应用下一代测序技术检测分析鼻咽癌易感性相关单核苷酸多态性

发布时间：2017-10-16 05:03

  本文关键词：应用下一代测序技术检测分析鼻咽癌易感性相关单核苷酸多态性

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【摘要】：目的 肿瘤为多基因遗传疾病,鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是高发于中国南部及东亚地区的头颈部肿瘤,其发生发展与基因密切相关。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是继限制性片段长度多态性和微卫星多态性之后成立的第三代遗传标记物,其研究有助于了解疾病发病机理、诊断、个体治疗及疾病易感性。下一代测序技术(next-generation sequencing technology,NGS)是能一次性对几十万到几百万条基因分子进行序列测定的新型高通量测序技术,较聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、探针杂交等传统基因检测技术更加简便快捷。因此,本课题设计应用NGS技术检测分析NPC易感性相关SNP,以期得出NPC易感性相关SNP,从而为NPC早期预防早期筛查提供依据。方法 通过检索Pub Med、Web of Science和SD英文数据库,检索年限至2014年4月,全面收集有关东亚人群NPC易感性相关SNP的病例对照研究,合并相同基因相同SNP报道的文章进行Meta分析,剔除不足2篇报道及阴性结果的SNP,得出具有统计学意义的SNP。然后我们收集40例2014年6-7月就诊于广东药学院附属第一医院肿瘤科经病理确诊为鼻咽癌的患者的外周静脉血标本,同时收集40例同期同医院体检中心体检正常人群的外周静脉血标本,针对上述具有统计学意义的SNP设计病例对照研究,基因提取、扩增、高通量仪检测分析80例样本的上述SNP位点情况。结果 经数据库搜索、Meta分析得出15个NPC易感性相关的显著位点:TP53(rs1042522,CG)、GSTM1(+/DEL)、IL-10(rs1800896,AG)、GABBR1(rs2076483,TC)、MDM2(rs2279744,TG)、mi R-146a(rs2910164,CG)、MDS1-EVI1(rs6774494,GA)、XPC(rs2228000,CT)、GABBR1(rs29232,GA)、HCG9(rs3869062,AG)、HLA-F(rs3129055,TC)、HCG9(rs16896923,TC)、MMP2(rs243865,CT)、SPLUNC1(rs2752903,TC)、SPLUNC1(rs750064,AG);其中mi R-146a(rs2910164,CG)、HCG9(rs3869062,AG)、HCG9(rs16896923,TC)、MMP2(rs243865,CT)、GABBR1(rs2076483,TC)、TP53(rs1042522,CG)这6个SNP位点突变可降低NPC患病风险,其余9个SNP位点突变可增加NPC患病风险。再针对这15个位点进行病例对照研究,实验得出:HCG9(rs3869062,AG)基因型AG与AA基因型相比,明显增加鼻咽癌的发病风险;GABBR1(rs29232,GA)的突变可能是鼻咽癌发病的保护因素;GSTM1缺失型突变明显与鼻咽癌的发病有关,可能增加鼻咽癌的发病风险;而其他单核苷酸多态性变异均未发现与鼻咽癌有显著联系。结论 综合分析本课题各部分结果得出:GSTM1的位点缺失可增加鼻咽癌发病风险;HCG9(rs3869062,AG)及GABBR1(rs29232,GA)的位点突变可能与NPC易感性具有一定的关联。
【关键词】：鼻咽癌 下一代测序技术 易感性 单核苷酸多态性
【学位授予单位】：广东药学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R739.63
【目录】：

• 摘要6-8
• Abstract8-10
• 前言10-13
• 第一章 鼻咽癌易感性相关单核苷酸多态性筛查13-17
• 1 材料与方法13-14
• 1.1 检索策略13
• 1.2 纳入标准13-14
• 1.3 数据提取14
• 1.4 数据分析14
• 2 结果14-16
• 2.1 纳入文献情况14
• 2.2 多态位点与鼻咽癌易感性的关系14-16
• 3 讨论16-17
• 第二章 P53 及GSTM1 基因多态性与东亚人群鼻咽癌易感性的Meta分析17-25
• 1 材料与方法17-19
• 1.1 检索策略17-18
• 1.2 纳入与排除标准18
• 1.3 数据提取18
• 1.4 纳入文献质量评价18
• 1.5 数据分析18-19
• 2 结果19-22
• 2.1 纳入研究的基本特征19
• 2.2 P53 基因多态性与NPC易感性的关联19-22
• 2.3 GSTM1 基因多态性与NPC易感性的关联22
• 2.4 敏感性分析及发表偏倚评价22
• 3 讨论22-25
• 第三章 应用下一代测序技术研究15个SNP与鼻咽癌易感性的关系25-50
• 1 实验材料与主要仪器28-33
• 1.1 主要试剂及耗材30
• 1.2 主要仪器30
• 1.3 SNP位点编号信息30-31
• 1.4 引物信息31-33
• 2 实验方法33-41
• 2.1 外周静脉血DNA提取及质检33-35
• 2.1.1 基因组提取33
• 2.1.2 DNA浓度测定33-34
• 2.1.3 DNA质检34-35
• 2.2 样本前处理35-38
• 2.2.1 目的片段扩增35
• 2.2.2 获取大量目的片段35-36
• 2.2.3 目的片段质检36-37
• 2.2.4 目的片段连接带标签磁珠37-38
• 2.2.5 连接目的片段的磁珠(Beads)回收混合38
• 2.3 高通量测序38-41
• 2.3.1 点样前准备38
• 2.3.2 点样38
• 2.3.3 启动测序仪38-39
• 2.3.4 组装反应小室39
• 2.3.5 反应小室安装39
• 2.3.6 配制反应试剂39-40
• 2.3.7 试剂参数设置40
• 2.3.8 开始测序40
• 2.3.9 测序结束关机40-41
• 2.3.10 测序结果分析及统计学分析41
• 3 实验结果41-48
• 3.1 样本特征41
• 3.2 基因质检结果41-42
• 3.3 高通量仪自动识别处理分析结果42
• 3.4 15 个SNP各基因型分布情况42-45
• 3.5 各SNP正常组HWE分析45-46
• 3.6 各SNP与NPC易感性关联的统计学分析46-48
• 4 讨论48-50
• 全文小结50-52
• 参考文献52-58
• 附录58-62
• 1 缩略语58-59
• 2 调查表及知情同意书59-62
• 已发表综述62-69
• 攻读学位期间发表论文69-70
• 致谢70

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本文编号：1040746