乙型肝炎病毒基因型、亚型分布及与临床关系的研究

发布时间：2020-05-22 07:06

【摘要】：背景:乙型肝炎病毒(hepatitis virus,HBV)感染是威胁人类生命建康的全球性问题。全世界约有30亿人曾感染过HBV,近3.5亿人为慢性HBV感染者。而我国约有9300万慢性HBV感染者,其中慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者约2000万例。HBV感染可引起急、慢性肝炎、肝衰竭、肝硬化、肝癌以致死亡。HBV的逆转录是利用其自身的逆转录酶进行的,但该酶缺乏校正功能,在复制过程中容易发生核苷酸序列的错误配对,导致同一病毒核酸序列的差异,表现为不同的基因型、亚型。目前根据全基因组核苷酸序列差异≥8%或S基因序列差异≥4%可将HBV分为A～H 8个基因型;按照全基因组序列差异≥4%而≤8%,将基因型分为不同的基因亚型。近年来研究显示,HBV基因型和亚型具有明显的区域分布差异。在我国大陆地区流行的HBV基因型有A、B、C、D四种,在北方地区,以C型为主;南方则以B型为主;D型存在多数地区,尤其多见于部分少数民族。C型主要有C1和C2亚型,C2亚型主要分布在北方和东南地区,C1亚型主要在南方地区;B型中B2亚型多见。目前认为,HBV基因型、亚型可能与其相关肝病的临床表现、疾病进展、治疗、转归有关。所以研究地区基因型、亚型的分布情况及与临床的关系有着重要的意义。 目的:了解本组资料HBV基因型、亚型的分布情况及与临床的关系,以实现临床个体化治疗及管理。 方法:1、2009年1月-2010年3月于北京地坛医院收集的HBV相关肝病患者118例,入选标准:符合2000年《病毒性肝炎防治方案》诊断标准及未经过任何抗病毒治疗的患者。排除标准:合并其他肝炎病毒感染者、其他原因引起的肝脏损害者、免疫功能亢进或低下者、血糖及肾功能异常者、妊娠等。采集空腹静脉血10ml,分离血清后,置-20℃保存备用;检测ALT、AST、HBVDNA定量及HBeAg定量等。 2、选取Genbank中基因A~D型HBV全基因组序列作为参照序列设计引物,提取患者血清HBV DNA,经巢式PCR (nt-PCR)扩增,对琼脂凝胶电泳结果阳性的产物用双脱氧测序法测序。所得序列与GenBanK中S基因区的64个标准亚型序列用Contig-Express、BioEdit进行编辑比对后,通过MEGA4软件构建亚型进化树。 3、统计学方法分析不同基因型、亚型的临床结局。 结果:1.本组118例患者中有81例C基因型(68.64%);34例D基因型(28.81%);3例B基因型(2.54%);C基因型发现C1和C2亚型,D基因型发现D1和D4亚型,B型发现B1和B4亚型,以C2(64.41%)和D4(27.97%)亚型为主。2.C基因型尤以C2亚型在原发性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组的患者占有较高的比例(90.00%),D基因型尤以D4亚型在肝硬化(1iver cirrhosis,LC)患者中的比例较高(30.00%),而3例B基因型仅在CHB、LC患者中发现,但在CHB、LC、肝衰竭(hepatic failure,HF)、HCC各组患者中的基因型及亚型分布无显著差异(P0.05)。3.C基因型在年龄、性别、ALT、HBeAg阳性率、HBV DNA定量较D型高,但差异无统计学意义(P0.05)。以上各临床指标在C2与D4亚型中也无统计学差异(P0.05)。 结论:1.本组资料基因型以C型为主,其次是D、B型,未发现其他基因型。2.亚型有B1、B4、C1、C2、D1、D4,其中以C2亚型为主,D4亚型次之;3.CHB、LC、HF、HCC患者之间的各基因型、亚型无明显区别;4.C和D基因型、C2和D4亚型患者间的性别、年龄、血清学及病毒学指标无明显差异;5.对于本组资料是否具有其他基因型、亚型,及其与相关性肝病临床表现、病程进展、治疗、预后是否有相关性、如何相关,需要进一步扩大样本量深入研究。
【图文】：

山西医科③ 取第二轮 PCR 产物 3μl 和 10×加样缓冲液 1μl，用移液器混匀后慢加同时加入 DNA 分子量标准物。④ 关上电泳槽盖，接好电极插头，给予 100V 电压进行电泳，当加样缓蓝和二甲苯氰迁移至足够分离 DNA 片段的距离时停止电泳，取出凝胶在凝统上观察照相。2.3.3 PCR 产物的纯化与测序未经纯化的第二轮 PCR 产物由北京奥科生物科技有限公司进行纯化、选择 Xnp2，，XAnp2 为备用测序引物，测序仪型号为 ABI3730xl。2.3.4 患者基因型检测因 PCR 产物包括 HBV RT 区 A~D 保守序列以及 HBsAg 编码序列，因此入美国国立生物技术信息中心（NCBI）的 HBV 基因型分析软件（见图 1），比对得出相应 HBV 基因型[22]。

BioEdit序列比对软件
【学位授予单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2011
【分类号】：R512.62

【参考文献】

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本文编号：2675625