肺鳞癌相关microRNA的筛选及功能研究
发布时间：2020-12-24 20:24
研究背景与目的根据全球癌症统计报告2018年公布的数据显示,肺癌新发病例在肿瘤中排名第二,死亡病例排名第一,是重大的公共卫生问题。肺鳞癌是肺癌主要组织学类型之一,好发于男性,并与吸烟关系密切,目前肺鳞癌缺乏有效而准确的早期诊断和预后的生物标志物,临床上早诊率低而晚期复发转移率高,患者总体生存率较低。因此,发现可以早期诊断、改善预后的肺鳞癌生物标志物非常重要。microRNA（miRNA）是重要表观遗传分子,越来越多的证据表明miRNA参与调控肿瘤的发生发展,可作为新型的肿瘤标志物。随着测序技术的发展,越来越多高通量测序数据库的产生为肿瘤研究提供了良好的平台。肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）是目前最大的和最重要的癌症基因信息数据库,对其进行数据挖掘,有利于发现更可靠的肿瘤生物标志物,为更好地探索肿瘤发生发展的生物学机制提供线索。因此,本研究首先对TCGA数据库中大样本肺鳞癌测序数据进行分析,筛选肺鳞癌关键miRNAs及相关生物标志,并在人群样本中对TCGA数据分析结果进行验证。在此基础上,选取在肺鳞癌中显著下调、与肺鳞癌诊断和预后都相关的miR-...
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：93 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
TCGA数据库肺鳞癌相关miRNA生物信息学分析流程
根据是否有淋巴转移数据统计：1转移患者；此外，根据病理组织学数据统计： 243 例，进展期肺鳞癌（Ⅲ-Ⅳ stage）为 50 例相关关键 miRNA 的筛选NA 测序数据按照图 1 进行分组比较，若 fold<0.05，则认为是差异表达的 miRNA。结果显织和癌旁对照组织之间呈现差异化表达，其中在四组比较中差异表达。为了进一步提高生物组交集的 42 个异常表达 miRNA 作为关键 m、肺鳞癌的淋巴转移和分期三者都相关的 miR有 25 种（见图 1.2、1.3 和表 1.1）。
图 1.3 肺鳞癌差异化表达的 miRNAs 聚类分析Figure 1.3. Cluster analysis of consistently differential miRNA expression. Red indicates that the miRNA hashigher expression level; green indicates that the miRNA has lower expression. The samples at the end of“01” are cancerous tissues and the samples at the end of “11” are adjacent non-tumorous tissues.表 1.1 肺鳞癌差异化表达的交集 miRNAs 基本信息Table 1.1. Abnormal expression of intersection miRNAs in LUSC.miRNA Regulation miRNA_sequencing Fold-change*hsa-miR-144-5phsa-miR-486-5phsa-miR-144-3phsa-miR-338-5phsa-miR-133a-3phsa-miR-451adowndowndowndowndowndownGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAGUACAGUAUAGAUGAUGUACUAACAAUAUCCUGGUGCUGAGUGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGAAACCGUUACCAUUACUGAGUU0.0850.090.0960.10.110.11
【参考文献】：
期刊论文
[1]苯并[a]芘致肺癌中circRNA 001988及其靶基因的表达改变[J]. 陈丽剑,南阿若,张楠,蒋义国. 环境与健康杂志. 2016(07)
[2]mTOR: Driving apoptosis and autophagy for neurocardiac complications of diabetes mellitus[J]. Kenneth Maiese. World Journal of Diabetes. 2015(02)
[3]长期高剂量苯并(a)芘染毒对小鼠肺脏microRNAs表达的影响[J]. 张艳秋,王希恺,张娟,尹立红,浦跃朴,梁戈玉. 癌变·畸变·突变. 2012(02)
本文编号：2936259
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：93 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
TCGA数据库肺鳞癌相关miRNA生物信息学分析流程
根据是否有淋巴转移数据统计：1转移患者；此外，根据病理组织学数据统计： 243 例，进展期肺鳞癌（Ⅲ-Ⅳ stage）为 50 例相关关键 miRNA 的筛选NA 测序数据按照图 1 进行分组比较，若 fold<0.05，则认为是差异表达的 miRNA。结果显织和癌旁对照组织之间呈现差异化表达，其中在四组比较中差异表达。为了进一步提高生物组交集的 42 个异常表达 miRNA 作为关键 m、肺鳞癌的淋巴转移和分期三者都相关的 miR有 25 种（见图 1.2、1.3 和表 1.1）。
图 1.3 肺鳞癌差异化表达的 miRNAs 聚类分析Figure 1.3. Cluster analysis of consistently differential miRNA expression. Red indicates that the miRNA hashigher expression level; green indicates that the miRNA has lower expression. The samples at the end of“01” are cancerous tissues and the samples at the end of “11” are adjacent non-tumorous tissues.表 1.1 肺鳞癌差异化表达的交集 miRNAs 基本信息Table 1.1. Abnormal expression of intersection miRNAs in LUSC.miRNA Regulation miRNA_sequencing Fold-change*hsa-miR-144-5phsa-miR-486-5phsa-miR-144-3phsa-miR-338-5phsa-miR-133a-3phsa-miR-451adowndowndowndowndowndownGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAGUACAGUAUAGAUGAUGUACUAACAAUAUCCUGGUGCUGAGUGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGAAACCGUUACCAUUACUGAGUU0.0850.090.0960.10.110.11
【参考文献】：
期刊论文
[1]苯并[a]芘致肺癌中circRNA 001988及其靶基因的表达改变[J]. 陈丽剑,南阿若,张楠,蒋义国. 环境与健康杂志. 2016(07)
[2]mTOR: Driving apoptosis and autophagy for neurocardiac complications of diabetes mellitus[J]. Kenneth Maiese. World Journal of Diabetes. 2015(02)
[3]长期高剂量苯并(a)芘染毒对小鼠肺脏microRNAs表达的影响[J]. 张艳秋,王希恺,张娟,尹立红,浦跃朴,梁戈玉. 癌变·畸变·突变. 2012(02)
本文编号：2936259
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