整合分析识别诊断甲状腺乳头状癌相关基因

发布时间：2018-03-21 05:14

  本文选题：甲状腺乳头状癌　切入点：整合分析　出处：《重庆医科大学》2017年硕士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：目的:通过发现潜在的与甲状腺乳头状癌相关的基因,为研究其发病机理及寻找、识别诊断的标志物打下基础。方法:通过整合分析基因芯片数据库去识别甲状腺乳头状癌与正常甲状腺组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。GO(Gene Ontology)功能聚类分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢通路聚类分析去发掘差异表达基因的功能。然后建立差异表达基因间的蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。最后筛选出11个差异表达基因进行q RT-PCR验证。结果:本研究获得了5个GEO(Gene Expression Omnibus)数据库。通过分析,154个差异表达基因被识别,包括26个上调基因和128个下调基因。在蛋白质相互作用网中,MLLT1、DLG2和EFEMP1是枢纽蛋白质,其中DLG2和EFEMP1与肿瘤的进程有关。在选择的11个上调和下调基因中,失调的TPO、MPPED2和CDH16基因有可能是与甲状腺乳头状癌最相关的肿瘤基因。结论:通过整合分析多基因的表达谱与我们验证的结果,本研究推断下调的TPO和MPPED2将会成为诊断甲状腺乳头状癌最有可能的诊断标志物。
[Abstract]:Objective: to find the potential genes associated with papillary thyroid carcinoma, for studying its pathogenesis and lay a foundation for marker identification and diagnosis. Methods: through the integration analysis of gene chip database to identify the differences between papillary thyroid carcinoma and normal thyroid tissue gene expression (differentially expressed genes DEGs (.GO) Gene Ontology) function cluster analysis and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathway cluster analysis to explore the functions of differentially expressed genes. Then a differentially expressed gene interaction protein (protein-protein interaction PPI) network. Finally screened 11 differentially expressed genes were verified by RT-PCR Q. The results obtained in this study: 5 GEO (Gene Expression Omnibus) database. Through the analysis, identified 154 differentially expressed genes, including 26 up-regulated genes and 128 Down regulated genes. MLLT1 in protein interaction network, DLG2, and EFEMP1 is the hub of proteins, including DLG2 and EFEMP1 and tumor related process. In the 11 up-regulated and down regulated genes selection, dysregulation of TPO MPPED2 and CDH16 gene may be associated with the gene in papillary carcinoma of thyroid tumor. Conclusion through the integrated analysis of multiple gene expression profiles and we validated the results of the study concluded that down-regulation of TPO and MPPED2 will be the diagnosis of papillary thyroid cancer most likely marker.

【学位授予单位】：重庆医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R736.1

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本文编号：1642405