基于靶基因比较MicroRNA与HBV蛋白的作用模式

发布时间：2024-02-26 06:37

　　乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染是当前严重威胁人类健康的病毒性疾病之一。我国正处于乙型肝炎的高发地区,是乙肝患者大国。microRNA (miRNA)是一种广泛存在于真核生物中的的内源性单链小分子RNA,它可以与靶基因序列进行特异性地结合,在转录或翻译水平实现负调控。近年来,miRNA在乙肝研究中逐渐成为热点,许多研究证实microRNA (miRNA)可以介导宿主与病毒之间的相互作用,阐明miRNA在HBV感染中的作用有助于新型治疗策略的提出。然而,miRNA的多靶点特性限制了其功能研究。为了研究miRNA对HBV的调节机制,本文在靶基因水平上比较了HBV相关miRNA和HBV蛋白的功能谱,采用半定量手段进行功能分析并从网络层面挖掘其潜在的作用模式。结果表明,在靶基因水平上,miRNA功能较为集中,HBV蛋白的作用效应可能更为广泛；在网络拓扑结构上,miRNA主要通过直接作用于HBV蛋白的靶基因及其邻居节点达到其调节作用；在生理效应上,miRNA在凋亡、细胞周期以及体液免疫的调节上呈现出拮抗HBV蛋白效应的趋势。本研究不仅为miRNA的靶点功能研究提供...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第1章 前言
    1.1 乙型肝炎病毒
        1.1.1 HBV病毒颗粒特征
        1.1.2 HBV的流行病学
        1.1.3 HBV相关疾病的病程发展和治疗
        1.1.4 HBV研究现状
    1.2 MicroRNA参与调控多种生物过程
        1.2.1 MicroRNA的产生和作用机制
        1.2.2 MicroRNA与疾病
        1.2.3 MicroRNA研究现状
    1.3 研究miRNA对HBV调节机制的必要性及可行性
    1.4 课题研究的目的与意义
第2章 实验材料与方法
    2.1 数据的收集和预处理
        2.1.1 HBV蛋白靶点数据收集
        2.1.2 HBV相关的miRNA靶点数据收集
        2.1.3 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA表达水平的确定
    2.2 GO分析
        2.2.1 GO富集分析
        2.2.2 GO谱相似性分析
        2.2.3 靶点作用模式的判定
    2.3 网络分析
        2.3.1 构建蛋白-蛋白相互作用网络
        2.3.2 构建最小子网络
        2.3.3 构建核心网络
        2.3.4 网络参数的计算
        2.3.5 网络分解
    2.4 图形展示
        2.4.1 Cytoscape软件
        2.4.2 Microsoft office visio软件
        2.4.3 MEGA软件
    2.5 工作流程
第3章 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的数据收集和统计
    3.1 HBV蛋白靶基因
    3.2 HBV-miRNA靶基因
    3.3 本章小结
第4章 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的GO功能谱分析
    4.1 GO富集分析
    4.2 GO谱的相似性
    4.3 GO功能分区
    4.4 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因对GO生理过程的作用模式统计
    4.5 本章小结
第5章 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的网络特征
    5.1 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的网络特征
    5.2 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的子网络构建
    5.3 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的核心网络构建
        5.3.1 两组靶基因对凋亡过程的调节
        5.3.2 两组靶基因对免疫的调节
        5.3.3 两组靶基因对细胞周期的调节
        5.3.4 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因呈拮抗模式
    5.4 本章小结
第6章 结论与展望
    6.1 结论
    6.2 展望
参考文献
致谢
科研成果



本文编号：3911481