基于TMT标记定量蛋白组学分析SATB1过表达前后鼻咽癌细胞中差异蛋白质及信号富集

发布时间：2022-04-26 18:51

　　目的:分析富含AT序列的特异性核基质区结合蛋白1（SATB1）表达改变对人鼻咽癌（NPC）细胞中蛋白表达谱特征的影响,并采用生物信息学富集分析差异信号通路。方法:利用SATB1过表达慢病毒和阴性对照慢病毒感染CNE1细胞,获得稳定表达细胞系。提取2组细胞的总蛋白,利用TMT标记蛋白定量技术和串联质谱分析技术筛选出差异表达蛋白,采用RT-qPCR对差异蛋白编码基因在mRNA水平进行定量验证;应用GO数据库对差异表达蛋白进行注释和富集分析,应用KEGG数据库对差异蛋白涉及信号通路进行富集分析。结果:SATB1过表达慢病毒感染CNE1细胞后获得稳定表达细胞系。与对照组相比,过表达SATB1的CNE1细胞鉴别出278个差异表达蛋白,其中115个表达上调,163个表达下调;采用RT-qPCR对10个代表性差异蛋白的编码基因进行mRNA水平的验证,其结果与蛋白组学结果具有一致性。GO数据库分析差异表达蛋白主要参与了细胞过程、单有机体过程、生物调控和代谢过程,发挥生物分子结合和催化等分子功能;细胞组件主要存在于细胞部分、细胞以及细胞器上。KEGG数据库分析显示差异表达蛋白参与和肿瘤关系密切的信号通路... 

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
材 料 和 方 法
    1 细胞系、主要试剂及仪器
    2 方法
        2.1 SATB1稳定表达细胞系的构建
        2.2 样本处理和收集
        2.3 滤膜辅助蛋白酶解法酶解蛋白
        2.4 TMT标记
        2.5 液相色谱-串联质谱
        2.6 Western blot实验
        2.7 RT-qPCR实验
    3 数据处理与分析
结 果
    1 成功构建SATB1过表达CNE1细胞系
    2 蛋白样本质控
    3 差异表达蛋白的鉴定和筛选
    4 差异表达蛋白的验证
    5 GO(gene oncology)注释及富集分析
    6 KEGG通路注释及富集分析
讨 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于CRISPR/Cas9技术构建SETD2基因敲除鼻咽癌细胞株并分析其增殖特性[J]. 王思思,廖晓敏,邵钟铭,袁建玲,封慕茵,哈艳平,李汝佳,申志华,揭伟.  中国病理生理杂志. 2018(12)
[2]SATB1高表达通过促进上皮-间充质转化而介导鼻咽癌细胞侵袭和转移[J]. 贾亚楠,王可可,王思思,廖晓敏,封慕茵,袁建玲,邵钟铭,揭伟,申志华.  中国病理生理杂志. 2018(09)
[3]SATB1在鼻咽癌中的表达及意义[J]. 潘志勇,邓燕飞,周冬妮,殷平.  齐齐哈尔医学院学报. 2011(22)



本文编号：3648542