1245个SNPs靶向捕获与高通量测序体系的构建及法医学应用初探

发布时间：2024-03-04 22:28

　　研究背景:近些年随着现代技术的不断革新,法医物证检验也朝着更为先进的方向发展。其中在现代法医物证检验中运用最为广泛的是短串联重复序列(Short tandem repeat,STR)为遗传标记,结合高分辨率的毛细管电泳技术(Capillary electrophoresis,CE)进行个体识别和亲子鉴定。STR具有较高的个体识别效能,可以解决一般的法医学问题。然而,单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)与传统的STR基因座相比,具有扩增产物片段较小,在基因组中发布广泛,低突变率等特点,可用于解决目前STR难以解决的法医复杂检材,比如混合样本的鉴定(大于10:1的混合比例)和高度降解的检材(<100bp)的鉴定。现有的市场上的SNP体系主要是通过基于引物单碱基延伸方法和Sanger测序技术进行SNP基因分型,但由于PCR复合扩增体系限制,只能同时分析少量SNP位点,这在很大程度上限制了SNP标记的应用。二代测序技术(Next generation sequencing,NGS)相较于Sanger测序而言,具有测序深度高,并行性强和准...

【文章页数】：100 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.MIP分子的结构和目标区域捕获和建库测序概述

PrimerSequenceMIP_SEQ_FORCATACGAGATCCGTAATCGGGAAGCTGAAGMIP_SEQ_REVACACGCACGATCCGACGGTAGTGTMIP_SEQ_INDXACACTACCGTCGGATCGTGCGTGT（五）Sanger....

图3.两次优化MIP体系中uniquereads分布情况

华中科技大学硕士学位论文果不可靠或达不到分型的基本要求。为了提高MIP体系的捕获效率平衡性，我们将MIP分为三类：A）良好：≥0.5mean，B）中等：≥0.1mean和<0.5mean;C）差：<0.1mean。在第二次测试中，我....

图4.随机选择的SNP的Sanger测序验证

华中科技大学硕士学位论文随后，对于两个测试，使用相同的过滤和基因分型标准（uniquereads≥20;FMAR≥0.9表示纯合子基因型，0.5≤FMAR≤0.6表示杂合子基因型）对所有SNP位点进行基因分型。第一次实验（未平衡）在12....

图5：210来自中国湖北省的无关个体的遗传多态性结果

MAF小于0.2。当剔除这些位点时，在线性回归计算R2增加至0.63（红色虚线，图5C），表明大部分的SNP位点在湖北人群与EAS群体之间具有较好相关性。对于湖北人群，MAF≥0.2的SNP为95.0％（1096个中1041个），MAF≥0.3....

本文编号：3919262