环状RNA在肝细胞癌中的差异表达研究
本文选题:癌 + 肝细胞 ; 参考:《中国普通外科杂志》2017年01期
【摘要】:目的:探讨环状RNA(circ RNA)在肝细胞癌(HCC)与正常肝组织中表达谱的差异。方法:利用circ RNA芯片技术检测3例HCC组织和癌旁肝组织circ RNA的表达谱,经过对原始数据进行预处理、均一化后,找出差异表达的circ RNA(与癌旁肝组织比较,HCC组织中1.5倍以上变化并且差异有统计学意义的circ RNA定义为差异表达的circ RNA)。根据表达差异倍数较高和样本间一致性较好的原则筛选circ RNA,借助生物信息学软件预测可能受其调控的mi RNA,结合文献检索初步确定可能在HCC中具有重要作用的circ RNA。结果:与癌旁肝组织比较,HCC组织中的circ RNA表达谱发生了明显变化。HCC组织中,1.5倍以上变化的circ RNA共82条,其中上调21条,下调61条;5倍以上变化的circ RNA共3条,其中上调2条,下调1条。最终筛选出在HCC组织中明显上调的hsa-circ-0043278(8.15倍,P=0.002)、hsacirc-0006220(12.73倍,P=0.033)和明显下调的hsa-circ-0065214(6.28倍,P=0.019);生物信息学分析和文献检索显示,hsa-mi R-520可能受hsa-circ-0043278和hsa-circ-0006220调控而影响HCC的发生和进展。结论:HCC组织circ RNA表达谱发生了显著变化;hsa-circ-0043278和hsa-circ-0006220可能在HCC的发生和进展中发挥重要作用。
[Abstract]:Objective: to investigate the difference of cyclic RNA(circ expression profile in hepatocellular carcinoma (HCC) and normal liver tissues. Methods: the expression profiles of circ RNA in 3 cases of HCC and adjacent liver tissues were detected by circ RNA chip technique. The original data were preprocessed and homogenized. To find out the differentially expressed circ (circ RNA is defined as differentially expressed circ RNAs as compared with that in paracarcinomatous liver tissues by more than 1.5 times and the difference is statistically significant. Circ RNAs were screened according to the principle of high expression difference ratio and good consistency among samples. The circ RNAs were predicted by bioinformatics software, and circ RNAs which might play an important role in HCC were preliminarily identified by literature retrieval. Results: compared with the adjacent liver tissues, the expression profile of circ RNA in HCC was significantly changed. There were 82 circ RNA with more than 1.5-fold change in HCC tissue. Among them, 21 were up-regulated, and 61 were down-regulated by more than 5 times, 3 were up-regulated, among which 2 were up-regulated. Cut by one. Finally, we screened out the up-regulation of hsa-circ-0043278(8.15 in HCC tissues, which were obviously up-regulated by hsa-circ-0043278(8.15, which was 0.002hsacirc-0006220 / 12.73) and the down-regulation of hsa-circ-0065214(6.28 / P0. 019. Bioinformatics analysis and literature retrieval showed that hsa-circ-0043278 and hsa-circ-0006220 might influence the occurrence and progress of HCC. Conclusion the expression profile of circ RNA in human hepatocellular carcinoma (HCC) may play an important role in the pathogenesis and progression of HCC. The expression profile of hsa-circ-0043278 and hsa-circ-0006220 may play an important role in the pathogenesis and progression of HCC.
【作者单位】: 北京大学人民医院肝胆外科/北京市肝硬化肝癌基础研究重点实验室;
【基金】:北京大学人民医院研究与发展基金资助项目(RDC2015-01)
【分类号】:R735.7
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,本文编号:1955273
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