鼻咽癌易感性基因计量学分析及关键基因筛选
发布时间：2022-01-17 10:55
目的:总结分析鼻咽癌易感性基因的研究文献,并通过生物信息学方法筛选获得关键基因,为鼻咽癌的诊断和治疗提供参考。方法:以NCBI Pubmed、中国知网（CNKI）、Web of science数据库为文献来源,对近12年鼻咽癌易感性基因相关的文献进行计量学分析,并利用STRING和Cytoscape软件对相关基因及其产物进行生物信息学分析。结果:348篇文献纳入研究,发文量前3位的国家/地区依次为中国、突尼斯、中国台湾,中国中山大学的曾益新以16篇的发文量居于首位。本研究共涉及483个基因,生物信息学分析提示TP53、JUN、PIK3CA、AKT1、VEGFA、IL6和TNF等多个基因在相互作用网络中有关键作用,可能会成为未来的研究热点。结论:通过对鼻咽癌易感性相关基因的生物信息学分析及文献计量学分析,可以了解目前该领域研究动态,为鼻咽癌的早期诊断和合理治疗提供理论依据,有助于寻找新的肿瘤标志物。
【文章来源】：医学理论与实践. 2020,33(18)
【文章页数】：5 页
【部分图文】：
2008—2019年鼻咽癌易感性相关基因相关文献出版年分布
蛋白质互作关系网络中的关键基因具有稳定基因调控网络的重要作用,其变化将引起大量下游基因的表达变化,对整个网络而言它们的改变是至关重要的[5]。TP53是一种调节转录的序列特异性DNA结合蛋白,它具有诱导细胞周期阻滞和凋亡的能力,能通过防止癌基因突变来预防癌症[6]。有研究显示,TP53基因突变可增加正常细胞癌变的概率和肿瘤的发病率,TP53基因SNP rs117562731位点多态性与鼻咽癌的发病风险显著相关,此位点的突变有可能是导致鼻咽癌发生和发展的一个重要因素[7]。TP53密码子72 pro/Pro基因型与局部鼻咽癌患者的无进展生存期(Progression-free-survival,PFS)和总生存时间(Overall survival,OS)相关,这种多态性的基因分型有助于预测鼻咽癌患者的临床预后[8]。同时有研究证明TP53密码子72snp是局部晚期鼻咽癌放疗预后的独立预测因子,特别是烟龄在20年以上的患者群体中。基于以上研究,我们强烈主张应禁止吸烟,以提高放射治疗的疗效,特别是对于携带与局部复发或远处转移高危相关的SNPs的患者[9]。肿瘤血管的生成是肿瘤产生及发展的关键,血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)常通过触发血管反应引起病理障碍,包括病理血管生成和组织水肿[10]。VEGF-2578 C等位基因携带者患鼻咽癌的风险显著,就预后指标而言,VEGF-2578 C等位基因携带者与肿瘤大小和晚期肿瘤分期所定义的鼻咽癌侵袭型之间存在显著相关性[11]。有研究人员探讨VEGF-2578C/A基因多态性与中国人鼻咽癌的关系,指出VEGF-2578A等位基因携带者患鼻咽癌风险显著增加,而-2578CC基因型鼻咽癌患者具有更高的肿瘤侵袭性,与-2578A等位基因携带者相比,分化差且处于晚期[12]。在广西人群中VEGF-460 C 等位基因是鼻咽癌发生的易感基因,可明显增加鼻咽癌患者淋巴结转移的风险[13]。同时有研究表明VEGF-1154G/A多态性位点与鼻咽癌的发病风险具有相关性[14]。AKT1是一种抗凋亡蛋白激酶,其底物之一是MDM2蛋白。AKT1是细胞信号转导的关键节点,在肿瘤的发生中起着重要作用。AKT1对MDM2的磷酸化促进MDM2进入细胞核,在细胞核中发挥下调p53活性的作用。有研究发现AKT1基因SNP4-5 AA中的一个双SNP核心单倍型与NPC风险增加显著相关[15], AKT1基因中的两个位点(单独或联合rs3803300和rs2494738)与预后相关[16]。白细胞介素6(IL-6)在EBV感染患者鼻咽组织巨噬细胞中表达,IL6-634基因的GG基因型与鼻咽癌复发风险相关,G等位基因是鼻咽癌复发的保护基因[17]。与正常鼻咽组织相比,鼻咽癌组织中c-Jun表达上调,Egr-1表达下调,c-Jun和Egr-1蛋白可以作为鼻咽癌早期诊断和预后预测的新的潜在生物标志物[18]。基因突变可以区分肿瘤的放射敏感性和放射抗性。癌基因突变可导致肿瘤的发生,并可为临床抗癌治疗提供潜在的治疗靶点[19]。探讨鼻咽癌放射敏感性与放射抵抗患者的肿瘤易感基因改变是否存在差异中,观察到5个针对AKT1、PIK3CA、MET、TP53和STK11的放射敏感性特异性突变,提示PI3K/AKT和p53通路的遗传改变参与了放射治疗的反应[20]。在病毒感染免疫反应中,肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)是一种由活化的巨噬细胞或单核细胞产生的促炎性反应的细胞因子,TNFA AA基因型携带者与鼻咽癌发病风险显著相关[21]。图3 鼻咽癌易感性相关基因相互作用的关系网络图
图2 鼻咽癌易感性相关基因表达产物构建的蛋白质互作关系网络图鼻咽癌是由多种因素引起,其中遗传多态性不仅与鼻咽癌的患病风险显著相关,而且还影响鼻咽癌的侵袭进展和预后。了解遗传变异对患者临床结局的影响,可以更好地寻找鼻咽癌的生物标志物进行个体化治疗,而临床精确的治疗和预后依赖于有效的生物标记物,这些标记物具有更强的筛选、诊断和监测肿瘤的能力。近年来依赖生物信息学的知识及方法参与癌症的治疗(基因治疗和分子靶向治疗),已经取得了显著的成就和临床效益[22]。本研究基于生物信息学的方法对鼻咽癌易感性基因进行总结剖析,以确定关键基因作为潜在的生物标记物,并了解鼻咽癌靶向治疗的研究进展。通过开展更加精细的研究与临床相结合,对预防和早期诊治鼻咽癌、明确鼻咽癌的发生机制具有重要的意义[23]。
【参考文献】：
期刊论文
[1]鼻咽癌常见分子靶向药物的临床研究进展[J]. 刘琳,邓舒妮. 世界最新医学信息文摘. 2019(28)
[2]食管癌易感性相关基因文献计量学及生物信息学分析[J]. 曾燕玉,侯珍珠,伦永志. 大连大学学报. 2018(03)
[3]鼻咽癌转移相关分子标志物的研究进展[J]. 詹德超,余忠华. 中国现代医生. 2015(13)
[4]肝癌易感性相关基因的文献计量学与生物信息学分析[J]. 上官辉,谭淑燕,张积仁. 中华肿瘤防治杂志. 2015(04)
[5]p53基因多态性与鼻咽癌遗传易感性的关系[J]. 楼建军,朱小东,曲颂,潘闻燕,李小宇. 中国老年学杂志. 2012(18)
硕士论文
[1]广西人群中VEGF基因启动子区-460T/C单核苷酸多态性与鼻咽癌易感性分析[D]. 程小伟.广西医科大学 2014
[2]VEGF-1154G/A基因多态性及环境因素与鼻咽癌遗传易感性的病例对照研究[D]. 汪春林.广西医科大学 2013
本文编号：3594604
【文章来源】：医学理论与实践. 2020,33(18)
【文章页数】：5 页
【部分图文】：
2008—2019年鼻咽癌易感性相关基因相关文献出版年分布
蛋白质互作关系网络中的关键基因具有稳定基因调控网络的重要作用,其变化将引起大量下游基因的表达变化,对整个网络而言它们的改变是至关重要的[5]。TP53是一种调节转录的序列特异性DNA结合蛋白,它具有诱导细胞周期阻滞和凋亡的能力,能通过防止癌基因突变来预防癌症[6]。有研究显示,TP53基因突变可增加正常细胞癌变的概率和肿瘤的发病率,TP53基因SNP rs117562731位点多态性与鼻咽癌的发病风险显著相关,此位点的突变有可能是导致鼻咽癌发生和发展的一个重要因素[7]。TP53密码子72 pro/Pro基因型与局部鼻咽癌患者的无进展生存期(Progression-free-survival,PFS)和总生存时间(Overall survival,OS)相关,这种多态性的基因分型有助于预测鼻咽癌患者的临床预后[8]。同时有研究证明TP53密码子72snp是局部晚期鼻咽癌放疗预后的独立预测因子,特别是烟龄在20年以上的患者群体中。基于以上研究,我们强烈主张应禁止吸烟,以提高放射治疗的疗效,特别是对于携带与局部复发或远处转移高危相关的SNPs的患者[9]。肿瘤血管的生成是肿瘤产生及发展的关键,血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)常通过触发血管反应引起病理障碍,包括病理血管生成和组织水肿[10]。VEGF-2578 C等位基因携带者患鼻咽癌的风险显著,就预后指标而言,VEGF-2578 C等位基因携带者与肿瘤大小和晚期肿瘤分期所定义的鼻咽癌侵袭型之间存在显著相关性[11]。有研究人员探讨VEGF-2578C/A基因多态性与中国人鼻咽癌的关系,指出VEGF-2578A等位基因携带者患鼻咽癌风险显著增加,而-2578CC基因型鼻咽癌患者具有更高的肿瘤侵袭性,与-2578A等位基因携带者相比,分化差且处于晚期[12]。在广西人群中VEGF-460 C 等位基因是鼻咽癌发生的易感基因,可明显增加鼻咽癌患者淋巴结转移的风险[13]。同时有研究表明VEGF-1154G/A多态性位点与鼻咽癌的发病风险具有相关性[14]。AKT1是一种抗凋亡蛋白激酶,其底物之一是MDM2蛋白。AKT1是细胞信号转导的关键节点,在肿瘤的发生中起着重要作用。AKT1对MDM2的磷酸化促进MDM2进入细胞核,在细胞核中发挥下调p53活性的作用。有研究发现AKT1基因SNP4-5 AA中的一个双SNP核心单倍型与NPC风险增加显著相关[15], AKT1基因中的两个位点(单独或联合rs3803300和rs2494738)与预后相关[16]。白细胞介素6(IL-6)在EBV感染患者鼻咽组织巨噬细胞中表达,IL6-634基因的GG基因型与鼻咽癌复发风险相关,G等位基因是鼻咽癌复发的保护基因[17]。与正常鼻咽组织相比,鼻咽癌组织中c-Jun表达上调,Egr-1表达下调,c-Jun和Egr-1蛋白可以作为鼻咽癌早期诊断和预后预测的新的潜在生物标志物[18]。基因突变可以区分肿瘤的放射敏感性和放射抗性。癌基因突变可导致肿瘤的发生,并可为临床抗癌治疗提供潜在的治疗靶点[19]。探讨鼻咽癌放射敏感性与放射抵抗患者的肿瘤易感基因改变是否存在差异中,观察到5个针对AKT1、PIK3CA、MET、TP53和STK11的放射敏感性特异性突变,提示PI3K/AKT和p53通路的遗传改变参与了放射治疗的反应[20]。在病毒感染免疫反应中,肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)是一种由活化的巨噬细胞或单核细胞产生的促炎性反应的细胞因子,TNFA AA基因型携带者与鼻咽癌发病风险显著相关[21]。图3 鼻咽癌易感性相关基因相互作用的关系网络图
图2 鼻咽癌易感性相关基因表达产物构建的蛋白质互作关系网络图鼻咽癌是由多种因素引起,其中遗传多态性不仅与鼻咽癌的患病风险显著相关,而且还影响鼻咽癌的侵袭进展和预后。了解遗传变异对患者临床结局的影响,可以更好地寻找鼻咽癌的生物标志物进行个体化治疗,而临床精确的治疗和预后依赖于有效的生物标记物,这些标记物具有更强的筛选、诊断和监测肿瘤的能力。近年来依赖生物信息学的知识及方法参与癌症的治疗(基因治疗和分子靶向治疗),已经取得了显著的成就和临床效益[22]。本研究基于生物信息学的方法对鼻咽癌易感性基因进行总结剖析,以确定关键基因作为潜在的生物标记物,并了解鼻咽癌靶向治疗的研究进展。通过开展更加精细的研究与临床相结合,对预防和早期诊治鼻咽癌、明确鼻咽癌的发生机制具有重要的意义[23]。
【参考文献】：
期刊论文
[1]鼻咽癌常见分子靶向药物的临床研究进展[J]. 刘琳,邓舒妮. 世界最新医学信息文摘. 2019(28)
[2]食管癌易感性相关基因文献计量学及生物信息学分析[J]. 曾燕玉,侯珍珠,伦永志. 大连大学学报. 2018(03)
[3]鼻咽癌转移相关分子标志物的研究进展[J]. 詹德超,余忠华. 中国现代医生. 2015(13)
[4]肝癌易感性相关基因的文献计量学与生物信息学分析[J]. 上官辉,谭淑燕,张积仁. 中华肿瘤防治杂志. 2015(04)
[5]p53基因多态性与鼻咽癌遗传易感性的关系[J]. 楼建军,朱小东,曲颂,潘闻燕,李小宇. 中国老年学杂志. 2012(18)
硕士论文
[1]广西人群中VEGF基因启动子区-460T/C单核苷酸多态性与鼻咽癌易感性分析[D]. 程小伟.广西医科大学 2014
[2]VEGF-1154G/A基因多态性及环境因素与鼻咽癌遗传易感性的病例对照研究[D]. 汪春林.广西医科大学 2013
本文编号：3594604
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