Has-miR-150及其潜在靶向调控的红细胞膜蛋白的生物信息学挖掘

发布时间：2017-09-02 10:26

  本文关键词：Has-miR-150及其潜在靶向调控的红细胞膜蛋白的生物信息学挖掘

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【摘要】：红系发育是一个高度有序的过程,红系分化发生了包括细胞膜蛋白组成成份和构造的改变在内的一系列巨大的变化,红细胞膜蛋白结构和功能的稳定性是成熟红细胞维持形变能力和稳定性的必备元件。红细胞膜蛋白在生成的过程受到多层次、多因素的调控。miRNA是一种非蛋白质的新型基因表达调控因子,为内源性非编码小分子RNA(18-25个核苷酸),通过结合到靶分子mRNA的3'UTR,引起靶分子1nRNA的降解或翻译抑制导致目的蛋白表达减少。本文通过对has-miR-150的生物信息学分析并筛选发现5种红系膜骨架蛋白共6种编码基因均是has-miR-150的可能靶标,包括SLC4A1(band3)、 EPB41(4.1R)、ANK1(ankyrin R)、GYPC (GPC)、SPTA1(a-spectrin)和SPTB(β-spectrin)等,这些基因3'UTR均含有has-miR-150预测靶点；进一步利用各种线上线下软件对这些红细胞膜蛋白的编码基因、理化性质、跨膜结构、氨基酸修饰情况、二级和三级结构等进行了分析。为进一步通过实验验证has-miR-150与这些基因的靶向关系提供了生物信息学数据。红细胞膜蛋白分子结构最新模型认为spectrin四聚体构成红细胞基础骨架,此骨架一蛋白位点通过与膜蛋白4.1R、Band3和GPC结合,另一蛋白位点通过与膜蛋白ankyrin R、Band3结合,形成4.1R复合物和Band3复合物。has-miR-150能够同时靶向调控这群蛋白,体现了has-miR-150在红细胞膜蛋白生成中发挥的重要作用。
【关键词】：has-miR-150 红细胞膜蛋白 靶向调控 生物信息学
【学位授予单位】：中南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：Q78
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目录7-10
• 1 绪论10-14
• 1.1 研究背景10-11
• 1.2 国内外研究现状11-12
• 1.3 论文的研究内容及意义12
• 1.4 本文的组织结构12-14
• 2 miR-150生物信息学分析14-19
• 2.1 has-miR-150基本信息检索14-15
• 2.2 has-miR-150靶基因查找15-18
• 2.2.1 实验已证实的has-miR-150靶基因查找15
• 2.2.2 has-miR-150预测靶基因的查找15-16
• 2.2.3 查找红系膜骨架蛋白编码基因中被预测为has-miR-150的靶基因16-18
• 2.3 小结18-19
• 3 基因SLC4A1及其翻译产物的分析19-34
• 3.1 SLC4A1基因的数据库检索19-20
• 3.2 SLC4A1 MRNA序列的数据库检索20-22
• 3.3 band3(SLC4A1)蛋白氨基酸序列的数据库检索22-23
• 3.4 band3蛋白质理化性质分析23-24
• 3.5 band3亲水性/疏水性分析24-25
• 3.6 band3信号肽分析25-26
• 3.7 band3跨膜结构域分析26-27
• 3.8 band3氨基酸翻译后修饰分析27-31
• 3.9 band3亚细胞定位分析31
• 3.10 band3二级结构预测31-32
• 3.11 band3三维结构预测32-33
• 3.12 小结33-34
• 4 基因EPB41及其翻译产物的分析34-48
• 4.1 EPB41基因的数据库检索34-35
• 4.2 EPB41 mRNA序列的数据库检索35-37
• 4.3 4.1R(EPB41)蛋白氨基酸序列的数据库检索37-38
• 4.4 4.1R蛋白质理化性质分析38-39
• 4.5 4.1R亲水性/疏水性分析39-40
• 4.6 4.1R信号肽分析40-41
• 4.7 4.1R跨膜结构域分析41-42
• 4.8 4.1R氨基酸翻译后修饰分析42-45
• 4.9 4.1R亚细胞定位分析45
• 4.10 4.1R二级结构预测45-46
• 4.11 4.1R三维结构预测46-47
• 4.12 小结47-48
• 5 基因ANK1及其翻译产物的分析48-67
• 5.1 ANK1基因的数据库检索48-49
• 5.2 ANK1 mRNA序列的数据库检索49-52
• 5.3 ankyrin(ANK1)蛋白氨基酸序列的数据库检索52-53
• 5.4 ankyrin蛋白质理化性质分析53-55
• 5.5 ankyrin亲水性/疏水性分析55
• 5.6 ankyrin信号肽分析55-56
• 5.7 ankyrin跨膜结构域分析56-57
• 5.8 ankyrin氨基酸翻译后修饰分析57-64
• 5.9 ankyrin亚细胞定位分析64
• 5.10 ankyrin二级结构预测64-65
• 5.11 ankyrin三维结构预测65-66
• 5.12 小结66-67
• 6 基因GYPC及其翻译产物的分析67-77
• 6.1 GYPC基因的数据库检索67
• 6.2 GYPC mRNA序列的数据库检索67-68
• 6.3 GPC(GYPC)蛋白氨基酸序列的数据库检索68-69
• 6.4 GPC蛋白质理化性质分析69-70
• 6.5 GPC亲水性/疏水性分析70-71
• 6.6 GPC信号肽分析71
• 6.7 GPC跨膜结构域分析71-72
• 6.8 GPC氨基酸翻译后修饰分析72-73
• 6.9 GPC亚细胞定位分析73-74
• 6.10 GPC二级结构预测74-75
• 6.11 GPC三维结构预测75-76
• 6.12 小结76-77
• 7 基因SPTA1和SPTB及其翻译产物的分析77-87
• 7.1 SPTA1和SPTB基因的数据库检索77-79
• 7.1.1 SPTA1基因的数据库检索77-78
• 7.1.2 SPTB基因的数据库检索78-79
• 7.2 SPTA1和SPTB MRNA序列的数据库检索79-80
• 7.2.1 SPTA1 mRNA序列的数据库检索79
• 7.2.2 SPTB mRNA序列的数据库检索79-80
• 7.3 α-spectrin和β-spectrin氨基酸序列的数据库检索80-81
• 7.4 α-spectrin和β-spectrin理化性质分析81-85
• 7.4.1 α-spectrin理化性质分析81-83
• 7.4.2 β-spectrin理化性质分析83-85
• 7.5 α-spectrin和β-spectrin二级结构预测85-86
• 7.5.1 α-spectrin二级结构预测85
• 7.5.2 β-spectrin二级结构预测85-86
• 7.6 小结86-87
• 8 总结与展望87-89
• 参考文献89-92
• 致谢92

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 王志伟;;miR-191通过下调Riok3和Mxi1基因来调节小鼠成红细胞去核[J];农业生物技术学报;2011年02期

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本文编号：778002