～（18）O稳定同位素标记定量方法的建立与优化及其在定量蛋白质组中的应用

发布时间：2021-03-31 16:36

　　目前，找寻和定量不同来源或不同时期的细胞、组织及体液的差异蛋白质正成为蛋白质组学研究的焦点。和mRNA表达分析技术相比，蛋白表达差异分析更为直观准确地提供了正常和疾病细胞中全部蛋白质的变化信息，为发现疾病相关蛋白质标志物从而筛选药物作用的靶标提供了新的途径。因此，定量蛋白质组学在潜在药物靶标的开发上越来越受到国际制药界的垂青。二维凝胶电泳作为传统的蛋白定量方法，由于灵敏度的局限性及无法实现自动化，费时费力而逐渐被稳定同位素标记与液质联用技术相结合的定量方法取代。本研究首先建立并优化了¹⁸O稳定同位素标记定量蛋白质组研究技术，考察了标记肽段定量的动态范围及在复杂贮存条件下的稳定性，为此方法用于复杂体系蛋白质相对定量研究奠定了很好的基础。然后结合高准确度高灵敏度LTQ-FT质谱仪的数据特点，开发¹⁸O标记方法的MSOQ定量软件，实现了高通量，高可信度的数据处理。最后，本研究将¹⁸O稳定同位素标记技术和MSOQ软件应用于人肝脏癌旁和癌组织间隙液差异蛋白质组定量分析，初步确定了91种差异表达的蛋白质（P＜0.05），其中肿瘤蛋白... 

【文章来源】：沈阳药科大学辽宁省

【文章页数】：55 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

MSOQ软件界面功能介绍

Rank而一—~~一c0lbr—;l000KKK图3一 3MsOQ软件的参数设置为了评价Ms0Q软件的定量结果的准确度及精确度，选取马心肌红蛋白，牛血清白蛋白，转铁蛋白，乙醇脱氢酶，卵清蛋白，溶菌酶，细胞色素C及脱梭酶等8种标准蛋白混合酶切，酶切方法为:首先将八种蛋白质配制成500加OFul的工作液，各取lul(即500加ol)共sul蛋白混合液，冻干，(酶切处理见2.2.4.1制备马心肌红蛋白及牛血清白蛋白肤段)，将所得肤段混合物平均分为两份，冻干;一份进行‘80同位素标记，另一份进行‘“o同位素标记(标记处理见2.2.4.2‘80同位素标记马心肌红蛋白肤段);将‘60和‘80标记的肤段1:1混合;LTQ一FT质谱鉴定及定量分析。3.2.3.2组织间隙液的蛋白浓度定量此部分工作由孙薇博士完成

3.3.2.2鉴定结果分析图3一6相同的’“o和’“o标记肤段在数据库中的检索结果分析选取了癌组织样本SDS一PAGE的两个条带组分A，B，按照图3一IA的评价路线进行对照实验。数据库检索结果都出现了:(1)部分蛋白仅在‘60或’80标记组分单独鉴定到;(2卢。组分鉴定的蛋白数量多于‘80组分的(如图3一6)。这与鉴定蛋白数应该重合的理论结果有偏差，故以’60和’80的分别鉴定结果所确定的差异蛋白有假阳性。这里的原因很多，比如在肤段比较密集的质量数区，质谱选择母离子做二级碎裂(串联质谱)时，成对的肤段往往只有一个被选入母离子列表，多以轻链为主，因为重链易受轻链干扰;因为样本极其复杂，某些肤段’80标记未成功;限于95%的置信度，mascot数据库检索结果的误匹配。如图3一7所示，红色星号为‘80肤段

【参考文献】：
期刊论文
[1]比较蛋白质组学研究中的稳定同位素标记技术[J]. 刘新,应万涛,钱小红.  化学通报. 2007(02)
[2]差异蛋白质组学研究技术新进展[J]. 孙薇,贺福初.  化学通报. 2005(06)



本文编号：3111742