胃癌组织microRNA表达谱检测及生物信息学分析

发布时间：2018-10-24 08:58

【摘要】：目的探讨微小RNA(microRNA,miRNA)在胃癌组织中的表达特征。方法采用Exiqon miRNA芯片检测3对胃癌组织及其配对正常胃黏膜组织中miRNA差异表达情况,随机选取10个上调或下调差异表达的miRNA应用qPCR技术验证;应用生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在胃癌发生、发展中的作用。结果芯片结果显示,在3对胃癌组织中有111个miRNA出现差异表达(差异倍数2,P0.05),其中上调表达95个,下调表达16个。进一步行qPCR验证的10个miRNA的表达情况与miRNA芯片结果一致(P=0.040)。聚类分析显示胃癌组织与癌旁组织存在明显的差异表达,基因本体(gene ontology,GO)及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及胃癌的凋亡、周期转换、分化、侵袭、转移及各种肿瘤通路的激活等。结论胃癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及胃癌的发生、发展。
[Abstract]:Objective to investigate the expression of micro RNA (microRNA,miRNA) in gastric carcinoma. Methods Exiqon miRNA microarray was used to detect the differential expression of miRNA in gastric carcinoma and its matched normal gastric mucosa, and 10 up-regulated or down-regulated miRNA were randomly selected to verify by qPCR technique. The role of differentially expressed miRNA and its target genes in the carcinogenesis and development of gastric cancer was analyzed by bioinformatics. Results the microarray results showed that there were 111 miRNA differentially expressed in 3 pairs of gastric cancer tissues (P 0.05), 95 of which were up-regulated and 16 were down-regulated. The expression of 10 miRNA verified by qPCR was consistent with that of miRNA chip (P0. 040). Cluster analysis showed that there was significant difference between gastric cancer tissues and adjacent tissues. Gene ontology,GO and pathway analysis showed that the differentially expressed miRNA was involved in apoptosis, cycle transition, differentiation, invasion, metastasis and activation of various tumor pathways in gastric cancer. Conclusion there is abnormal expression of miRNA in gastric carcinoma, which may be involved in the occurrence and development of gastric cancer.
【作者单位】： 海南医学院第一附属医院病理科;
【基金】：国家自然科学基金(81260321)
【分类号】：R735.2

【参考文献】

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【共引文献】

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