SCN5A基因微测序检测体系的构建及其在心源性猝死检测中的应用
发布时间：2020-12-09 13:40
目的:1、利用离子通道的基因SCN5A上心源性猝死相关突变建立一种SNaPshot微测序试剂盒;2、应用建立的SCN5A基因微测序试剂盒检测并了解山西人群SCD易感突变的类型特征。方法:本方法的原理结合多重复合PCR技术和SNaPshot微测序技术检测心源性猝死相关离子通道基因SCN5A上的45个突变位点:（1）结合国内外已发表的文献和NCBI数据库筛选得到与心源性猝死（SCD）相关的SNP位点;（2）对含有SNP位点的一对PCR引物进行单独PCR扩增,以验证个扩增产物的特异性。其中对上下游引物之间最少含有一个待测SNP,最多含有5个待测SNP;（3）为了将扩增效率最大化,将30对引物分成两个体系(体系1st含14对引物,体系2nd含16对引物)分别进行多重PCR扩增,得到复合扩增产物。（4）对两组复合扩增产物所包含的SNP分别进行检测(体系1st含有22个SNP,体系2nd含有23个SNP),其原理结合了SNaPshot微测序技术和毛细管电泳（CE）技术检测突变碱基的类型和位置,从而确定样本在SC...
【文章来源】：山西医科大学山西省
【文章页数】：53 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图A体系1中14对PCR产物由琼脂糖电泳确认；图B体系2中16对PCR产物由琼脂糖电泳确认
图 3 图 A 体系 1 中 22 个 SNP 的分型由 3130 毛细管电泳确认图 B 体系 2 中 23 个 SNP 的分型由 3130 毛细管电泳确认。Fig.3 A represents the typing result of 22 SNPs in reaction 1stconfirmed by CE;B represents the typing result of 23 SNPs in reaction 2ndconfirmed by CE注：蓝色代表鸟嘌呤(G)、绿色代表腺嘌呤(A)、黑色代表胞嘧啶(C)、红色代表胸腺嘧啶(T).每个数字代表 SCN5A 上的一个 SNP, 1-22 共 22 个 SNP 是在反应体系 1st中完成的:1, S1937F 2, rs137854619 3, rs199473284 4, rs137854610 5, rs13785460266, rs199473240 7, rs199473607 8, rs375509048 9, rs199473609 10, rs4126134411, rs199473565 12, rs41310765 13, rs7626962 14, rs199473180 15, rs13785461116, rs199473143 17, rs199473142 18, rs72549410 19, rs28937318 20, rs19947309721, rs199473058 22, rs19947305423-45 共 23 个 SNP 是在反应体系 2nd中完成的:23, rs12720452 24, rs41315493 25, rs199473128 26, rs13785460627, rs199473118 28, rs199473133 29, rs199473622 30, rs20100273631, rs397514448 32, rs41311135 33, rs201641342 34, rs79472891035, rs397514450 36, rs794728902 37, rs727505158 38, rs79472890939, rs886041848, 40, rs794728931 41, rs397514446 42, rs1805124 43, rs19947360644, rs199473574 45, rs794728931
图 1 三组样本 45 个 SNP 的 SNaPshot 分型结果Fig.1 The typing results in SNaPshot reaction with 45 SNPs in three groups.注：A: 健康个体组在反应体系 1st的 SNaPshot 分型结果;B: 健康个体组在反应体系 2nd的 SNaPshot 分型结果;C: 心源性猝死（SCD）组在反应体系 1st的 SNaPshot 分型结果;D: 心源性猝死（SCD）组在反应体系 2nd的 SNaPshot 分型结果。E: 非心源性猝死（non-SCD）组在反应体系 1st的 SNaPshot 分型结果;F: 非心源性猝死（non-SCD）组在体系 2nd的 SNaPshot 分型结果;图 D 中的箭头表示杂合突变 T>C（H558R ，rs1805124）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因突变的检测技术及进展[J]. 符晶,傅煜. 现代诊断与治疗. 2017(17)
[2]新一代测序技术的发展和应用[J]. 田李,张颖,赵云峰. 生物技术通报. 2015(11)
[3]二代测序技术及其在法医遗传学中的应用[J]. 王乐,叶健,白雪,杨帆,赵兴春. 刑事技术. 2015(05)
[4]离子通道病与猝死[J]. 吴林. 中华心脏与心律电子杂志. 2015(03)
[5]心房颤动基因学研究新进展[J]. 曹青,洪葵,周慧. 临床心血管病杂志. 2011(03)
[6]TaqMan探针技术用于X-SNP位点的分型[J]. 张素华,李莉,李成涛,赵书民. 法医学杂志. 2010(01)
[7]基因芯片技术的发展和应用[J]. 张骞,盛军. 中国医学科学院学报. 2008(03)
[8]基因突变的分子检测技术[J]. 霍金龙,苗永旺,曾养志. 生物技术通报. 2007(02)
[9]钠通道疾病与心脏猝死[J]. 李翠兰,胡大一,许玉韵,韩献华. 中国心脏起搏与心电生理杂志. 2003(03)
本文编号：2906951
【文章来源】：山西医科大学山西省
【文章页数】：53 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图A体系1中14对PCR产物由琼脂糖电泳确认；图B体系2中16对PCR产物由琼脂糖电泳确认
图 3 图 A 体系 1 中 22 个 SNP 的分型由 3130 毛细管电泳确认图 B 体系 2 中 23 个 SNP 的分型由 3130 毛细管电泳确认。Fig.3 A represents the typing result of 22 SNPs in reaction 1stconfirmed by CE;B represents the typing result of 23 SNPs in reaction 2ndconfirmed by CE注：蓝色代表鸟嘌呤(G)、绿色代表腺嘌呤(A)、黑色代表胞嘧啶(C)、红色代表胸腺嘧啶(T).每个数字代表 SCN5A 上的一个 SNP, 1-22 共 22 个 SNP 是在反应体系 1st中完成的:1, S1937F 2, rs137854619 3, rs199473284 4, rs137854610 5, rs13785460266, rs199473240 7, rs199473607 8, rs375509048 9, rs199473609 10, rs4126134411, rs199473565 12, rs41310765 13, rs7626962 14, rs199473180 15, rs13785461116, rs199473143 17, rs199473142 18, rs72549410 19, rs28937318 20, rs19947309721, rs199473058 22, rs19947305423-45 共 23 个 SNP 是在反应体系 2nd中完成的:23, rs12720452 24, rs41315493 25, rs199473128 26, rs13785460627, rs199473118 28, rs199473133 29, rs199473622 30, rs20100273631, rs397514448 32, rs41311135 33, rs201641342 34, rs79472891035, rs397514450 36, rs794728902 37, rs727505158 38, rs79472890939, rs886041848, 40, rs794728931 41, rs397514446 42, rs1805124 43, rs19947360644, rs199473574 45, rs794728931
图 1 三组样本 45 个 SNP 的 SNaPshot 分型结果Fig.1 The typing results in SNaPshot reaction with 45 SNPs in three groups.注：A: 健康个体组在反应体系 1st的 SNaPshot 分型结果;B: 健康个体组在反应体系 2nd的 SNaPshot 分型结果;C: 心源性猝死（SCD）组在反应体系 1st的 SNaPshot 分型结果;D: 心源性猝死（SCD）组在反应体系 2nd的 SNaPshot 分型结果。E: 非心源性猝死（non-SCD）组在反应体系 1st的 SNaPshot 分型结果;F: 非心源性猝死（non-SCD）组在体系 2nd的 SNaPshot 分型结果;图 D 中的箭头表示杂合突变 T>C（H558R ，rs1805124）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因突变的检测技术及进展[J]. 符晶,傅煜. 现代诊断与治疗. 2017(17)
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[8]基因突变的分子检测技术[J]. 霍金龙,苗永旺,曾养志. 生物技术通报. 2007(02)
[9]钠通道疾病与心脏猝死[J]. 李翠兰,胡大一,许玉韵,韩献华. 中国心脏起搏与心电生理杂志. 2003(03)
本文编号：2906951
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