基于乙酰化稳定同位素标记—液相色谱—傅立叶变换离子回旋共振质谱联用的定量蛋白质组研究策略的建立、评价与应用

发布时间：2023-05-06 23:21

　　蛋白质组学研究已从静态的定性分析逐步过渡到动态变化的定量研究。为了实现蛋白质组学的定量分析，各种定量方法相继被开发，例如基于双向凝胶电泳的定量技术，基于非标记的定量技术，基于质量标签的定量技术，基于液质联用的稳定同位素标记定量技术等多类定量策略。由于基于液质联用的稳定同位素标记技术在定量的准确度，适用范围等方面都超过了前三类定量方法，因而被广泛采用，其商业化的试剂不断被推出。但是由于商业化的标记方法普遍存在试剂昂贵(iTRAQ)，标记位点少(ICAT)，只能用指定的质谱仪进行数据采集(依赖性强)，分析软件只能用于商业公司自身的质谱仪(通用性差)等缺陷，其应用范围受到限制。 本研究目的是开发一整套具有自主知识产权的基于稳定同位素标记和液质联用的蛋白质组学定量新策略，实现高通量，高准确性，高灵敏度的蛋白质组学定量分析，用来克服商业化试剂存在的不足，摆脱对于商业化标记试剂的依赖性。 本研究首先建立和优化了一种针对肽段还原性氨基的乙酰化稳定同位素标记方法。该方法经条件优化后具有以下优点：乙酰化稳定同位素试剂用量少，副反应少，能标记样品中全部蛋白质或肽段，标记后的蛋白质或肽段的质量差可以预测，标...

【文章页数】：151 页

【学位级别】：博士

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缩略语索引
第一章 前言
    1.蛋白质组学研究中的定量分析方法
        1.1 基于二维凝胶电泳(2-DE)的定量蛋白质组学技术
        1.2 基于蛋白质芯片技术的蛋白质组定量分析方法
        1.3 基于非标记策略的蛋白质组定量方法
        1.4 基于稳定同位素标记的蛋白质组定量分析方法
        1.5 非稳定同位素标记的质量丰度标签技术
        1.6 定量蛋白质组分析软件
        1.7 展望
    2.本文研究工作
    参考文献
第二章 乙酰化稳定同位素标记方法的建立与优化
    1.材料与方法
        1.1 仪器与试剂
        1.2 实验方法
    2.结果与讨论
        2.1 乙酰化标记的基本原理
        2.2 乙酰化标记反应条件优化
            2.2.1 不同缓冲体系对乙酰化反应效率的影响
            2.2.2 乙酰化试剂用量对乙酰化效率的影响
            2.2.3 pH值对乙酰化效率的影响
            2.2.4 温度对乙酰化效率的影响
            2.2.5 反应时间对乙酰化效率的影响
            2.2.6 乙酰化位点的确定
            2.2.7 乙酰化标记反应中形成的酯键及其去除效果的考察
            2.2.8 乙酰化稳定同位素标记马心肌红蛋白酶切肽段的动态范围考察
            2.2.9 乙酰化标记对肽段在MALDI源质谱离子化效率的影响
            2.2.10 乙酰化标记在反相色谱中的色谱行为
            2.2.11 基于乙酰化标记的定量蛋白质组学研究策略
    3 小结
    参考文献
第三章 胍基化修饰的乙酰化稳定同位素标记方法的建立与优化
    1.材料与方法
        1.1 仪器与试剂
        1.2 实验方法
    2.结果与讨论
        2.1 基于胍基化修饰的乙酰标记原理
        2.2 基于胍基化修饰的乙酰化标记效率的考察
        2.3 胍基化修饰的乙酰化稳定同位素标记方法在ESI源质谱中的线性范围考察
        2.4 基于胍基化修饰的乙酰化稳定同位素标记定量蛋白质组学研究策略
    3 小结
    参考文献
第四章 基于稳定同位素标记技术的高通量蛋白质N末端肽组学研究
    1 材料与方法
        1.1 仪器与试剂
        1.2 实验方法
    2 结果与讨论
        2.1 N末端特异性识别原理
        2.2 模式蛋白质的选择
        2.3 蛋白质的胍基化修饰
        2.4 N—末端肽段的特异性识别
        2.5 规模化识别大肠杆菌蛋白质N末端
    3 小结
    参考文献
第五章 乙酰化稳定同位素标记方法在四氯化碳致大鼠肝损伤组织CYP450蛋白质组定量研究中的应用
    1.材料与方法
        1.1 仪器与试剂
        1.2 实验方法
    2.结果与讨论
        2.1 血生化和病理学
        2.2 胶内标准曲线
        2.3 微粒体蛋白质SDS-PAGE分离
        2.4 CYP450蛋白质组定量分析策略
        2.5 CYP450蛋白定量分析结果
    3.小结
    参考文献
第六章 胍基化修饰的乙酰化稳定同位素标记与自动化分析软件MSAQ的研发及其在人血浆定量蛋白质组研究中的应用
    1 材料与方法
        1.1 仪器与试剂
        1.2 实验方法
    2 结果与讨论
        2.1 FT质谱仪质量准确度的评估及校正
        2.2 胍基化的修饰乙酰化标记方法用于血浆蛋白质定量研究
        2.3 傅立叶变换离子回旋共振质谱仪(FTICR-MS)高质量的数据采集
        2.4 同位素效应
        2.5 不同定量方法之间的比较
        2.6 肽段定量比值和肽段对定量比值的比较
        2.7 不同阶段肝炎病人血浆定量蛋白质组学分析
    3.小结
    参考文献
总结
在读期间研究成果
致谢
附:文献综述



本文编号：3809793