食管鳞癌患者外周血清蛋白在汉族、维吾尔族间的差异及预测放化疗疗效的评价

发布时间：2020-06-18 13:05

【摘要】：目的:通过对汉族、维吾尔族局部晚期或晚期食管鳞癌患者放化疗前后、近期及远期疗效血清蛋白的比较,探讨两个民族血清差异蛋白的表达特征,并初步筛选预测放化疗近期及远期疗效的差异血清蛋白并行相关通路分析。方法:1、纳入局部晚期食管鳞癌汉族、维吾尔族分别35例、28例,正规放化疗,疗效评价及随访;同时采集患者治疗前后的外周血。以健康体检者作为对照组。2、各组血清利用i TRAQ技术进行肽段标记,利用PD软件进行质谱谱图的筛选,提取后的谱图用mascot进行检索,并通过PD软件进一步定量分析,通过R软件按照不同的分组筛选差异蛋白,将差异或目标蛋白检索功能数据库的相关信息,进行生物功能富集分析。结果:1.汉族、维族食管癌血清蛋白的差异表达特征:(1)汉族放化疗前有46个血清差异蛋白,放化疗后共有22个血清差异蛋白,放化疗前对比放化疗后共有21个血清差异蛋白;通过数据库的筛选及验证,选择出差异倍数1.5-2倍,差异显著且有意义的蛋白有血小板因子4(PLF4)、半乳糖结合凝集素-3结合蛋白(LG3BP)、分泌磷蛋白24(SPP24)、锌-α-2-糖蛋白(ZA2G)、丝切蛋白(COF1)、C-反应蛋白(CRP);(2)维吾尔族放化疗前有105个血清差异蛋白,放化疗后共有114个血清差异蛋白,放化疗前对比放化疗后共有24个血清差异蛋白。通过数据库的筛选及验证,选择出差异倍数1.5-2倍,差异显著且有意义的蛋白有转铁蛋白变体、激肽原1(KNG1)、间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H1和H2、血清淀粉样蛋白A(SAA)、组蛋白、胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor,IGF)、富含组氨酸糖蛋白(HRG)、脂多糖结合蛋白(LBP)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH);2.汉族、维族食管癌疗效相关差异蛋白的表达特征:(1)汉族放化疗后近期疗效无效组与近期疗效有效组比对,共筛选出17个差异蛋白;OS:1~2年组的食管癌患者有15人,OS:2~3年组的食管癌患者有12人,共筛选出10个差异蛋白,且均是下调蛋白;OS:1~2年组的食管癌患者有15人,OS3年组的食管癌患者有8人,共筛选出10个差异蛋白;通过数据库的筛选及验证,选择出差异倍数1.5-2倍,差异显著且有意义的蛋白有聚合物免疫球蛋白受体(PIGR)、脂肪细胞因子、丝氨酸蛋白酶抑制剂、α-酸性糖蛋白、结合珠蛋白。(2)维吾尔族放化疗后近期疗效无效组与近期疗效有效组比对,共筛选出75个差异蛋白,PFS大于1年组的食管癌患者有16人,PFS小于1年组的食管癌患者有12人,两组比较共筛选出153个差异蛋白;通过数据库的筛选及验证,选择出差异倍数1.5-2倍,差异显著且有意义的蛋白有血清淀粉样蛋白、免疫球蛋白、视黄醇结合蛋白(RBP)、细胞外超氧化物岐化酶、纤连蛋白、内凝集蛋白1;3.汉族、维吾尔族食管鳞癌血清差异蛋白相关KEGG通路分析:(1)将汉族食管癌治疗前后差异蛋白导入KEGG数据库,得到P0.2的通路进行分析,共筛选出肿瘤相关通路3个,分别为小细胞肺癌通路、趋化因子信号通路、甲状腺癌通路;(2)将维吾尔族食管癌治疗前后差异蛋白导入信号通路,得到P0.05且和肿瘤相关的通路有2个,即Toll-like receptors(TLR)通路、NF-k B信号通路;(3)将汉族食管癌疗效相关差异蛋白导入KEGG通路后,在所有信号通路中筛选出与肿瘤相关通路有1个,为HIF-1信号通路;(4)将维吾尔族食管癌疗效相关差异蛋白导入KEGG通路,有统计学差异的KEGG通路有1个(P0.05),且为肿瘤相关通路有PPAR信号通路。结论:(1)通过汉族与维吾尔族食管癌外周血清差异蛋白的筛选,筛选出对诊断有价值的血清蛋白,一些蛋白验证了既往研究结果,一些蛋白为首次发现,可能有潜在的诊断价值,如:血液结合素(HEMO)、结合珠蛋白(HPT)、SPP24等;(2)经过食管癌近期疗效及远期疗效血清差异蛋白的对比,汉族及维吾尔族患者均筛查出对疗效判断有意义的血清蛋白;(3)两民族经不同组别的差异蛋白比较,对诊断及疗效判断有意义的蛋白有相似的,也有不同的,其中a-酸性糖蛋白、结合珠蛋白、组蛋白均在两民族中提示预后不良蛋白;(4)TLR、NF-k B信号通路激活提示预后不佳,而趋化因子通路提示预后良好因素。PPAR、HIF-1、VEGF、Wnt通路,这些通路也证实为肿瘤的特殊相关通路,可以作为今后研究重点。
【学位授予单位】：新疆医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R735.1
【图文】：

示意图,质谱检测,示意图

新疆医科大学博士学位论文1.2.4 数据处理及统计分析将质谱输出的原始文件输入到PD（Proteome Discoverer 1.4）软件，检索数据库（Uniprot_human 含20199条序列）得到蛋白质以及肽段的鉴定和定量信息。结合PD软件输出的蛋白质以及肽段的相对定量信息，通过R软件（3.4.2）对肽段定量信息进行数据筛选、合并以及统计计算，将所有用于定量蛋白质的肽段相对定量信息通过One -Sample T Test方法计算两两比对样本或组别间的P值。根据各组数据结果结合软件分析设定选取满足差异倍数≥1.2倍，即log2|Fold change|≥0.26，且P＜0.05的蛋白质为差异蛋白质。（质谱检测示意图见图1-1）1.2.5 生物信息学分析通过R软件按照不同的分组筛选差异蛋白，将差异或目标蛋白检索功能数据库Gene Ontaology（http://www.geneontology.org/）的相关信息，进行生物功能富集分析。KOBAS（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/）是代谢通路富集分析的开源软件，结合KEGG的 Pathway数据库，分析差异表达蛋白质的相关的代谢通路，推断差异蛋白可能影响的代谢通路，以进一步探讨差异蛋白的功能。

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的显著差异血清蛋白共计2个，均为显著下调蛋白，有补体C1q 亚成分B组、Ig重链可变区。差异倍数2 倍筛选条件：（log2|Fold change|＞1），P＜0.05。（见表1-8）。图1-2 局部晚期或晚期汉族食管癌患者放化疗前组与健康对照组比对筛选的血清差异蛋白分布Fig 1-2 the distribution of serum differential protein in the pretreatment group and thehealthy control group of han patients with Local late or late esophageal cancer图1-3 局部晚期或晚期汉族食管癌患者放化疗后组与健康对照组比对筛选的血清差异蛋白分布Fig 1-3 the distribution of serum differential protein in after chemoradiotherapy group andhealthy control group of han patients with local or late esophageal cancer

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