基于基因重要性和特异性的癌症通路分析研究
发布时间：2020-12-22 18:51
基于通路的基因表达差异分析已经成为识别各种癌症相关通路的通用方法,如已有的基因集富集分析方法GSEA和基因集分析方法GSA。重叠基因降权(PADOG)方法在GSA方法的基础上降低了频繁出现在很多通路中“公共基因”的影响。由于通路的拓扑结构特征反映了基因在通路中的位置,重要性以及基因之间的相互作用。信号通路影响分析方法SPIA考虑了基因的上下游位置对扰动信号传播的影响。目前主要通路分析方法并未考虑基因在通路中的重要性,本文对通路分析方法进行了深入研究,并基于KEGG信号通路数据,将基因重要性考虑到癌症通路分析方法中。论文的主要工作包括:1、显然在通路中,出度大的基因影响的下游基因就越多。本文统计出204条KEGG信号通路中基因的出度和频度,并用平均出度表示基因重要性,频度表示基因特异性。并把平均出度在前100名的基因在DAVID数据库中进行GO功能注释,结果发现平均出度大的基因显著富集在一些癌症相关通路中。2、本文在重叠基因降权(PADOG)方法基础上将基因特异性和基因重要性结合起来,提出了一种基于基因重要性和特异性的通路分析方法PAGIS。基于基因重要性和特异性改进原SPIA方法并提出...
【文章来源】：温州大学浙江省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1 研究背景
1.1 生物信息学及其发展
1.2 基因和蛋白质的表达
1.3 微阵列技术
1.4 癌症
1.5 基因集
1.6 信号转导网络和代谢通路
2 本文研究内容
3 本文的工作与组织
第二章 癌症通路分析方法简介
1 KEGG数据库
2 NCBI数据库
3 常用分析工具
3.1 R语言
3.2 Cytoscape
3.3 Bioconductor
4 假设检验
5 差异分析
6 癌症通路分析方法
6.1 方法简介
6.2 基因集富集分析方法（GSEA）
6.3 基因集分析方法（GSA）
6.4 基于重叠基因降权的通路分析方法（PADOG）
6.5 信号影响通路分析方法（SPIA）
7 本文使用数据及其预处理
8 频度和平均出度的分布
第三章 基于基因重要性的改进PADOG方法研究
1 引言
2 算法介绍
3 算法步骤
4 结果分析
5 结论
第四章 基于基因重要性和特异性的改进SPIA方法研究
1 引言
2 算法介绍
2.1 基于基因重要性的过表达分析
2.2 基于基因特异性信号通路扰动分析
3 算法步骤
4 结果与分析
4.1 SPIA-IS,SPIA和BPA方法识别出癌症相关通路平均秩的比较
4.2 SPIA-IS,SPIA和BPA方法识别出的癌症相关通路数目比较
4.3 SPIA-IS,SPIA和BPA方法中目标通路的秩比较
4.4 常见癌症相关通路的秩比较
5 结论
总结与展望
1 本文总结
2 后续研究与展望
参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于组学数据库整合工具的代谢通路分析应用[J]. 周滔,李静宜,马毅,薛明. 国际药学研究杂志. 2015(05)
[2]生物芯片及其应用研究[J]. 孟勋. 中国科技信息. 2015(Z1)
[3]血清破骨细胞分化因子和抑制因子检测对肺癌骨转移的诊断价值[J]. 李莉,谭榜云,刘志武,陈明,张艺. 国际检验医学杂志. 2013(15)
[4]基因表达谱中信号通路基因集分析方法进展[J]. 张威,张扬,曹文君,李运明,陈长生. 生物技术通讯. 2013(02)
[5]从美国国立医学图书馆看未来专业图书馆的知识服务[J]. 江晓波. 现代情报. 2006(07)
[6]生物信息学:融合生物科学与计算机科技的新学科[J]. 陈颖健. 求是. 2003(07)
博士论文
[1]基于HMM方法的蛋白质局部片段结构属性的预测研究[D]. 余建勇.上海交通大学 2013
[2]基于图和复杂网络理论的蛋白质相互作用数据分析与应用研究[D]. 尤著宏.中国科学技术大学 2010
[3]基因组转录调控元件的特征分析与识别算法研究[D]. 杜耀华.国防科学技术大学 2006
硕士论文
[1]复杂生物网络中的稠密子图挖掘算法研究[D]. 张航.温州大学 2010
本文编号：2932247
【文章来源】：温州大学浙江省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1 研究背景
1.1 生物信息学及其发展
1.2 基因和蛋白质的表达
1.3 微阵列技术
1.4 癌症
1.5 基因集
1.6 信号转导网络和代谢通路
2 本文研究内容
3 本文的工作与组织
第二章 癌症通路分析方法简介
1 KEGG数据库
2 NCBI数据库
3 常用分析工具
3.1 R语言
3.2 Cytoscape
3.3 Bioconductor
4 假设检验
5 差异分析
6 癌症通路分析方法
6.1 方法简介
6.2 基因集富集分析方法（GSEA）
6.3 基因集分析方法（GSA）
6.4 基于重叠基因降权的通路分析方法（PADOG）
6.5 信号影响通路分析方法（SPIA）
7 本文使用数据及其预处理
8 频度和平均出度的分布
第三章 基于基因重要性的改进PADOG方法研究
1 引言
2 算法介绍
3 算法步骤
4 结果分析
5 结论
第四章 基于基因重要性和特异性的改进SPIA方法研究
1 引言
2 算法介绍
2.1 基于基因重要性的过表达分析
2.2 基于基因特异性信号通路扰动分析
3 算法步骤
4 结果与分析
4.1 SPIA-IS,SPIA和BPA方法识别出癌症相关通路平均秩的比较
4.2 SPIA-IS,SPIA和BPA方法识别出的癌症相关通路数目比较
4.3 SPIA-IS,SPIA和BPA方法中目标通路的秩比较
4.4 常见癌症相关通路的秩比较
5 结论
总结与展望
1 本文总结
2 后续研究与展望
参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于组学数据库整合工具的代谢通路分析应用[J]. 周滔,李静宜,马毅,薛明. 国际药学研究杂志. 2015(05)
[2]生物芯片及其应用研究[J]. 孟勋. 中国科技信息. 2015(Z1)
[3]血清破骨细胞分化因子和抑制因子检测对肺癌骨转移的诊断价值[J]. 李莉,谭榜云,刘志武,陈明,张艺. 国际检验医学杂志. 2013(15)
[4]基因表达谱中信号通路基因集分析方法进展[J]. 张威,张扬,曹文君,李运明,陈长生. 生物技术通讯. 2013(02)
[5]从美国国立医学图书馆看未来专业图书馆的知识服务[J]. 江晓波. 现代情报. 2006(07)
[6]生物信息学:融合生物科学与计算机科技的新学科[J]. 陈颖健. 求是. 2003(07)
博士论文
[1]基于HMM方法的蛋白质局部片段结构属性的预测研究[D]. 余建勇.上海交通大学 2013
[2]基于图和复杂网络理论的蛋白质相互作用数据分析与应用研究[D]. 尤著宏.中国科学技术大学 2010
[3]基因组转录调控元件的特征分析与识别算法研究[D]. 杜耀华.国防科学技术大学 2006
硕士论文
[1]复杂生物网络中的稠密子图挖掘算法研究[D]. 张航.温州大学 2010
本文编号：2932247
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/zlx/2932247.html
