基于lincRNA构建的胰腺导管腺癌预后模型及其表达验证

发布时间：2020-04-24 03:03

【摘要】：目的筛选胰腺导管腺癌中差异表达的长链基因间非编码RNA,构建胰腺导管腺癌的预后模型,为评估患者预后提供参考。方法从美国肿瘤基因图谱下载146例胰腺导管腺癌及4例癌旁组织lincRNA的转录本数据,首先使用R软件筛选出差异表达的lincRNA,然后去除临床资料不完整和总生存期小于一个月的胰腺导管腺癌患者,最终纳入128例胰腺导管腺癌患者,并通过单因素比例风险回归模型筛选出与胰腺导管腺癌生存时间密切相关的lincRNA。然后将128例胰腺导管腺癌患者按照随机分配的原则,分为训练组和验证组各64例,使用多因素Cox回归模型在训练组中以前面筛选出来的与胰腺导管腺癌生存时间相关的lincRNA构建预后模型,然后采用赤池信息量准则筛选出胰腺导管腺癌的最佳预后模型,以预后模型在训练集的中位值作为分界值,将训练组和验证组分别分为高风险组和低风险组,当训练组和验证组中的高风险组与其对应的低风险组的总体生存率均有差异时意味着胰腺导管腺癌预后模型成立。然后使用在线网页多试验矩阵对预后模型中的lincRNA进行靶基因预测,并采用String在线网页绘制靶基因的蛋白网络互作图以及使用David软件分析基因本体论富集和京都基因与基因组百科全书通路。此外,收集20例胰腺导管腺癌患者的新鲜癌组织和癌旁组织标本,对模型中的lincRNA的表达进行验证,并验证胰腺导管腺癌预后模型在收集人群中的预后评估价值。结果经过差异分析,筛出44个差异表达的lincRNA,其中表达上调的为3个,表达下调的为41个,其中8个lincRNA与胰腺导管腺癌患者生存相关。胰腺导管腺癌预后模型=-0.399⒋(RPl1-147L13.15表达量)-0.262⒋(RPll-452H21.4表达量)。该预后模型显示高风险组在训练组(p=0.009)、验证组(p=0.035)、总人群(p=0.001)、男性组(p=0.035)、女性组(p=0.021)、年龄大于65岁组(p=0.000)、年龄小于等于65岁组(p=0.000)中的总体生存率均低于低风险组。此外预后模型胰腺导管腺癌的训练组、验证组、总人群、男性组、女性组、年龄大于65岁组及年龄小于等于65岁组中的5年生存率的受试者工作特征曲线下面积分别为0.738、0.754、0.762、0.729、0.753、0.754、0.756。与 RP11-147L13.15 最相关的靶基因为 TRIM52,与RP11-452H21.4最相关的靶基因为GAB2,此外,与靶基因密切相关的前三个基因本体论富集区域分别为过渡金属离子结合(p=0.000)、锌离子结合(p=0.000)和核质(p=0.002)。而在通路方面,只有神经鞘脂的信号转导通路(p=0.031)这条通路与靶基因密切相关。20例胰腺导管腺癌组织中的RP11-147L13.15和RP11-452H21.4的表达均低于癌旁组织中的表达(p0.001),胰腺导管腺癌高风险组在总人群(p=0.013)、男性组(p=0.019)、女性组(p=0.021)、年龄大于65岁组(p=0.046)和年龄小于等于65岁组(p=0.008)中的总体生存率均明显低于低风险组,而胰腺导管腺癌预后模型对于总人群、男性组、女性组、年龄大于65岁组和年龄小于等于65岁组的胰腺导管腺癌患者5年生存率的受试者工作曲线下面积分别为0.681、0.762、0.785、0.642 和 0.966。结论1.胰腺导管腺癌lincRNA预后模型(RP11-147L13.15和RP11-452H21.4)对胰腺导管腺癌患者预后的评估具有一定的参考价值。2.胰腺导管腺癌lincRNA预后模型(RP11-147L13.15和RP11-452H21.4)是胰腺导管腺癌患者的独立预后因子。
【图文】：

热图,预后,腺癌,差异分析

基于ｌｉｎｃＲＮＡ构建的胰腺导管腺癌预后模型及其表达验证３．结果逡逑腺癌ｌｉｎｃＲＮＡ预后模型的建立逡逑腺导管腺癌患者的差异表达ｌｉｎｃＲＮＡ逡逑载的１４６例胰腺导管腺癌和４例癌旁组织的ｌｌｉｎｃＲＮＡ，经过差异分析，筛出４４个差异上调的为３个（表１），表达下调的为４１个（

靶基因,预测图,神经鞘,硕士学位论文

硕士学位论文如图７所示，此外，如图８所示，列出了与靶基因密切相关的前１０，前三条分别为过渡金属离子结合（＞＝０．０００）、锌离子结合（；？＝００＝０．００２）。而在ＫＥＧＧ通路方面，只有神经鞘脂的信号转导通３１）这条通路与靶基因密切相关，如表６所示。逡逑丨逦ｍ邋一逡逑
【学位授予单位】：湖南师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R735.9

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