糖蛋白Iba介导黏附和信号转导的结构的分子动力学模拟

发布时间：2021-08-25 15:13

　　糖蛋白Ibα（GPIbα）是血小板黏附受体糖蛋白Ib-IX-V复合物的主要成员,介导血小板在高剪切率环境黏附到血管内皮附着的血管性血友病因子（VWF）,引起血小板的分泌和聚集。抑制GPIbα的与VWF的结合,或抑制这种结合的信号转导可以阻止动脉粥样硬化引发的血栓形成,而不会干扰生理性的止血。因此,GPIbα是抗血栓药物的理想靶点,对这个分子与VWF、与细胞骨架的相互作用以及这些过程中的力-化学信号的传导的清楚认识是开发这类抗血栓药物的前提。本研究的第一部分根据流动分子动力学模拟中GPIbα的β开关部位的构象改变,讨论了这种构象改变对这个分子与VWF结合的调控;第二部分根据拉伸分子动力学模拟中GPIbα的羧基端结构域和细丝蛋白A的IgFLNa17结构域间分子键受力断裂的情况,讨论了该分子键传导力-化学信号的可能机制。本研究使用的分子动力学模拟技术是计算生物学、结构化学和药物设计等领域重要的研究方法,该方法用计算机进行数值模拟重现系统的物理行为,据此解析生物大分子的性质。GPIbα细胞外的GPIbαN结构域的β开关部位直接与VWF结合。在复合物中,该部位的构象是β发夹。血流可能促使β开关部... 

【文章来源】：中山大学广东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：154 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 前言
    1.1 研究背景和意义
    1.2 研究现状
    1.3 主要研究思路
第2章 分子动力学模拟
    2.1 简介
    2.2 基本理论
    2.3 应用软件
第3章 GPIbα的β开关的分子动力学模拟
    3.1 引言
    3.2 材料与方法
    3.3 结果
    3.4 讨论
    3.5 小结
第4章 GPIbα/IgFLNa17 的 分子动力学模拟
    4.1 引言
    4.2 材料与方法
    4.3 结果
    4.4 讨论
    4.5 小结
第5章 总结和展望
参考文献
附录A GPIbαN 结构域自由分子动力学模拟的配置
    A.1 第一个准备阶段
    A.2 第二个准备阶段
    A.3 生产性阶段
附录B GPIbα的β开关分子动力学模拟的配置
    B.1 自由分子动力学
    B.2 流动分子动力学
附录C GPIbα/IgFLNa17 的 SMD 模拟 的
    C.1 准备阶段
    C.2 生产性阶段
附录D GPIbα的β开关构象的原始数据
    D.1 主链氢键的形成
    D.2 β开关残基的旋转
附录E GPIbα/IgFLNa17 的 SMD 模拟 的
在学期间发表论文情况
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]出血与血栓性疾病的诊断和治疗进展[J]. 阮长耿.  临床血液学杂志. 2010(01)
[2]细胞-分子生物力学研究进展[J]. 吕守芹,杨帆,龙勉.  医用生物力学. 2009(02)
[3]1959～2002年广西城乡居民膳食结构的变迁[J]. 陈兴乐,唐振柱,陈正清,林霞,张惠君,韩彦彬,黄兆勇,杨娟,阮青,陈钦艳,方志峰,陈莉,黄江平,刘仲霞,李玉英,梁裕玉,尹进禄.  广西医学. 2008(01)



本文编号：3362355