基于RNA-seq研究胶质母细胞瘤中差异表达基因及蛋白相互作用网络

发布时间：2018-04-16 13:24

  本文选题：胶质母细胞瘤 + RNA-seq　； 参考：《基因组学与应用生物学》2017年04期

【摘要】：本研究基于RNA-seq数据分析了胶质母细胞瘤中的差异表达基因,并对差异表达基因进行了功能(GO term)和通路(KEGG)富集分析。进一步通过蛋白相互作用网络挖掘了胶质母细胞瘤的调控机理。结果表明,405个基因在肿瘤组织中差异表达(p-value≤0.05,|log FC|≥1.5),其中216个(53.3%)基因上调,189个(46.6%)基因下调。基因本体(gene ontology,GO)富集结果表明,这些差异表达基因参与了离子转运,神经冲动传递,细胞信号转导和细胞粘附等。此外,KEGG通路富集结果表明,差异基因参与了许多重要的生物学通路,包括ECM受体相互作用、黏着和钙信号等通路。进一步的蛋白相互作用网络分析鉴定了5个关键的hub基因,包括PTK2B、CDK1、FN1、CCND1和FOS。这5个关键基因对于胶质母细胞瘤的发生和发展可能起到了关键作用,可以作为潜在的调控位点和筛选的标志物。
[Abstract]:In this study, differential expression genes in glioblastoma were analyzed based on RNA-seq data, and the differentially expressed genes were analyzed by functional go and KEGG) enrichment.The regulatory mechanism of glioblastoma was further explored through protein interaction networks.The results showed that the differential expression of p-value was 鈮，

本文编号：1759135