肿瘤相关基因3’UTR单核苷酸多态性与泸州地区人群结直肠癌易感性相关研究

发布时间：2017-12-10 22:30

  本文关键词：肿瘤相关基因3’UTR单核苷酸多态性与泸州地区人群结直肠癌易感性相关研究

  更多相关文章： 结直肠癌 单核苷酸多态性 VEGF APC KRAS TGFBR1

【摘要】：研究背景及目的:结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)是人类第3大常见恶性肿瘤,在中国,恶性肿瘤已跃居主要疾病死亡率的首位,且结直肠癌排在危害最大的恶性肿瘤第5位,由于肿瘤发生的隐匿性,往往发现时已是中晚期,对患者的生存率和生存质量都有不可挽回的影响。因此,研究结直肠癌的发病机制,寻找其早期诊断、预防以及预后的分子标志就显得尤为重要。结直肠癌是一个多基因参与、多因素作用的复杂疾病。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是广泛分布于人类基因组中的稳定的多态性位点,其最低等位基因频率0.1,能够较好的反映个体遗传背景及个体差异。近年来,生物信息技术的发展和人类基因组计划的成功进行,提供了大量的SNPs遗传信息及实现对SNPs快速化、自动化、规模化检测的技术手段,使得SNPs在肿瘤的预后评估方面具有广阔的应用前景。目前,人类基因组中已发现超过1000万个SNPs位点,其中有相当一部分多态性位点落在了3’端非翻译区(3’Untranslated Region,3’UTR)。最近的研究已经证实,这些位于3’端非翻译区的SNPs可能会通过影响micro RNA(mi RNA)在内的多种binding蛋白与m RNA的结合及改变m RNA的空间构象等方式影响m RNA的稳定性,从而参与靶基因转录后调控。本项研究的目的是筛选并探讨结直肠癌相关基因3’UTR单核苷酸多态性,分析其与结直肠癌临床病理特征的相关性,为结直肠癌预防、早期发现、早期诊断提供实用可靠的理论,为进一步结直肠癌发病的分子机制及基因表达调控研究提供理论基础。材料及方法:本研究采用“病例-对照”实验设计,(1)研究对象为经病理诊断证实的泸州及周围地区汉族人群结直肠癌病例371例,同时收集患者一般个人资料,包括姓名、性别、年龄、吸烟状况、饮酒情况和家族史等;患者手术史;临床病理资料(病理分型,分化程度,临床分期)。同时收集同期、同地区健康体检者246例作为对照,性别、年龄与病例组相匹配。(2)数据库使用美国国立环境健康科学研究所(National Institute of Environmental Health Sciences,NIEHS),美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI),国际人类基因组单体型图计划(The International Hap Map Project,Hapmap)等数据库提供的SNPs公共数据库资源平台网站对结直肠癌相关基因APC、KRAS、VEGF、TGFBR1的3’UTR单核苷酸多态性进行初步的生物信息学筛选及功能预测。(3)利用i MLDR法对617份DNA样本进行相关基因SNPs基因型检测。(4)通过卡方检验、t检验探讨候选位点多态性与结直肠癌患病风险之间的关联以及与结直肠癌患者的临床病理参数(肿瘤部位、大小、大体类型、组织学类型、浸润深度、分化程度、TNM分期)的关系,以明确候选位点与结直肠癌易感性的关系。拟合优度χ2检验(Goodness-of-fit Chi-square test)分析病例及对照组基因型频率的分布是否符合H-W平衡;连锁不平衡和单倍体型分析:应用Haploview 4.0及SHEsis-online软件分析单倍体型及每种单倍体型在病例组和对照组之间的分布差异。结果:(1)流行病学资料分析:结直肠癌组和健康对照组之间年龄、性别分布、吸烟情况和饮酒情况无统计学差异,差异不显著(p0.05)。(2)H-W平衡检验:候选SNPs位点在病例组和对照组分布均符合H-W平衡,差异不显著(p0.05)。(3)SNPs位点等位基因多态性分析结果:rs334348、rs334349、rs3025039、rs3025040和rs1804197位点等位基因频率分布与结直肠癌组和健康对照组之间差异有统计学意义,差异显著(p0.05)。(4)SNPs位点基因型多态性分析结果:rs3025040 CC/CT+TT基因型OR=0.696(0.489~0.992),rs1804197 CC/AA+AC基因型OR=1.584(1.130~2.220)。(5)基因单体型分析结果:本研究候选基因未找到结直肠癌易感性相关单倍体。结论:(1)KRAS基因上rs1137188与rs9266位点、TGFBR1基因上rs334348与rs334349位点、VEGF基因上rs3025039与rs3025040位点存在完全连锁不平衡。(2)TGFBR1基因3’UTR多态性位点rs334348、rs334349与结直肠癌易感性相关。其中rs334348位点携带A等位基因及rs334349位点携带G等位基因个体,结直肠癌患病风险高。(3)VEGF基因3’UTR多态性位点rs3025039、rs3025040与结直肠癌易感性相关。携带T等位基因个体结直肠癌患病风险高。rs3025039位点TT+CT基因型个体患病风险较CC基因型个体高。(4)VEGF基因3’UTR多态性位点rs10434、rs3025053与结直肠癌易感性无相关性。(5)APC基因3’UTR多态性位点rs41116与结直肠癌易感性无相关性。rs1804197与结直肠癌易感性相关,该位点携带C等位基因及CC基因型个体,结直肠癌患病风险高。(6)KRAS基因3’UTR多态性位点rs1137188、rs9266与结直肠癌易感性无相关性。
【学位授予单位】：四川医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R735.34

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 王敬慧;张权;张卉;王群慧;杨新杰;顾艳斐;张树才;;ERCC1基因多态性与晚期非小细胞肺癌患者铂类化疗疗效的关系[J];中国肺癌杂志;2010年04期

2 刘伟;王丽;余英豪;王旭洲;武一曼;吴在增;欧阳学农;王烈;;k-ras基因在中国结直肠癌患者中的突变状态[J];世界华人消化杂志;2011年13期

3 雷宇鹏;陈红霞;周晓东;;miR-126调控胃癌细胞VEGFA及其下游靶蛋白Akt、mTOR、Erk1/2的表达[J];世界华人消化杂志;2013年36期

，

本文编号：1276168