iTRAQ结合2DLC-MS/MS筛选鼻咽癌转移相关蛋白

发布时间：2021-02-11 15:11

　　目的：应用iTRAQ（Isobaric tags for relative and absolute quantification）定量蛋白质组学技术结合二维液相色谱串联质谱（2DLC-MS/MS）的方法筛选鼻咽癌转移相关的蛋白,分别在基因和蛋白水平对转移相关的蛋白进行验证,从而筛选出预测鼻咽癌转移的分子标志物,为鼻咽癌的浸润转移机制提供科学的理论基础,这些分子标志物有望在临床上预测鼻咽癌患者的预后及生存率,最终指导鼻咽癌的合理治疗。方法：培养高成瘤不转移的鼻咽癌细胞株（6-10B）和高成瘤高转移的鼻咽癌细胞株（5-8F）,分别抽提蛋白质,测量蛋白浓度,采用iTRAQ结合2DLC-MS/MS的方法分离鉴定两种不同细胞株的差异表达蛋白,实验重复两次。通过ProteinPilotTM4.2软件进行Swissprot蛋白数据库搜索及鉴定,从中挑选出符合要求的转移相关差异蛋白,进行生物信息学分析。以生物信息学分析结果为参考,通过uniprot软件及相关文献检索分析挑选出23个目的蛋白,采用qRT-PCR （Quantitative Reverse transcriptase Polymeras... 

【文章来源】：中南大学湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：92 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
1 绪论
2 材料与方法
    2.1 主要实验材料
        2.1.1 细胞株
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要耗材
        2.1.4 主要仪器和设备
        2.1.5 主要试剂的配制
        2.1.6 数据库搜索、生物信息学及图像分析软件
    2.2 实验方法
        2.2.1 技术路线
        2.2.2 细胞培养
        2.2.3 细胞总蛋白的提取和浓度测定
        2.2.4 iTRAQ试剂标记蛋白
        2.2.5 2DLC-MS/MS
        2.2.6 蛋白数据库搜索
        2.2.7 生物信息学分析
        2.2.8 qRT-PCR验证部分差异蛋白在5-8F和6-10B中mRNA水平的表达差异
        2.2.9 Western blotting验证RAN、TRIM29、ANXA5、SQSTM1在5-8F和6-10B中蛋白水平的表达差异
        2.2.10 免疫组织化学检测RAN、TRIM29、ANXA5、SQSTM1在鼻咽癌组织中的表达
    2.3 统计学分析
3 结果
    3.1 蛋白浓度测定结果
    3.2 iTRAQ串联2DLC-MS/MS检测并且通过ProteinPilotTM 4.2软件进行Swissprot蛋白数据库搜索及鉴定
TM4.2展示的蛋白搜索结果">        3.2.1 ProteinPilotT^TM4.2展示的蛋白搜索结果
        3.2.2 蛋白定量匹配肽段
        3.2.3 匹配肽段质谱图
    3.3 两次质谱鉴定的结果
        3.3.1 两次质谱鉴定结果
        3.3.2 两次质谱结果分析
    3.4 筛选与鼻咽癌转移相关差异表达蛋白
    3.5 生物信息学分析
        3.5.1 转移相关差异蛋白GO分析
        3.5.2 转移相关差异蛋白KEGG信号通路分析
        3.5.3 转移相关蛋白的PPI相互作用网络图
    3.6 qRT-PCR检测23个基因在5-8F和6-10B中mRNA表达水平
    3.7 蛋白浓度测定结果
    3.8 Western blotting验证差异蛋白在两株细胞中的表达
    3.9 免疫组织化学验证差异蛋白在发生转移的鼻咽癌组织和未发生转移的鼻咽癌组织中的表达差异
4 讨论
5 结论
参考文献
综述
    参考文献
攻读学位期间主要的研究成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3029301