视网膜色素变性家系SAG基因新致病突变的鉴定

发布时间：2017-05-31 22:24

  本文关键词：视网膜色素变性家系SAG基因新致病突变的鉴定，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的：视网膜色素变性(Retinitis pigmentosa, RP)是视网膜光感受器细胞退行性变导致的一组眼底疾病,是世界范围内失明的主要原因之一。该病属于单基因遗传病,具有明显的遗传异质性,致病基因众多,同一基因致病突变多。已经鉴定的非综合征型RP致病基因仅能解释约60%RP患者的遗传病因。找到更多的RP致病基因,阐明基因型与表型的关系以及其致病机制,为临床分子诊断和基因治疗奠定基础,从而提高患者的生活质量具有重要意义。本课题以一个视网膜色素变性家系为研究对象,旨在找到该家系的致病基因,并进一步阐明基因型和表型的关系,为研究疾病的发病机制奠定基础。方法：首先收集到一个视网膜色素变性家系和对照样本,详细了解家系成员的信息,绘制家系图,然后对家系成员进行详细的问诊和眼科检查,明确诊断,留取血液样本,提取基因组DNA。接着对先证者进行全外显子测序,测序完成后运用BWA软件将原始数据与UCSC hgl9参考序列进行比对、筛选数据并评估测序结果,然后用SAMTools软件检测并注释变异数据,并用SIFT等软件预测突变功能,最后用dbSNP和1000G数据库筛除变异数据里的已知变异后得到候选基因位点。然后用Sang er测序的方法在家系中对过滤出的基因位点进行验证,鉴定基因型与表型共分离的基因,并在家系外的正常对照样本中进一步验证。分析目的基因的生物信息学信息,应用免疫荧光技术检测目的基因在小鼠视网膜组织的表达及定位。构建携带目的基因野生型及突变型的真核表达载体,通过Western blot检测野生型和突变型基因编码蛋白在293T细胞内是否有表达。荧光共聚焦显微镜观察野生型及突变型基因编码蛋白在cos7细胞内表达及定位是否存在差异。结果：该视网膜色素变性家系为常染色体显性遗传。对先证者(Ⅲ-14)进行全外显子测序,经过将全外显子测序的数据进行过滤分析后筛选出27个可能的致病基因位点。用Sanger测序在家系中及家系外对这27个基因位点进行验证,仅SAG基因上的杂合突变c.257AG (p.D86G)在该家系中与疾病表型呈现共分离,并且在对照样本中未发现该突变存在。生物信息学分析显示该突变位点位于序列保守区域、突变功能预测提示为有害突变(Damaging)。SAG基因是光感受器细胞退行性变特异基因,主要在视网膜组织视杆细胞内表达。我们成功构建了携带SAG基因野生型和突变型的真核表达载体,Western blot检测到突变型和野生型在293T细胞内均有表达。荧光共聚焦显微镜观察到SAG基因野生型和突变型在cos7细胞内表达位置存在差异。结论：1.SAG基因上的杂合突变c.257AG (p.D86G)可能是视网膜色素变性家系的致病突变。2.SAG野生型和突变型基因在体外培养的细胞表达存在差异,可能是突变型SAG基因致病的原因。
【关键词】：视网膜色素变性 全外显子测序 SAG基因
【学位授予单位】：四川医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R774.1
【目录】：

• 中文摘要3-5
• 英文摘要5-8
• 前言8-12
• 材料与方法12-33
• 结果33-42
• 讨论42-46
• 结论46-47
• 参考文献47-53
• 英汉缩略词对照表53-55
• 致谢55-56
• 综述56-72
• 参考文献68-72

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