况的研究

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【摘要】：目的:对遗传性痉挛性截瘫伴薄型胼胝体(Hereditary spastic paraplegia with a thin corpus callosum,HSP-TCC)一家系进行二代测序,从而明确本家系的致病基因。方法:对本家系患者进行临床诊断,总结患者临床-遗传特点,构建标准家系图,选取4名家系成员(患者及同辈兄妹共4人)作为待测样本。1.临床诊断:病史采集、神经系统体格检查、实验室检查、颅脑MRI等;2.基因检测:取上述待测样本外周血,提取DNA。应用HSP相关致病基因全外显子测序、全外显子组测序结合Sanger测序等方法,检测本家系的基因突变情况。结果:一患者样本通过HSP相关致病基因全外显子测序,并未发现已知的HSP致病基因,但排除绝大部分临床上主诉为痉挛性截瘫的其他遗传病;随后进行另外3个样本的全外显子组测序结合Sanger测序,发现大量新发SNPs和Indels,并筛选出可能有意义的候选基因NBPF1和AHI1突变。结论:在具有典型HSP-TCC临床表现的家系患者中,其致病基因并非目前已知的HSP致病基因,而是一种新发的罕见突变,可能是目前未成功克隆的HSP亚型致病基因亦或一新发HSP亚型;通过基因芯片测序,发现大量新发SNPs和Indels,并筛选出该家系可能有意义的候选致病基因:NBPF1和AHI1基因;建立了对HSP的基因检测流程,可用于HSP患者的早期筛查和基因诊断,为产前诊断提供可靠依据;Sanger测序、自定义Gene Panel全外显子测序和全外显子组测序各有优缺点,正确选择基因检测的方法、保证测序过程的严谨和信息分析方法的完备,是确保研究结果的准确可靠的必要条件。
【关键词】：遗传性痉挛性截瘫伴薄型胼胝体 二代测序 基因突变
【学位授予单位】：南昌大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R741
【目录】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-9
• 第1章 前言9-14
• 第2章 研究对象与实验材料14-22
• 2.1 研究对象14-17
• 2.2 实验材料17-22
• 2.2.1 主要试剂17-18
• 2.2.2 主要实验设备和仪器18-20
• 2.2.3 主要生物医学应用软件20
• 2.2.4 主要生物信息学数据库20-22
• 第3章 研究方法22-50
• 3.1 全血基因组DNA样本的提取及质量检测22-23
• 3.1.1 全血基因组DNA样本的提取22
• 3.1.2 DNA质量检测22-23
• 3.2 HSP相关致病基因全外显子测序23-38
• 3.2.1 文库构建24-31
• 3.2.2 文库杂交反应31-34
• 3.2.3 杂交后文库扩增34-36
• 3.2.4 Illumina Hiseq 2500高通量测序36
• 3.2.5 生物信息处理分析36-38
• 3.3 全外显子组测序38-47
• 3.3.1 Ion AmpliSeqTM外显子组文库制备38-41
• 3.3.2 模板阳性ISPs制备41-44
• 3.3.3 芯片处理及上机测序44-47
• 3.3.4 生物信息处理分析47
• 3.4 Sanger测序验证47-50
• 3.4.1 引物设计合成47
• 3.4.2 PCR扩增与PCR产物纯化47-49
• 3.4.3 DNA测序分析目标片段49-50
• 第4章 结果50-65
• 4.1 原始数据概况50-58
• 4.1.1 HSP相关致病基因全外显子测序50-51
• 4.1.2 全外显子组测序51-58
• 4.1.3 Sanger测序58
• 4.2 突变分析58-65
• 4.2.1 HSP相关致病基因全外显子测序58-59
• 4.2.2 全外显子组测序59-65
• 第5章 讨论65-72
• 5.1 HSP和HSP-TCC65-67
• 5.2 一代测序和二代测序67-69
• 5.3 NBPF1和AHI1基因69-72
• 第6章 结论72-73
• 6.1 结论72
• 6.2 进一步工作的方向72-73
• 致谢73-74
• 参考文献74-78
• 附表78-92
• 攻读学位期间的研究成果92-93
• 综述93-102
• 参考文献99-102

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前8条

1 郭奕斌;;基因诊断中测序技术的应用及优缺点[J];遗传;2014年11期

2 王珍珍;岑志栋;罗巍;;伴远端肌萎缩遗传性痉挛性截瘫的分子遗传学研究进展[J];中华医学遗传学杂志;2013年04期

3 张雷;徐爱军;;遗传性痉挛性截瘫研究进展[J];临床荟萃;2013年03期

4 刘朋虎;林冬梅;林占q，

本文编号：543993