基于GSEA和WGCNA分析幽门螺杆菌感染机制

发布时间：2021-02-03 11:59

　　背景幽门螺杆菌在世界范围内感染率高,参与胃溃疡、胃恶性肿瘤等多种疾病的发生发展,亟需对其感染及致癌机制进行研究。目的通过基因集富集分析（GSEA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）预测幽门螺杆菌感染的可能分子机制及枢纽基因。方法从基因表达综合数据库（GEO数据库）下载GSE27411数据集,通过GSEA分析与幽门螺杆菌感染相关的通路。利用WGCNA分析与幽门螺杆菌感染相关模块及枢纽基因,并对模块内的基因进行GO和KEGG富集分析。使用GEPIA对枢纽基因表达水平与胃癌的生存预后进行探索。结果通过GSEA分析挑选出10条hallmark通路和13条KEGG通路。通过构建WGCNA共表达网络,确定brown模块与幽门螺杆菌感染密切相关,该模块内的基因富集得到16个生物学过程及19条KEGG相关通路。GSEA和WGCNA交集得到4条KEGG通路。对模块基因筛选得到TNF、KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B共8个枢纽基因。利用GEPIA探索发现,KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B在胃癌组织中高表达,其中... 

【文章来源】：现代消化及介入诊疗. 2020,25(03)

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

GSEA富集Hallmark基因集

GSEA富集KEGG pathway基因集

为了解整个枢纽模块的可能功能，对brown模块内的基因进行了GO注释和通路富集分析。结果提示模块基因主要富集在细胞因子介导的信号通路、防御反应、炎症反应、DNA复制等多种生物学过程(图4A)和细胞因子-细胞因子受体、IL17、Toll样受体、NF-κB通路、细胞周期等通路(图4B)，其中KEGG通路富集结果与GSEA通路结果进行交集发现存在4条重复通路:细胞因子与细胞因子受体的相互作用，细胞周期，系统性红斑狼疮和利什曼病(图4C)。图4 GO和KEGG富集结果A.GO富集结果泡泡图;B.KEGG Pathway富集结果泡泡图;C.GSEA和Metascape中KEGG通路富集交集韦恩图

【参考文献】：
期刊论文
[1]我国幽门螺杆菌感染防治中面临的问题与对策[J]. 胡奕,吕农华.  现代消化及介入诊疗. 2019(03)
[2]我国幽门螺杆菌感染的现状分析[J]. 王雪,李异玲,吕晓辉.  胃肠病学和肝病学杂志. 2017(06)
[3]我国幽门螺旋杆菌抗生素耐药现状[J]. 欧碧云,刘代华.  中国医药指南. 2013(07)



本文编号：3016465