人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞基因表达影响的研究

发布时间：2020-04-07 23:34

【摘要】：目的:明确中药提取物人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞活性的影响,确定中药提取物人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞干预的最佳药物剂量;筛查在中药提取物人参皂苷Rh1干预下乳腺癌SKBR3细胞中差异表达的基因,并运用生物信息学对差异表达基因的功能及相关信号通路进行分析。材料与方法:应用MTS方法培养乳腺癌SKBR3细胞,明确中药提取物人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞活性的影响,确定中药提取物人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞干预的最佳药物剂量;应用高通量测序技术筛查在中药提取物人参皂苷Rh1的干预下乳腺癌SKBR3细胞中差异表达的基因,并应用生物信息学对差异表达基因的功能及相关信号通路进行分析。结果:1.MTS结果发现:500μM中药提取物人参皂苷Rh1在24小时、48小时对乳腺癌SKBR3细胞的活性有明显抑制作用,且差异具有统计学意义。2.高通量测序结果发现:在中药提取物人参皂苷Rh1的干预下,乳腺癌SKBR3细胞中差异表达的基因6580个,包括上调的差异表达基因3403个。下调的差异表达基因3177个。经NCBI数据库注释后,筛查出的差异表达基因中m RNA和lnc RNA分别为5967个和451个;KEGG生物通路富集分析发现:差异表达基因在人类乳头瘤病毒感染、剪接体、细胞凋亡、p53信号通路、TNF信号通路等信号通路中结果显著;GO生物通路富集分析发现:差异表达基因在调节细胞外基质的组成、辅因子结合、内质网内腔、核糖核蛋白复合物的生物合成、GDP结合、染色体区域等基因功能中结果显著。结论:1.500μM中药提取物人参皂苷Rh1在24小时和48小时对乳腺癌SKBR3细胞的活性具有显著的抑制作用。2.中药提取物人参皂苷Rh1可能通过干预人类乳头瘤病毒感染、剪接体、细胞凋亡、p53信号通路、TNF信号通路等信号通路对SKBR3细胞的活性进行抑制。3.中药提取物人参皂苷Rh1可能通过调节细胞外基质的组成、辅因子结合、内质网内腔、核糖核蛋白复合物的生物合成、GDP结合、染色体区域等基因功能对SKBR3细胞活性进行抑制。
【图文】：

毛细管电泳法,完整性,样品,检测结果

图 2 毛细管电泳法检测 RNA 完整性样品编号样品名称 RIN 28S/18S S17101003 SKBR1-1 9.0 1.26 S17101004 SKBR1-2 9.8 1.6 S17101005 SKBR1-3 9.6 1.57 S17101006 SKBR1-RH1-1 8.8 0.79 S17101007 SKBR1-RH1-2 9.1 1.39 S17101008 SKBR1-RH1-3 8.6 1.09 表 2 Qiaxcel 检测结果检结果样品 RNA 检测结果进行汇总分析（表 3），结果显示六组样品的合实验要求，样品合格，满足构建 2 次文库的要求。

分布图,碱基组成,分布图,碱基

图 3 R1 碱基组成分布图（1）图 4 R1 碱基组成分布图（2）3.4 碱基质量分布根据质控条件统计对每个测序循环的碱基质量进行统计，并绘制碱基质量分布图，以便从整体水平上评估测序质量，我们将碱基位置设置为横坐标，将对应的 Q 值设置为纵坐标，红线代表中位数，蓝线表示平均值，黄色表示 25%-75%的区间，触须是 10%-90%。由于测序采用的是 2X150 碱基的测序模式，所以测序包含 6 个样本，每个样本相对应两个碱基质量分布图，，图 5、图 6 为样本 R1 碱基质量分布图。
【学位授予单位】：辽宁中医药大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R285.5

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