广东地区鼻咽癌和健康人群中EB病毒EBERs基因多态性研究
发布时间：2022-01-26 02:42
背景和目的EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）编码小RNA（EBV-encoded small RNAs,EBERs,包括EBER1和EBER2）是所有EBV潜伏类型中表达最为丰富的RNA,其致癌作用已在淋巴和上皮性肿瘤中得到证实。我们以往对山东地区EBV相关肿瘤和健康人群中EBERs基因多态性的研究中发现了新的EBERs变异型（EB-8m和EB-10m）,该变异型虽然不是主要亚型但在NPC中的检出率高于EBV相关胃癌和健康人群。本研究旨在了解我国NPC高发区广东地区NPC和健康人群中EBERs基因变异特征,并与山东地区实验数据和已发表EBV基因组序列毒株中的EBERs序列进行比较,探讨EBERs基因变异与NPC的相关性,为最终明确EBV基因多态性与EBV相关肿瘤的关系提供实验依据。方法收集NPC高发区广东地区NPC组织标本和健康人群咽漱液（Throat washing,TW）标本,提取DNA,采用PCR和DNA测序检测EBERs基因序列,同时对山东地区新增EBV阳性NPC和健康人群标本进行EBERs基因序列检测,应用Lasergene软件对EBERs序列进行对比分...
【文章来源】：青岛大学山东省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
广东地区NPC组织（A）和健康人群TW标本（B）中EBERs基因序列变异Figure1EBERssequencevariationsinNPCtissues(A)andTWsamplesofhealthydonors(B)fromGuangdongNumbersacrossthetopcorrespondtotheEBERsprototypenucleotidesequence.OnlynucleotidesdifferentfromB95-8areindicated.Differentvariantsarenotedtotheleftcolumn,whilethespecimensshowingidenticalsequencestoeachotherarelistedbyarepresentativeisolateinthesecondcolumn.Thefollow
9图 2 山东地区 NPC 组织（A）和健康人群 TW 标本（B）中 EBERs 基因序列变异Figure 2 EBERs sequence variations in NPC tissues (A) and TW samples of healthy donors (B) fromShandongNumbers across the top correspond to the EBERs prototype nucleotide sequence. Onlynucleotides different from B95-8 are indicated. Different variants are noted to the left column, whilethe specimens showing identical sequences to each other are listed by a representative isolate in thesecond column. The followed numbers in the parentheses denote the amount of the identicalsequences.
图 3 EBERs 各变异型特征性突变位点及不同变异型混合感染测序图Figure 3 The signature mutations of EBERs variants and the sequence analysis for multipleinfection of different EBERs variantsA, The signature mutations of EBERs variants. Only nucleotides different from B95-8 areindicated. B, The sequence analysis for multiple infection of different EBERs variants. In dualinfection with EB-6m and EB-8m, double signals were found at nucleotides 6866, 6884, 6886, 6911,6944, 6999, 7001, 7012, 7016 and 7048, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and EB-8m. In dual infection with EB-6m and B95-8, double signals were found at nucleotides6808, 6884, 6886, 6911, 6944 and 7123, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and B95-8.1.2 系统进化树分析对广东地区 130 条序列和山东地区 187 条 EBERs 序列比对后，共出现 61 条不同序列，以 61 条序列和标准株 B95-8 序列绘制系统进化树，与图 1 和图 2 对应，每一种人群中相同序列以一个样本作为代表，与该序列相同的标本数列于标本编号后括号内。系统树分为 2 大枝，每一枝又分别包含两个亚组，四个亚组分别对应 EB-6m、B95-8、EB-10m和EB-8m四种变异型。EB-6m和B95-8型距离较近，EB-8m和EB-10m距离较近（图 4）。EB-10m 在 161 bp 非转录区前的 4 个碱基突变与 EB-6m 相同，而非转录区后的 6 个碱基突变与 EB-8m 相同，似乎是 EB-6m 和 EB-8m 的重组株。
【参考文献】：
期刊论文
[1]EB病毒变异型EBER2对鼻咽癌细胞增殖和凋亡的影响[J]. 李斐斐,王其春,刘芡芡,邓洪岩,王云. 微生物学杂志. 2017(01)
[2]A single nucleotide polymorphism in the Epstein-Barr virus genome is strongly associated with a high risk of nasopharyngeal carcinoma[J]. Fu-Tuo Feng,Qian Cui,Wen-Sheng Liu,Yun-Miao Guo,Qi-Sheng Feng,Li-Zhen Chen,Miao Xu,Bing Luo,Da-Jiang Li,Li-Fu Hu,Jaap M.Middeldorp,Octavia Ramayanti,Qian Tao,Su-Mei Cao,Wei-Hua Jia,Jin-Xin Bei,Yi-Xin Zeng. Chinese Journal of Cancer. 2015(12)
[3]EB病毒LMP1基因XhoⅠ位点缺失与高发区鼻咽癌相关性的Meta分析[J]. 王宏,刘芡芡,李斐斐,杨垚,谭沁,王云. 齐鲁医学杂志. 2015(04)
[4]鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF0基因序列分析[J]. 王伟娜,高翔翔,沈智超,罗兵,王云. 齐鲁医学杂志. 2015(04)
[5]Epstein-Barr virus and nasopharyngeal carcinoma[J]. Lawrence S.Young,Christopher W.Dawson. Chinese Journal of Cancer. 2014(12)
[6]EB病毒A73基因多态性及其与鼻咽癌易感性的关系[J]. 张琳琳,李大疆,李之珩,张晓实,张如华,余杏娟,陈丽珍,冯启胜,曾益新,贾卫华. 癌症. 2007(10)
[7]鼻咽癌中EB病毒BamHI“f”变异和潜伏膜蛋白1基因XhoI缺失型的分析[J]. 韩安家,宗永生,张敏,曹素梅,林素暇,梁英杰. 中华病理学杂志. 2003(06)
[8]两种不同来源LMP1致瘤性的比较研究[J]. 蓝轲,任彩萍,谢鹭,何志巍,甘润良,姚开泰. 癌症. 2001(10)
[9]EB病毒编码小RNA多态性与鼻咽癌的关系[J]. 张晓实,张林杰,张如华,麦海强,陈剑经,曾益新. 实用肿瘤杂志. 2001(05)
[10]鼻咽癌组织中EBV-BARF0基因序列的测定[J]. 宋立兵,曾益新,马英红,刘庆伦,李满枝,李端,汪慧民. 癌症. 2001(05)
博士论文
[1]EB病毒相关肿瘤中病毒基因多态性研究[D]. 王云.青岛大学 2010
硕士论文
[1]广州地区鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF1和vIL-10基因多态性研究[D]. 王伟娜.青岛大学 2015
本文编号：3609651
【文章来源】：青岛大学山东省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
广东地区NPC组织（A）和健康人群TW标本（B）中EBERs基因序列变异Figure1EBERssequencevariationsinNPCtissues(A)andTWsamplesofhealthydonors(B)fromGuangdongNumbersacrossthetopcorrespondtotheEBERsprototypenucleotidesequence.OnlynucleotidesdifferentfromB95-8areindicated.Differentvariantsarenotedtotheleftcolumn,whilethespecimensshowingidenticalsequencestoeachotherarelistedbyarepresentativeisolateinthesecondcolumn.Thefollow
9图 2 山东地区 NPC 组织（A）和健康人群 TW 标本（B）中 EBERs 基因序列变异Figure 2 EBERs sequence variations in NPC tissues (A) and TW samples of healthy donors (B) fromShandongNumbers across the top correspond to the EBERs prototype nucleotide sequence. Onlynucleotides different from B95-8 are indicated. Different variants are noted to the left column, whilethe specimens showing identical sequences to each other are listed by a representative isolate in thesecond column. The followed numbers in the parentheses denote the amount of the identicalsequences.
图 3 EBERs 各变异型特征性突变位点及不同变异型混合感染测序图Figure 3 The signature mutations of EBERs variants and the sequence analysis for multipleinfection of different EBERs variantsA, The signature mutations of EBERs variants. Only nucleotides different from B95-8 areindicated. B, The sequence analysis for multiple infection of different EBERs variants. In dualinfection with EB-6m and EB-8m, double signals were found at nucleotides 6866, 6884, 6886, 6911,6944, 6999, 7001, 7012, 7016 and 7048, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and EB-8m. In dual infection with EB-6m and B95-8, double signals were found at nucleotides6808, 6884, 6886, 6911, 6944 and 7123, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and B95-8.1.2 系统进化树分析对广东地区 130 条序列和山东地区 187 条 EBERs 序列比对后，共出现 61 条不同序列，以 61 条序列和标准株 B95-8 序列绘制系统进化树，与图 1 和图 2 对应，每一种人群中相同序列以一个样本作为代表，与该序列相同的标本数列于标本编号后括号内。系统树分为 2 大枝，每一枝又分别包含两个亚组，四个亚组分别对应 EB-6m、B95-8、EB-10m和EB-8m四种变异型。EB-6m和B95-8型距离较近，EB-8m和EB-10m距离较近（图 4）。EB-10m 在 161 bp 非转录区前的 4 个碱基突变与 EB-6m 相同，而非转录区后的 6 个碱基突变与 EB-8m 相同，似乎是 EB-6m 和 EB-8m 的重组株。
【参考文献】：
期刊论文
[1]EB病毒变异型EBER2对鼻咽癌细胞增殖和凋亡的影响[J]. 李斐斐,王其春,刘芡芡,邓洪岩,王云. 微生物学杂志. 2017(01)
[2]A single nucleotide polymorphism in the Epstein-Barr virus genome is strongly associated with a high risk of nasopharyngeal carcinoma[J]. Fu-Tuo Feng,Qian Cui,Wen-Sheng Liu,Yun-Miao Guo,Qi-Sheng Feng,Li-Zhen Chen,Miao Xu,Bing Luo,Da-Jiang Li,Li-Fu Hu,Jaap M.Middeldorp,Octavia Ramayanti,Qian Tao,Su-Mei Cao,Wei-Hua Jia,Jin-Xin Bei,Yi-Xin Zeng. Chinese Journal of Cancer. 2015(12)
[3]EB病毒LMP1基因XhoⅠ位点缺失与高发区鼻咽癌相关性的Meta分析[J]. 王宏,刘芡芡,李斐斐,杨垚,谭沁,王云. 齐鲁医学杂志. 2015(04)
[4]鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF0基因序列分析[J]. 王伟娜,高翔翔,沈智超,罗兵,王云. 齐鲁医学杂志. 2015(04)
[5]Epstein-Barr virus and nasopharyngeal carcinoma[J]. Lawrence S.Young,Christopher W.Dawson. Chinese Journal of Cancer. 2014(12)
[6]EB病毒A73基因多态性及其与鼻咽癌易感性的关系[J]. 张琳琳,李大疆,李之珩,张晓实,张如华,余杏娟,陈丽珍,冯启胜,曾益新,贾卫华. 癌症. 2007(10)
[7]鼻咽癌中EB病毒BamHI“f”变异和潜伏膜蛋白1基因XhoI缺失型的分析[J]. 韩安家,宗永生,张敏,曹素梅,林素暇,梁英杰. 中华病理学杂志. 2003(06)
[8]两种不同来源LMP1致瘤性的比较研究[J]. 蓝轲,任彩萍,谢鹭,何志巍,甘润良,姚开泰. 癌症. 2001(10)
[9]EB病毒编码小RNA多态性与鼻咽癌的关系[J]. 张晓实,张林杰,张如华,麦海强,陈剑经,曾益新. 实用肿瘤杂志. 2001(05)
[10]鼻咽癌组织中EBV-BARF0基因序列的测定[J]. 宋立兵,曾益新,马英红,刘庆伦,李满枝,李端,汪慧民. 癌症. 2001(05)
博士论文
[1]EB病毒相关肿瘤中病毒基因多态性研究[D]. 王云.青岛大学 2010
硕士论文
[1]广州地区鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF1和vIL-10基因多态性研究[D]. 王伟娜.青岛大学 2015
本文编号：3609651
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