银杏叶提取物抗氧化机制的网络药理学研究
发布时间：2021-11-10 11:42
目的基于网络药理学研究银杏叶提取物抗氧化的机制。方法通过UPLC-Q-TOF MS分析银杏叶提取物中的化学成分,在PubChem数据库中查询其化学成分的Canonical SMILES号,利用Swiss Target Prediction数据库查找其化学成分的靶点,使用UniProt数据库对其进行批量标准化后,与CTD数据库、GeneCards数据库比对得到银杏叶提取物抗氧化作用的靶点,利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络,进行GO生物功能与模块分析、KEGG通路富集分析,Cytoscape构建成分-靶点-通路网络图。结果从银杏叶提取物中筛选出31种化学成分,检索出28个靶蛋白,与抗氧化有关的靶点有26个。银杏叶提取物发挥抗氧化作用可能涉及AKT1、MAPK1、MAPK14靶点,以及MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等相关通路。结论本研究反映了银杏叶提取物多成分、多靶点、多通路的作用特点,可为后续相关作用新机制研究提供线索和启示。
【文章来源】：中药新药与临床药理. 2020,31(08)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
银杏叶提取物靶点间相互作用网络
通过ImageGP的“GO Enrichment Plot”插件对银杏叶抗氧化作用的28个潜在靶点进行GO生物过程富集分析，结果见图3。主要富集到30条生物过程，GO分析有3个分支，生物过程（BP,Biological Process）有10个，细胞成分（CC,Cellular Component）有10个，分子功能（MF,Molecular Function）有10个。银杏叶抗氧化作用的生物过程中主要富集到细胞应激、细胞死亡调控、程序性细胞死亡调控、细胞凋亡调控等；细胞组分富集到细胞质、细胞外空间、胞质溶胶、微粒体、囊泡分数等；分子功能中富集到蛋白结合、辅酶结合、蛋白二聚体活性等过程。随着系统生物学研究的深入，我们发现生物分子并不以单体的形式发挥作用，而常通过相互作用的模块组成的分子网络进行工作。根据“MCODE”聚类分析算法将GO生物过程进行模块分析，筛选得到K-Core≥2的9个聚类模块（图4），分别是脂质代谢过程、离子稳态、生物种间相互作用、多细胞生物繁殖、分子功能的正调控/转录因子活性的调节、免疫系统过程、核膜组织、细胞内蛋白运输的调节、脂肪酸代谢过程等生物过程。
采用Cytoscape软件的“Merge”功能构建成分-靶点-通路网络图，见图6。由图可知，该网络有78个节点，包括30种成分、28个靶点、20条通路和233条边。成分节点越大，说明度值越大，与其相连的靶点数越多。另外，靶点节点越大，靶点度越大，与其相连的成分越多。图6中七叶内酯、木犀草素、β-谷甾醇、胡萝卜苷等度值较大，表明其可能是银杏叶提取物发挥抗氧化作用的关键成分。AKT1、MAPK1、MAPK14等靶点节点较大，说明其可能成为银杏抗氧化作用的靶点。MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等是银杏叶提取物抗氧化作用的潜在通路。图5 银杏叶提取物KEGG通路富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]CTD数据库架构及数据获取查询与提取方法[J]. 闫小妮,田国祥,贺海蓉,刘晓敏,张军,吕军. 中国循证心血管医学杂志. 2019(08)
[2]UniProt蛋白质数据库简介[J]. 罗静初. 生物信息学. 2019(03)
[3]银杏叶提取物对辐射损伤小鼠脾脏氧化应激和蛋白激酶C活性的影响[J]. 任明,张妍,李容杭,李秋菊. 吉林大学学报(医学版). 2019(02)
[4]UPLC-MS/MS测定银杏叶提取物中10个黄酮类成分的含量[J]. 胡蓉蓉,姚鑫. 中国实验方剂学杂志. 2017(24)
[5]银杏叶史话:中药/植物药研究开发的典范[J]. 杨扬,周斌,赵文杰. 中草药. 2016(15)
[6]复方银杏叶颗粒改善人脐静脉内皮细胞氧化应激损伤的作用及其机制研究[J]. 李琦,陈熹,阚晓溪,李玉洁,杨庆,王娅杰,陈颖,翁小刚,蔡维艳,黄鹤飞,朱晓新. 中国中药杂志. 2016(04)
[7]氧化应激在肥胖及胰岛素抵抗中的作用研究进展[J]. 刘颐轩,宋桉,王芸,段力园,宋光耀. 解放军医药杂志. 2014(01)
[8]氧化应激与心血管疾病关系的研究进展[J]. 王全伟,凡文博,王智昊,吴扬. 中国老年学杂志. 2014(01)
[9]银杏叶提取物主要活性成分药动学研究进展[J]. 汪素娟,康安,狄留庆,张圣洁,田乐,周伟,恽菲,单进军,赵晓莉,毕肖林. 中草药. 2013(05)
[10]银杏叶提取物及其主要成分抗氧化作用的比较(英文)[J]. 刘晓平,栾佳杰,Christopher E·P·Goldring. 中药材. 2009(05)
博士论文
[1]Akt2是Akt家族中抗氧化应激的主要激酶并通过多条信号途径抑制过氧化氢诱导的细胞凋亡[D]. 张兰.湖南师范大学 2011
硕士论文
[1]过氧化氢诱导的L6细胞胰岛素抵抗及EGB对胰岛素抵抗的改善作用[D]. 谢凤洋.吉林大学 2017
[2]高浓度臭氧对银杏叶片抗氧化系统活性及MAPKs信号通路蛋白表达的影响[D]. 高姗姗.辽宁大学 2016
[3]银杏叶提取物保护心肌细胞抗氧化损伤及其基于Keap1/Nrf2/ARE通路的作用机制[D]. 朱燕梅.成都医学院 2015
本文编号：3487178
【文章来源】：中药新药与临床药理. 2020,31(08)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
银杏叶提取物靶点间相互作用网络
通过ImageGP的“GO Enrichment Plot”插件对银杏叶抗氧化作用的28个潜在靶点进行GO生物过程富集分析，结果见图3。主要富集到30条生物过程，GO分析有3个分支，生物过程（BP,Biological Process）有10个，细胞成分（CC,Cellular Component）有10个，分子功能（MF,Molecular Function）有10个。银杏叶抗氧化作用的生物过程中主要富集到细胞应激、细胞死亡调控、程序性细胞死亡调控、细胞凋亡调控等；细胞组分富集到细胞质、细胞外空间、胞质溶胶、微粒体、囊泡分数等；分子功能中富集到蛋白结合、辅酶结合、蛋白二聚体活性等过程。随着系统生物学研究的深入，我们发现生物分子并不以单体的形式发挥作用，而常通过相互作用的模块组成的分子网络进行工作。根据“MCODE”聚类分析算法将GO生物过程进行模块分析，筛选得到K-Core≥2的9个聚类模块（图4），分别是脂质代谢过程、离子稳态、生物种间相互作用、多细胞生物繁殖、分子功能的正调控/转录因子活性的调节、免疫系统过程、核膜组织、细胞内蛋白运输的调节、脂肪酸代谢过程等生物过程。
采用Cytoscape软件的“Merge”功能构建成分-靶点-通路网络图，见图6。由图可知，该网络有78个节点，包括30种成分、28个靶点、20条通路和233条边。成分节点越大，说明度值越大，与其相连的靶点数越多。另外，靶点节点越大，靶点度越大，与其相连的成分越多。图6中七叶内酯、木犀草素、β-谷甾醇、胡萝卜苷等度值较大，表明其可能是银杏叶提取物发挥抗氧化作用的关键成分。AKT1、MAPK1、MAPK14等靶点节点较大，说明其可能成为银杏抗氧化作用的靶点。MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等是银杏叶提取物抗氧化作用的潜在通路。图5 银杏叶提取物KEGG通路富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]CTD数据库架构及数据获取查询与提取方法[J]. 闫小妮,田国祥,贺海蓉,刘晓敏,张军,吕军. 中国循证心血管医学杂志. 2019(08)
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[3]银杏叶提取物对辐射损伤小鼠脾脏氧化应激和蛋白激酶C活性的影响[J]. 任明,张妍,李容杭,李秋菊. 吉林大学学报(医学版). 2019(02)
[4]UPLC-MS/MS测定银杏叶提取物中10个黄酮类成分的含量[J]. 胡蓉蓉,姚鑫. 中国实验方剂学杂志. 2017(24)
[5]银杏叶史话:中药/植物药研究开发的典范[J]. 杨扬,周斌,赵文杰. 中草药. 2016(15)
[6]复方银杏叶颗粒改善人脐静脉内皮细胞氧化应激损伤的作用及其机制研究[J]. 李琦,陈熹,阚晓溪,李玉洁,杨庆,王娅杰,陈颖,翁小刚,蔡维艳,黄鹤飞,朱晓新. 中国中药杂志. 2016(04)
[7]氧化应激在肥胖及胰岛素抵抗中的作用研究进展[J]. 刘颐轩,宋桉,王芸,段力园,宋光耀. 解放军医药杂志. 2014(01)
[8]氧化应激与心血管疾病关系的研究进展[J]. 王全伟,凡文博,王智昊,吴扬. 中国老年学杂志. 2014(01)
[9]银杏叶提取物主要活性成分药动学研究进展[J]. 汪素娟,康安,狄留庆,张圣洁,田乐,周伟,恽菲,单进军,赵晓莉,毕肖林. 中草药. 2013(05)
[10]银杏叶提取物及其主要成分抗氧化作用的比较(英文)[J]. 刘晓平,栾佳杰,Christopher E·P·Goldring. 中药材. 2009(05)
博士论文
[1]Akt2是Akt家族中抗氧化应激的主要激酶并通过多条信号途径抑制过氧化氢诱导的细胞凋亡[D]. 张兰.湖南师范大学 2011
硕士论文
[1]过氧化氢诱导的L6细胞胰岛素抵抗及EGB对胰岛素抵抗的改善作用[D]. 谢凤洋.吉林大学 2017
[2]高浓度臭氧对银杏叶片抗氧化系统活性及MAPKs信号通路蛋白表达的影响[D]. 高姗姗.辽宁大学 2016
[3]银杏叶提取物保护心肌细胞抗氧化损伤及其基于Keap1/Nrf2/ARE通路的作用机制[D]. 朱燕梅.成都医学院 2015
本文编号：3487178
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