蛋白质组学和深度学习在炎症性肠病诊断和鉴别中的应用研究

发布时间：2021-08-30 22:18

　　背景与目的炎症性肠病（Inflammatory bowel disease,IB D）是一种慢性非特异性肠道疾病,包括溃疡性结肠炎（Ulcerative colitis,UC）和克罗恩病（Crohn’s disease,CD）。在近十年来,IBD的发病率在全球范围内均有所增加。IBD的诊断和鉴别主要依靠临床表现,影像学检查,内镜和病理检查。然而,这些检查方法对不典型的CD和UC患者的鉴别以及IBD与其他肠道疾病的鉴别比较局限,尤其是UC与缺血性肠炎（Ischemic colitis,IC）的鉴别,CD 与肠结核（Intestinal tuberculosis,ITB）和原发性肠淋巴瘤（Primary intestinal lymphoma,PIL）的鉴别。目前,在临床上尚无有效的标志物用于它们之间的鉴别。因此,本研究拟从蛋白质组学和深度学习的研究方法入手,以期为IBD的诊断和鉴别提供新的思路。方法在蛋白组学研究中,我们首先收集了 CD、UC、正常对照组（normalcontrol,NC）的肠黏膜,采用了定量蛋白组学方法,筛选出差异表达蛋白（Differentially expresse... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：126 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

1.1NC、UC、CD三组间蛋白质组学鉴定结果

浙江大学博士学位论文正文第一部分结果15图1.3.1.2IBD与NC组及CD与UC组差异蛋白数量及火山图1.3.2NAD代谢和信号转导通路在IBD中表达异常通过通路聚类分析，我们发现许多蛋白质参与了免疫反应。有文献报道NAD代谢途径促进肠道炎症[14]；因此，我们分析了鉴定的蛋白质中参与NAD+代谢和信号传导分子，发现有22个蛋白参与了NAD代谢和信号传导（表1.3.2）。当倍数变化水平设置为>1.2或<0.84（即升高或降低倍数＞1.2倍）视为有差异时，其中10个蛋白在IBD组和对照组间是有差异的，这10个蛋白大多数是参与NAD合成和裂解有关的酶，其中CD38差异倍数最大。这些蛋白在NAD代谢和信号通路的角色见图1.3.2。表1.3.2蛋白质组学中鉴定得到的参与NAD代谢和信号传导的蛋白Uniprot编号蛋白名称ANOVAP值倍数改变倍数改变UC/对照CD/对照P36222CD380.0001582.282.70O95544NADK0.2214531.411.45Q4G0N4NADK20.244510.830.81Q6IA69NADSYN10.5209160.970.96C9JF35NAMPT0.029911.591.95Q6XQN6NAPRT0.0889090.741.02Q9HAN9NMNAT10.0437680.840.90Q96T66NMNAT30.3228430.760.81

浙江大学博士学位论文正文第一部分结果16Uniprot编号蛋白名称ANOVAP值倍数改变倍数改变UC/对照CD/对照P40261NNMT0.0006231.731.73Q13423NNT0.0013380.800.78Q8TCD5NT5C0.5887620.830.82P49902NT5C20.4743890.950.92Q9H0P0NT5C3A0.3050460.710.68P21589NT5E0.5512320.801.03Q9BQG2NUDT120.0331140.760.88P00491PNP0.0119471.211.51Q96EB6SIRT10.2955131.141.23Q8IXQ6PARP90.0036921.551.52Q460N5PARP140.0030341.451.58Q00653NFKB20.0377451.471.43P19838NFKB10.7728810.971.07图1.3.2蛋白质组学中鉴定得到的参与NAD代谢和信号通路中DEPs（红色代表表达上调，绿色代表表达下调，黄色代谢表达无差异，灰色代表未检测到，星号


本文编号：3373601