加权基因共表达网络分析溃疡性结肠炎发病机制

发布时间：2023-02-22 20:01

　　目的探究溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)发生发展的致病高风险驱动基因,以及UC异常改变的信号通路。方法从GEO(gene expression omnibus)数据库下载基因表达谱数据GSE16879,通过R中WGCNA软件包进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出UC高风险因子共表达模块基因;采用limmar软件包筛选UC以及正常结肠样本的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),使用ggplot2软件包绘制差异表达基因的火山图。采用VENN网站在线绘制差异表达基因和共表达模块基因的维恩图,以确定疾病高风险DEGs。使用DAVID(database for annotation,visualization and intergrated discovery)数据库进行GO(Gene Ontology)分析以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析,解析UC高风险...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 共表达网络的构建与模块识别
        1.2.2 模块基因与UC关联分析
        1.2.3 UC高风险驱动基因的筛选
        1.2.4 基因功能的注释
    1.3 统计学处理
2 结果
    2.1 计算软阈值、构建共表达矩阵以及模块的划分
    2.2 UC高风险致病基因模块的筛选以及DEGs的筛选
    2.3 UC高风险驱动基因的筛选
    2.4 UC高风险DEGs生物学功能注释
3 讨论



本文编号：3748205