遵义地区手足口病病原体EV71分子流行病学研究

发布时间：2020-06-06 02:35

【摘要】：目的:探讨遵义地区肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)流行株的基因分型、变异及遗传进化情况,从分子水平了解其流行病学特点,为该地区EV71型手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)防治提供理论参考。方法:选取2013至2015年遵义地区220例HFMD住院患儿咽拭子为研究样本,其中重症病例样本187例,普通病例样本33例。通过对所有咽拭子进行病毒类型鉴定,筛选出EV71感染样本进行病毒体外培养,提取出病毒核酸,利用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)鉴定核酸类型;将EV71核酸利用RT-PCR及大肠杆菌质粒进行分段扩增,扩增产物测序后利用生物信息学软件依次进行序列编辑、拼接、比对、相似性分析及遗传进化树构建。结果:(1)检出EV71情况:220例咽拭子样本中,检出EV71 105例(占47.7(4));187例重症病例样本中,检出EV71 100例(占53.5(4));33例普通病例样本中,检出EV71 5例(占15.2(4))。(2)EV71全基因组分析:本研究获得7株EV71毒株全基因组序列,长度均为7405 bp,编码2193个氨基酸,毒株间10处氨基酸位点存在差异。(3)EV71遗传进化分析:(1)7株EV71毒株间分别基于全基因组核苷酸、全基因组编码氨基酸、VP1核苷酸及VP1氨基酸的相似性分析:7株EV71毒株的相似性非常高,在99(4)以上。(2)7株EV71毒株与柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)及各型EV71参照株基于VP1区基因序列的相似性和进化树分析:7株EV71毒株与各参照株间的相似性和遗传距离差异明显;其中与EV71参照株的相似性明显高于CVA16参照株,遗传距离明显较CVA16参照株远;同各型EV71参照株相比,与C基因型参照株相似性最高,遗传距离最远,其次依次为B、A基因型;C基因型中与C4a亚型参照株相似性最高,遗传距离最远。(3)7株EV71毒株与CVA16及各型EV71参照株基于5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)基因序列的相似性和进化树分析:7株EV71毒株与EV71 C4a参照株的相似性最高,遗传距离最远,与EV71 A参照株相似性最低,遗传距离最近。(4)7株EV71毒株与CVA16及各型EV71参照株基于全基因组序列的相似性和进化树分析:7株EV71毒株与各参照株基于全基因组序列的相似性和遗传距离差异不如VP1明显;7株EV71毒株与EV71参照株的相似性较CVA16参照株稍高,遗传距离稍远;同各型EV71参照株相比,与B、C基因型参照株的相似性高于A基因型参照株,遗传距离也较A基因型参照株远;同B、C各基因亚型参照株的比较中,7株EV71毒株与C4a亚型参照株相似性最高,遗传距离最远,其次为C4b亚型参照株,与其它C亚型及各B亚型参照株的相似性及遗传距离缺乏规律性。结论:EV71可能是遵义地区2013-2015年重症HFMD患儿感染的主要病原体,其基因型为C4a亚型,与我国其它地区EV71流行株型别一致,暂未发现抗原转变及新亚型毒株输入,但毒株间存在散发变异;EV71遗传进化研究以VP1基因序列为依据最为合理可靠。
【图文】：

遵义医学院硕士学位论文 苟恩进2.3 EV71全基因组序列分析(1) EV71全基因组结构EV71全基因组包括两个非翻译区（5′UTR和3′UTR）和1个开放阅读框(OpenReading Frame,ORF)，ORF包括2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D基因区域。ORF编码1个多聚蛋白后可裂解形成P1、P2、P3三个前体蛋白，，其中P1进一步裂解为VP4、VP2、VP3、VP1结构蛋白（对应的编码基因依次为1A、1B、1C、1D），P2裂解为2A、2B（又名VPg）、2C非结构蛋白（对应的编码基因依次为2A、2B、2C），P3裂解为3A、3B、3C、3D非结构蛋白（对应的编码基因依次为3A、3B、3C、3D）；AAAn为结合到3′UTR末端的病毒多聚腺苷酸尾结构；见图6。

2.4.2 7 株 EV71 毒株与 CVA16 及各型 EV71 参照株分别基于 VP1、5'UTR 及全基因组基因序列的相似性分析(1) 7 株 EV71 毒株与 CVA16 及各型 EV71 参照株基于 VP1 基因序列的相似性分析7 株 EV71 毒株与各型 EV71 参照株的相似性（81.7 -98.5 ）明显高于 CVA16参照株（63.2 -63.5 ，见图 蓝色框线）；同各型 EV71 参照株的比较中，与 C基因型参照株的相似性最高（87.4 -98.5 ），其次依次为 B 基因型参照株（83.3 -85.0 ）、A 基因型参照株(81.7 -82.0 )；同 EV71 C 基因型参照株的比较中，与 C4 亚型中的 C4a 参照株相似性最高（98 以上，见图 10-红色框线），其次为 C4b参照株（91.5 -91.8 ），再次依次为 C2、C1、C3、C5 参照株（87.4 -89.3 ）。7 株 EV71 毒株与不同血清型（EV71 与 CVA16）参照株间的相似性差异非常明显，与不同基因型（EV71A、B、C）参照株间的相似性差异较明显，与同一基因型中的不同基因亚型（C1-C5、B1-B5）也存在一定的差异性。见图 10。
【学位授予单位】：遵义医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R725.1;R181.3

【参考文献】

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本文编号：2699016