先天性小耳畸形微小RNA综合调控网络的生物信息学分析

发布时间：2021-07-11 06:16

　　目的构建以miRNA为中心的综合调控网络,探讨关键miRNA、靶基因、转录因子、长链非编码RNA与先天性小耳畸形发病间的关系,为进一步明确病因提供新的研究思路。方法分析小耳畸形残耳软骨与健侧耳软骨间miRNAs差异表达谱,基于24个差异表达的miRNAs,预测靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控图并对关键节点进行生物信息学分析。结果基于24个差异miRNAs,共预测到154个靶基因,209个转录因子和22个长链非编码RNA。MiR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521,靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1,转录因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2和长链非编码RNA TUG1、MIAT间存在相互调节作用构成关键模块。MiR-221/222-3p可与靶基因TRPS1、ZEB2,转录因子FOS、EP300、STAT1及lncRNA MIAT相互调控,靶基因ZEB2与转录因子STAT1在调控网络中作为关键节点可连接多个靶点构成综合调控网络。结论初步建立了先天性小耳畸形综合调控网络,找到了... 

【文章来源】：世界最新医学信息文摘. 2019,19(51)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

综合调控网络图

世界最新医学信息文摘2019年第19卷第51期115投稿邮箱：zuixinyixue@126.com橙色三角形代表TF，蓝色正方形代表lncRNA。2.2筛选关键调控网络。通过文献查询及预测结果，筛选出与胚胎发育、耳发育、软骨发育、先天性疾病等相关的靶点，初步得到miRNA-gene-LncRNA-TFs主要的综合调控图（图2）。再根据各个节点间连接度的大小，筛选出关键模块（图3）。图2miRNA-gene-TF-LncRNA主要关系网络图3讨论本研究从miRNA角度对先天性小耳畸形进行研究，致力于寻找新的致病靶点及调控途径。通过生物信息学图3调控网络关键模块分析构建调控网络，发现miR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521，靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1，转录因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2，长链非编码RNATUG1、MIAT在先天性小耳畸形中可能起关键作用。表1与小耳畸形相关的差异表达的miRNAmiRNAs序列（5’-3’）Foldchangep-value残耳软骨组织中上调的miRNAsmiR-3613-3pACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUC3.2880.036miR-1255b-2-3pAACCACUUUCUUUGCUCAUCCA2.1410.019miR-151a-3pCUAGACUGAAGCUCCUUGAGG3.1030.035miR-4699-3pAAUUUACUCUGCAAUCUUCUCC2.3270.039miR-4521GCUAAGGAAGUCCUGUGCUCAG2.4780.011miR-221-3pAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC2.4660.024miR-320cAAAAGCUGGGUUGAGAGGGU2.3350.033miR-181a-3pACCAUCGACCGUUGAUUGUACC2.8220.023miR-222-3pAGCUACAUCUGGCUACUGGGU,2.8880.036miR-4324CCCUGAGACCCUAACCUUAA3.0680.037miR-4668-5pAGGGAAAAAAAAAAGGAUUUGUC3.1480.029miR-301a-3pCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC2.4810.034残耳软骨组织中下调的miRNAsmiR-43

钚乱窖?畔⑽恼?019年第19卷第51期115投稿邮箱：zuixinyixue@126.com橙色三角形代表TF，蓝色正方形代表lncRNA。2.2筛选关键调控网络。通过文献查询及预测结果，筛选出与胚胎发育、耳发育、软骨发育、先天性疾病等相关的靶点，初步得到miRNA-gene-LncRNA-TFs主要的综合调控图（图2）。再根据各个节点间连接度的大小，筛选出关键模块（图3）。图2miRNA-gene-TF-LncRNA主要关系网络图3讨论本研究从miRNA角度对先天性小耳畸形进行研究，致力于寻找新的致病靶点及调控途径。通过生物信息学图3调控网络关键模块分析构建调控网络，发现miR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521，靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1，转录因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2，长链非编码RNATUG1、MIAT在先天性小耳畸形中可能起关键作用。表1与小耳畸形相关的差异表达的miRNAmiRNAs序列（5’-3’）Foldchangep-value残耳软骨组织中上调的miRNAsmiR-3613-3pACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUC3.2880.036miR-1255b-2-3pAACCACUUUCUUUGCUCAUCCA2.1410.019miR-151a-3pCUAGACUGAAGCUCCUUGAGG3.1030.035miR-4699-3pAAUUUACUCUGCAAUCUUCUCC2.3270.039miR-4521GCUAAGGAAGUCCUGUGCUCAG2.4780.011miR-221-3pAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC2.4660.024miR-320cAAAAGCUGGGUUGAGAGGGU2.3350.033miR-181a-3pACCAUCGACCGUUGAUUGUACC2.8220.023miR-222-3pAGCUACAUCUGGCUACUGGGU,2.8880.036miR-4324CCCUGAGACCCUAACCUUAA3.0680.037miR-4668-5pAGGGAAAAAAAAAAGGAUUUGUC3.1480.029miR-301a-3pCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC2.4810.034残耳软骨组织中下调的miRNAsmiR-4309CUG

【参考文献】：
期刊论文
[1]先天性小耳畸形microRNA及mRNA表达谱的变化及关键靶基因的筛选[J]. 宋宇鹏,杨庆华,林琳,蒋海越,张玲,潘博,何乐人,赵延勇.  医学研究杂志. 2017(06)



本文编号：3277511