候选SNPs与肺癌的关联分析及作用机制的研究

发布时间：2018-10-10 16:59

【摘要】：目的:肺癌发病率在我国已居男性各种肿瘤的首位,然而其发病机制尚不完全明确。目前已经发现多个基因与肺癌有密切的关系如:ras、myc、p53等。最近几年,全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)发现许多新的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)与肺癌密切相关,部分SNPs位于基因的内含子或基因间区域,其作用机制尚不明确。因此,我们选取了6个新发现的与肺癌相关的SNPs进行关联分析,筛选出与肺癌相关联的SNP位点,进而对与肺癌有关联的SNPs作用机制进行了探讨,为更进一步了解肺癌的发生发展提供理论基础,寻找分子治疗靶点提供理论依据。方法:本实验分为两部分进行,第一部分主要研究候选SNPs与肺癌的关联分析,筛选出与肺癌相关联的SNP位点,第二部分则主要研究该SNP位点的作用机制。第一部分实验,通过病例-对照研究,采用SNa Pshot分型技术,在391例病例组和342例对照组人群中,对候选的6个SNPs进行了分型,然后通过统计学分析发现与肺癌相关SNP位点的易感基因。第二部分实验中,我们过表达了SNAI1,然后采用Luciferase实验对rs2853677位点所在区域的序列对TERT基因的调控功能进行了分析。利用电泳迁移率实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA)、染色体免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,Ch IP)实验证明了SNP位点所在区域与蛋白质的相互作用进行了检测。最后通过染色体构像捕获(Chromosome Conformation Capture,3C)技术对rs2853677位点所在区域与TERT基因转录起始位点附近区域的空间构象进行了分析。结果:第一部分实验,通过对6个SNPs位点rs753955、rs2853677、rs2736100、rs4488809、rs2741354、rs12296850基因分型,对肺癌发病进行关联分析发现rs2853677位点、rs2736100位点和rs12296850位点与肺癌(腺癌)的发生有关联,rs2853677位点上突变的等位基因C和rs2736100位点上突变的等位基因G增加罹患腺癌的风险,而rs12296850位点上突变的等位基因G降低罹患腺癌的风险。上述3个SNPs位点在中国人群中得到证实,其可在中国人群中用于预防肿瘤发生检测的标志位点。第二部分实验,我们选取了rs2853677位点进行进一步分析。Lucifer报告基因表明rs2853677位点上下游1kb区域具有增强TERT启动子活性的功能,且其增强TERT启动子活性的功能受rs2853677位点多态性影响。EMSA实验发现当rs2853677位点为等位基因T时,SNAI1可与该位点附近序列结合,而该位点为等位基因C时则不结合;Ch IP实验则证明在T/T纯合的H446细胞系中SNAI1可与rs2853677位点结合而C/C纯合的H209细胞系中SNAI1则不与rs2853677位点结合,SNAI1与该位点的结合则可以抑制增强子的活性,从而降低TERT基因的表达水平。染色质构象捕获(3C)技术确认了rs2853677位点与TERT基因启动子区存在空间上的相互靠近,更进一步验证了该区域存在TERT基因增强子。结论:通过本研究我们发现在中国人群中rs2853677位点与肺癌(腺癌)发生相关,该位点上突变的等位基因C增加罹患肺癌(腺癌)的风险。rs2853677位点所在1kb区域存在增强子而调控TERT的表达,同时rs2853677位点可作为转录因子SNAI1的结合位点且该SNP位点多态性可影响转录因子SNAI1与该区域的结合的亲和力。SNAI1与该位点的结合则可有效降低存在于该区域的TERT基因增强子的活性,从而降低TERT基因的表达水平。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：天津医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R734.2

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本文编号：2262569