Chelex-100 DNA模板用于H19印记基因座遗传多态性的检测及其在山西汉族人群中分布研究

发布时间：2017-11-06 10:32

  本文关键词：Chelex-100 DNA模板用于H19印记基因座遗传多态性的检测及其在山西汉族人群中分布研究

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【摘要】：目的 (1)对Chelex-100法提取DNA作为Hha Ⅰ酶切底物应用于印记基因H19上游区域差异甲基化可变数目串联重复序列(VNTR)的检测进行探索,以期在法医实际工作中提供一种检测差异甲基化遗传多态性的简便省时方法。 (2)对印记基因H19上游区域VNTR基因座在山西汉族人群中遗传多态性进行研究。 方法 (1)摸索用于酶切消化的最佳基因组DNA量,选取酚氯仿法提取的基因组DNA30ng,25ng,15ng分别进行检测。对H19印记基因座位中同一杂合子样本分别用Chelex-100法和酚氯仿法提取DNA, Chelex-100法提取的DNA作为实验组,经典酚氯仿法提取的DNA作为阳性对照组。分别设计Hha Ⅰ消化组与Hha Ⅰ未消化组(未消化组由等量的去离子水代替),PCR扩增,EB染色后观察两种提取方法检测的结果。Chelex-100法提取的DNA定量采用实时定量PCR法。 分析74份Chelex-100法提取的杂合子样本DNA消化后PCR电泳结果,应用ImageJ软件分析计算出消化后PCR两个杂合子带光密度比值与未消化组PCR两个杂合子带光密度比值。比值=来自父源带光密度值/来自母源带光密度值,对两组光密度比值用SPSS软件进行分析。 (2)100例山西汉族无关个体PCR扩增,EB染色后观察。对印记基因H19上游区域VNTR基因座的遗传多态性进行分析。 结果 (1)在反应总体积为HhaI(NEB)为30U37℃C消化15小时条件下,底物DNA量选取15ng其酶切效果最佳。阳性对照组(酚氯仿提取DNA) Hha Ⅰ消化后PCR扩增只观察到一条条带。实验组Hha Ⅰ消化后PCR扩增,两个杂合子带强度差异肉眼可辨,来自母源的而Hha Ⅰ未消化组PCR扩增,两个杂合子带无显著差别。Chelex-100法提取DNA Hha Ⅰ消化后扩增较弱带与阳性对照组被HhaⅠ切割而未扩增出来的母源带一致。 采用SPSS17.0软件进行统计学分析的结果,两组的光密度比值均符合正态分布,配对t检验,P0.05,两组间光密度比值差异显著,具有统计学意义。单样本t检验消化组比值95%置信区间为3.63—4.13。未消化组光密度比值95%置信区间为1.08-1.18。Hha Ⅰ消化后PCR两条条带光密度比值位于3.63—4.13。即可分辨父源或母源的遗传多态性条带。 (2)100例山西汉族无关个体中印记基因H19上游区域VNTR基因座共检出5种等位基因,分别为6、7、9、10、11。经χ2值检验,其等位基因频率分布与Hardy-Weinberg平衡(P0.05)相吻合。杂合度(h)：0.74,多态信息含量(PIC)：0.621,个人识别率(DP)：0.892。 结论 (1) Chelex-100法提取的DNA能够作为甲基化敏感限制性内切酶Hha Ⅰ酶切底物应用于印记基因H19上游区域差异甲基化的检测,HhaⅠ消化后PCR扩增两条条带光密度比值在3.63—4.13区间时可分辨父源或母源的遗传多态性条带。 (2)印记基因H19上游区域VNTR基因座在山西汉族人群中具有高度遗传多态性,可用于法医学个体识别和亲权鉴定。
【学位授予单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：D919

【参考文献】

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本文编号：1148556