肝硬化患者口咽部优势菌群结构特征研究

发布时间：2020-02-09 03:08

【摘要】：目的：建立一种适用于口咽部微生物群落结构研究的DNA富集方案,描述肝硬化患者及并发肺炎患者口咽部优势菌群结构特征。 方法：采集健康对照组、肝硬化组及肝硬化并发肺炎组的咽拭子,提取咽拭子的DNA,经全基因组扩增技术(WGA)富集后再使用细菌16S rRNA基因V3区通用引物进行PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)获得优势菌群的指纹图谱。对优势条带进行割胶回收测序,对DGGE指纹图谱进行多样性分析,主成分分析,对优势条带进行灰度分析及检出率分析。 结果：(1)经WGA富集后结合PCR-DGGE,我们成功地获得了清晰的口咽部DGGE指纹图谱。(2)肝硬化并发肺炎组口咽部优势菌群的多样性最高,其次是肝硬化组,健康对照组最低。主成分分析结果显示肝硬化并发肺炎组、肝硬化组和健康对照组各组各自聚集,区分良好,肝硬化并发肺炎组感染相同病原菌的个体聚在一起。(3)肝硬化组与健康对照组相比,发现有7个菌群发生变化,弯曲杆菌属(32.4)菌群水平降低,嗜血杆菌属(34.5)、链球菌属/乳杆菌属(45.5)、月形单胞菌属(61.3)和Olsenella(90.9)菌群水平增高,Bulleidia(26.5)和链球菌属(33.0)菌群检出率增高。 结论：优化的WGA富集方案结合PCR-DGGE技术可以直观地展示口咽部优势菌群的分子生态结构。肝硬化患者口咽部粘膜优势菌群结构显著不同于健康人。初步筛选出的7个微生物的变化可能是肝硬化患者并发肺部感染的诱因,但确定这些标志性微生物仍需要后期的大样本量的验证。
【图文】：

首先对4个个体咽拭子DNA直接进行PCR-DGGE评估口嚼部枯膜细菌群落，，结果如图1-1中的AO-DO所示。AO能显示出3个模糊的条带；B0和CO的DGGE指纹图谱仅能较清晰地显示出3-4个条带，其它条带较为模糊；DO能清晰地显示出1个条带，其它条带较为模糊。对于清晰的条带后续能进行割胶回收测序获得条带种系型的信息，但从模糊的条带中难以得到DNA信息，且每个泳道的条带数都较少，获得的细菌种系的信息还不如直接培养获得的物种信息多。A1 AO B1 BO CI CO D1 DO. ? ‘ "? --ff.；P璱基暴徐pc ■, 丨W：,：：:IS: ?一ssa.j _ o ~ ,■?--- ? . a8Wm?-<v.,：；?一的 、 :17' 'Si tts(iMgi(a|Ml 分 Ml X -6 悘N

本文编号：2577689