基于多靶点分子对接初探宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎的物质基础
发布时间：2022-01-08 23:43
目的:运用分子对接、靶点反向预测及反向分子对接技术探索宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的物质基础及可能的分子机制。方法:在中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索宣肺化浊方中10味中药化合物,以血管紧张素转换酶2（ACE2）,白细胞介素-6受体（IL-6R）为靶蛋白,运用分子对接筛选方中与ACE2,IL-6R对接打分较好且符合类药性的化合物,并进行化学信息学层次聚类分析;利用Swiss Target Prediction预测化合物潜在靶点;运用Cytoscape构建化合物-靶点网络;利用STRING分析靶点蛋白互相作用。结果:宣肺化浊方中针对ACE2潜在有活性的化合物共312个,活性较强的化合物15个;针对IL-6R符合条件的活性化合物共100个,活性较强的化合物3个,对活性较强的化合物进行化学信息学层次聚类分析发现大多属于黄酮类。药味-有效成分-靶点网络包含药材10味、化合物126个、靶点130个;STRING分析显示磷脂酰肌醇3激酶调节亚基1（PIK3R1）,肉瘤基因（SRC）,丝苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）,雄激素受体（AR）和表皮生长因子受体（EGFR）等蛋白...
【文章来源】：中国实验方剂学杂志. 2020,26(16)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
花旗松素(A)，香叶木素(B)，槲皮素(C)与ACE2的相互作用
芦荟大黄素(A),physciondiglucoside(B),5,8,2"-trihydroxy-7-methoxyflavone(C)与IL-6R的相互作用
本研究基于STRING数据库分析宣肺化浊方潜在作用靶点之间的交互作用，以交互作用高可信度（>0.7）靶点构建交互作用网络（图4），该网络包括102个节点和270条边。在蛋白质交互作用网络中，节点蛋白在网络中的地位不相同，较重要的节点为关键节点（key nodes）。网络节点度参数是网络关键节点评价的常用方法[29]。在清肺通络方作用蛋白质交互作用网络中，PIK3R1(24),SRC(21),AKT1(20),AR(17）和EGFR(16）是度值最大的前5个节点，这5个节点是宣肺化浊方潜在的关键靶点，可能在其治疗过程中发挥重要作用。采用Glide软件对在基于靶点预测以及PPI分析结果，对上述5个靶点中有晶体结构的4个靶点进行分子分子对接验证。在PDB数据库中查找并下载PIK3R1(PDB ID:4I6J),SRC(PDB ID:4U5J),AKT1(PDB ID:4EKL）和ECFR(PDB ID:3W2S）结构，并与预测化合物进行分子对接。通过对分子对接结果统计，预测到相应靶点的化合物与各自靶点有相互作用（打分值<-5分，去重）的比例分别为PIK3R1(19/20),SRC(31/44),AKT1(10/16）和EGFR(41/47）总比例为79.53%。分子对接结果表明，化合物靶点反向预测准确度较高，验证了上述KEGG和GO富集分析以及PPI结果的合理性。图4 宣肺化浊方靶蛋白-蛋白相互作用网络
【参考文献】：
期刊论文
[1]宣肺化浊加减方治疗新型冠状病毒肺炎40例临床疗效观察[J]. 史桐凡,周谷城,张利英,牛帆,柯宜诚,周婷,王庆胜,靳晓杰,刘东玲,魏本君,张卫强,张志明,刘永琦. 中国实验方剂学杂志. 2020(16)
[2]宣肺化浊方治疗新型冠状病毒感染肺炎的网络药理学分析[J]. 刘东玲,王浩嘉,任伟钰,苏敬,郑宜鋆,侯雯倩,靳晓杰,宁艳梅,李佳蔚,张志明,刘永琦. 中国实验方剂学杂志. 2020(16)
[3]基于网络药理学和分子对接技术初步探索“清肺排毒汤”抗新型冠状病毒肺炎作用机制[J]. 吴昊,王佳琪,杨雨薇,李天怡,曹一佳,曲玉霞,靳玉洁,张晨宁,孙毅坤. 药学学报. 2020(03)
[4]Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission[J]. Xintian Xu,Ping Chen,Jingfang Wang,Jiannan Feng,Hui Zhou,Xuan Li,Wu Zhong,Pei Hao. Science China（Life Sciences）. 2020(03)
[5]芫花素对于MC3T3-E1细胞向成骨细胞分化的影响[J]. 贾军,费乔曼,邱曼曼,王雯雯,黄欢,杨冰,张玲,梅玫,周慧. 现代药物与临床. 2020(01)
[6]基于分子对接探讨红芪中小分子拮抗肿瘤坏死因子受体1的可能性[J]. 李研,骆亚莉,刘永琦,冯彩琴,靳晓杰,朱永昌. 中国实验方剂学杂志. 2019(17)
[7]基于网络药理学葛根解热作用机制研究[J]. 李冰涛,翟兴英,李佳,涂珺,张启云,徐国良,黄丽萍,邵峰,朱卫丰,刘荣华. 药学学报. 2019(08)
[8]羌活中香豆素类化学成分及其抗氧化活性研究[J]. 刘文武,蒋晓文,张帅,祖宇欣,赵庆春. 中草药. 2019(06)
[9]连翘抗炎药效物质基础及其作用机理研究进展[J]. 龚莉虹,余琳媛,胡乃华,李芸霞. 中药与临床. 2019(01)
[10]分子对接在中药药效物质筛选及作用机制研究中的应用进展[J]. 王文军,丁一,窦芳,许航,简宇凡,封小娜,文爱东. 中国药师. 2018(06)
本文编号：3577504
【文章来源】：中国实验方剂学杂志. 2020,26(16)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
花旗松素(A)，香叶木素(B)，槲皮素(C)与ACE2的相互作用
芦荟大黄素(A),physciondiglucoside(B),5,8,2"-trihydroxy-7-methoxyflavone(C)与IL-6R的相互作用
本研究基于STRING数据库分析宣肺化浊方潜在作用靶点之间的交互作用，以交互作用高可信度（>0.7）靶点构建交互作用网络（图4），该网络包括102个节点和270条边。在蛋白质交互作用网络中，节点蛋白在网络中的地位不相同，较重要的节点为关键节点（key nodes）。网络节点度参数是网络关键节点评价的常用方法[29]。在清肺通络方作用蛋白质交互作用网络中，PIK3R1(24),SRC(21),AKT1(20),AR(17）和EGFR(16）是度值最大的前5个节点，这5个节点是宣肺化浊方潜在的关键靶点，可能在其治疗过程中发挥重要作用。采用Glide软件对在基于靶点预测以及PPI分析结果，对上述5个靶点中有晶体结构的4个靶点进行分子分子对接验证。在PDB数据库中查找并下载PIK3R1(PDB ID:4I6J),SRC(PDB ID:4U5J),AKT1(PDB ID:4EKL）和ECFR(PDB ID:3W2S）结构，并与预测化合物进行分子对接。通过对分子对接结果统计，预测到相应靶点的化合物与各自靶点有相互作用（打分值<-5分，去重）的比例分别为PIK3R1(19/20),SRC(31/44),AKT1(10/16）和EGFR(41/47）总比例为79.53%。分子对接结果表明，化合物靶点反向预测准确度较高，验证了上述KEGG和GO富集分析以及PPI结果的合理性。图4 宣肺化浊方靶蛋白-蛋白相互作用网络
【参考文献】：
期刊论文
[1]宣肺化浊加减方治疗新型冠状病毒肺炎40例临床疗效观察[J]. 史桐凡,周谷城,张利英,牛帆,柯宜诚,周婷,王庆胜,靳晓杰,刘东玲,魏本君,张卫强,张志明,刘永琦. 中国实验方剂学杂志. 2020(16)
[2]宣肺化浊方治疗新型冠状病毒感染肺炎的网络药理学分析[J]. 刘东玲,王浩嘉,任伟钰,苏敬,郑宜鋆,侯雯倩,靳晓杰,宁艳梅,李佳蔚,张志明,刘永琦. 中国实验方剂学杂志. 2020(16)
[3]基于网络药理学和分子对接技术初步探索“清肺排毒汤”抗新型冠状病毒肺炎作用机制[J]. 吴昊,王佳琪,杨雨薇,李天怡,曹一佳,曲玉霞,靳玉洁,张晨宁,孙毅坤. 药学学报. 2020(03)
[4]Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission[J]. Xintian Xu,Ping Chen,Jingfang Wang,Jiannan Feng,Hui Zhou,Xuan Li,Wu Zhong,Pei Hao. Science China（Life Sciences）. 2020(03)
[5]芫花素对于MC3T3-E1细胞向成骨细胞分化的影响[J]. 贾军,费乔曼,邱曼曼,王雯雯,黄欢,杨冰,张玲,梅玫,周慧. 现代药物与临床. 2020(01)
[6]基于分子对接探讨红芪中小分子拮抗肿瘤坏死因子受体1的可能性[J]. 李研,骆亚莉,刘永琦,冯彩琴,靳晓杰,朱永昌. 中国实验方剂学杂志. 2019(17)
[7]基于网络药理学葛根解热作用机制研究[J]. 李冰涛,翟兴英,李佳,涂珺,张启云,徐国良,黄丽萍,邵峰,朱卫丰,刘荣华. 药学学报. 2019(08)
[8]羌活中香豆素类化学成分及其抗氧化活性研究[J]. 刘文武,蒋晓文,张帅,祖宇欣,赵庆春. 中草药. 2019(06)
[9]连翘抗炎药效物质基础及其作用机理研究进展[J]. 龚莉虹,余琳媛,胡乃华,李芸霞. 中药与临床. 2019(01)
[10]分子对接在中药药效物质筛选及作用机制研究中的应用进展[J]. 王文军,丁一,窦芳,许航,简宇凡,封小娜,文爱东. 中国药师. 2018(06)
本文编号：3577504
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