过敏性鼻炎患者异常甲基化状态分析和关键基因/信号通路的确认

发布时间：2023-04-30 00:23

　　目的通过搜集数据库,进行生物信息学(甲基化组学)分析,确定过敏性鼻炎患者与健康对照的差异甲基化基因(DMGs),进而探讨DMGs中关键基因及富集通路在过敏性鼻炎发病中可能的重要机制和作用。方法从GEO数据库中获取过敏性鼻炎患者和健康对照者的甲基化组学数据集(GSE100386,GSE50222),然后进行一系列生物信息学分析。首先利用R语言进行PCA分析,筛选差异甲基化位点DMCs及DMGs(阈值:Δβ=0.1,P<0.05)。利用STRING(10.0)进行蛋白互作分析,最后利用基因集富集分析(GSEA)对关键基因及其相关通路进行富集分析。结果经过PCA分析,GSE100386数据不显著被排除。GSE50222中花粉季外过敏性鼻炎患者和对照组相比共有2847个差异甲基化CpGs,对应1594个DMGs,花粉季中过敏性鼻炎患者和对照组相比共有950个差异甲基化CpGs,对应530个DMGs,Venn图显示其中重叠基因共458个。经过PPI分析得到STAT3、IL5、TP53、HDAC9、SMAD3等hub基因。GSEA分析发现关键DMGs所富集的Th17 cell differe...

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【文章目录】：
1资料与方法
    1.1 数据库选择。
    1.2 主成分分析。
    1.3 差异甲基化位点统计。
    1.4 蛋白互作分析。
    1.5 差异基因通路富集分析。
    1.6 统计学分析。
2结果
    2.1 数据筛选及主成分分析。
    2.2 差异甲基化位点统计。
    2.3 PPI揭示关键Hub基因。
    2.4 差异甲基化基因通路富集分析。
3讨论



本文编号：3806042