幽门螺杆菌CagM、CagI蛋白的生物信息学分析

发布时间：2021-05-10 08:33

　　幽门螺杆菌（Helicobacter20pylori,20H.20pylori）是目前发现唯一能够在人胃内定植、生存的微需氧革兰氏阴性杆菌。是世界性分布的病原菌,也是目前人类发生率最高的慢性细菌感染之一,全世界范围内感染率超过50%。来自世界各地的流行病学研究证实,H.20pylori感染是消化性溃疡和慢性胃炎的重要病因,并与胃癌和胃黏膜相关淋巴样组织（MALT）淋巴瘤的发病密切相关,1994年世界卫生组织已将其列为Ⅰ类致癌原。cag致病岛编码的Ⅳ型分泌系统是幽门螺杆菌的一个重要致病因素,通过此分泌系统cag致病岛可将其唯一效应分子CagA转运至宿主细胞并发挥其毒性作用。目前,cag致病岛编码基因的生物学功能及其参与H.20pylori致病的机制尚未明确,因此,本文以cag致病岛中的cagM、cagI基因为研究对象,通过分子生物学、微生物学及生物信息学等技术探讨H.20pylori20cagM、cagl基因的结构和功能,以指导以后的实验研究,为更深入研究cag致病岛的致病机理奠定理论基础。方法：1.根据GenBank中已报道的H.20pylori22695的全基因组序列,利用生物信息学... 

【文章来源】：江苏大学江苏省

【文章页数】：102 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    1.1 研究背景
        1.1.1 幽门螺杆菌感染现状
        1.1.2 幽门螺杆菌cag致病岛
        1.1.3 幽门螺杆菌的致病因子
        1.1.4 幽门螺杆菌Ⅳ型分泌系统(type Ⅳ secretion system,T4SS)
        1.1.5 Ⅳ型分泌系统伴侣蛋白(Type Ⅳ secretion system chaperone)
    1.2 本研究的目的、内容及技术路线
        1.2.1 研究目的
        1.2.2 研究内容及方案
        1.2.3 技术路线
第二章 幽门螺杆菌cagM、cagI基因的克隆与测序
    前言
    2.1 材料
        2.1.1 菌株和质粒
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要溶液配制
        2.1.4 主要仪器
    2.2 方法
        2.2.1 H.pylori培养与鉴定
        2.2.2 H.pylori基因组DNA的提取
        2.2.3 PCR引物的设计
        2.2.4 PCR扩增H.pylori的cagM、cagI基因
        2.2.5 目的DNA片段的回收
        2.2.6 制备感受态细胞
        2.2.7 载体和目的片段的连接
        2.2.8 转化与筛选
        2.2.9 重组质粒的鉴定
        2.2.10 H.pylori NCTC11637 cagM、cagI基因序列的检测
        2.2.11 H.pylori NCTC11637 cagM、cagI基因序列提交NCBI核酸数据库GenBank
    2.3 结果
        2.3.1 H.pylori的分离培养与鉴定
        2.3.2 PCR法扩增H.pylori cagM、cagI基因片段
        2.3.3 T-A克隆与鉴定
        2.3.4 H.pylori NCTC11637菌株cagM、cagI基因的测序结果
    2.4 讨论
第三章 CagM、CagI蛋白的生物信息学分析
    前言
    3.1 材料
        3.1.1 主要软件
        3.1.2 主要网站
    3.2 方法
        3.2.1 序列组成和基本性质分析
        3.2.2 同源性分析
        3.2.3 跨膜区预测分析
        3.2.4 信号肽和剪切位点预测分析
        3.2.5 二级结构预测分析
        3.2.6 三级结构预测分析
        3.2.7 功能位点分析
        3.2.8 卷曲螺旋的预测分析
        3.2.9 细胞定位的预测分析
        3.2.10 蛋白家族保守区域分析
        3.2.11 蛋白质指纹图谱分析
    3.3 结果
        3.3.1 序列组成和基本性质分析
        3.3.2 同源性分析
        3.3.3 跨膜区预测
        3.3.4 信号肽和剪切位点预测
        3.3.5 二级结构预测分析
        3.3.6 三级结构预测分析
        3.3.7 功能位点分析
        3.3.8 卷曲螺旋的预测分析
        3.3.9 细胞定位的预测分析
        3.3.10 蛋白家族保守区域分析
        3.3.11 蛋白指纹图谱分析
    3.4 讨论
        3.4.1 基本性质
        3.4.2 同源性
        3.4.3 结构预测
        3.4.4 功能分析
第四章 结论和展望
    4.1 结论
    4.2 展望
致谢
参考文献
读博期间发表的论文和参加的课题


【参考文献】：
期刊论文
[1]幽门螺杆菌致病岛与临床胃肠疾患的相关性研究[J]. 高艳萍,郝燕,郝素珍.  同济大学学报(医学版). 2009(02)
[2]不同地区幽门螺杆菌cagA基因羧基端可变区及其蛋白序列差异分析[J]. 吴莺,张尤历,王文兵,陈劲频,沈琰.  世界华人消化杂志. 2007(07)
[3]幽门螺杆菌cagA基因稳定转染胃上皮细胞及其对细胞的作用[J]. 佘菲菲,张静,陈月秀,陈豪.  中国人兽共患病学报. 2006(01)
[4]NF-κB20and20ERK-signaling20pathways20contribute20to20the20gene20expression20induced20by20cag20PAI-positive-Helicobacter20pylori20infection[J]. Wataru Shibata,Yoshihiro Hirata,Haruhiko Yoshida,Motoyuki Otsuka,Yujin Hoshida,Keiji Ogura,Shin Maeda,Tomoya Ohmae,Ayako Yanai,Yuzo Mitsuno,Naohiko Seki,Takao Kawabe,Masao Omata.  World Journal of Gastroenterology. 2005(39)
[5]Dominant20cagA/vacA20genotypes20and20coinfection20frequency20of20H.20pylori20in20peptic20ulcer20or20chronic20gastritis20patients20in20Zhejiang20Province20and20correlations20among20different20genotypes,20coinfection20and20severity20of20the20diseases[J]. CHEN Xue-jun, YAN Jie and SHEN Yue-fangThe Affiliated Children’s Hospital, College of Medical Science, Zhejiang University, Hangzhou 310003, China Department of Medical Microbiology and Parasitology, College of Medical Science, Zhejiang University, Hangzhou 310031, China.  Chinese Medical Journal. 2005(06)
[6]胃癌高发区浙江岱山县幽门螺杆菌cagPAI的分布[J]. 刘海燕,方平楚,陶然,俞建国,朱永良.  实用肿瘤杂志. 2004(06)
[7]中国幽门螺杆菌感染流行病学Meta分析[J]. 王凯娟,王润田.  中华流行病学杂志. 2003(06)
[8]幽门螺杆菌cag致病岛ORF10基因下调胃上皮白细胞介素-8转录[J]. 李淑德,许国铭,李兆申.  中华消化杂志. 2003(03)
[9]白介素-8在胃癌的表达及其与cag20AHp感染的相关性研究[J]. 郭晓临,李莉,袁媛.  中华肿瘤杂志. 2003(02)
[10]CagA+幽门螺杆菌与胃黏膜上皮细胞凋亡的分子研究[J]. 周海波,颜云,颜世军,朱菊人.  中国临床医学. 2002(06)



本文编号：3179051