人肌球蛋白7A基因非同义单核苷酸多态性位点潜在致聋突变的预测分析

发布时间：2017-08-09 05:10

  本文关键词：人肌球蛋白7A基因非同义单核苷酸多态性位点潜在致聋突变的预测分析

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【摘要】：目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(ns SNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的ns SNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的db SNP数据库(db SNP)和Deafness Variation Database数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、Poly Phen-2、PANTHER、Ph D-SNP、Mutation Taster、SNPGO和Mut Pred软件进行ns SNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用Clustal X2和Gene Doc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的ns SNPs位点保守性;最后,应用Swiss Model平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的ns SNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关ns SNPs位点;高风险致病的ns SNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosin motor)结构域,其中12个预测有致病风险的ns SNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性ns SNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性ns SNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的ns SNPs筛选具有重要的参考价值。
【作者单位】： 南京医科大学基础医学院生物技术系;
【关键词】： 人肌球蛋白A 非同义单核苷酸多态性 遗传性耳聋 基因型 表型
【分类号】：R764.43
【正文快照】： 人肌球蛋白7A(myosinⅦA,MYO7A)基因是人类较常见的致聋基因,包含55个外显子。MYO7A蛋白由2215个氨基酸残基构成,包含多个复杂的结构域[肌球蛋白马达(myosin motor)结构域、IQ1~IQ5结构域、SH3结构域、2个My TH结构域和2个FERM结构域]。免疫定位法发现MYO7A蛋白存在于内耳毛细

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本文编号：643631