miR-145-3p与食管鳞癌患者预后关系的研究

发布时间：2021-01-16 02:22

　　目的筛选并验证与食管鳞癌相关的miRNA,探索miRNA与食管鳞癌患者生存及术后生命质量变化的关系,以期发现食管鳞癌患者术后预后情况的生物标志物。方法收集食管鳞癌手术患者的组织标本,采用miRNA基因芯片技术筛选食管鳞癌患者癌与癌旁组织中差异表达的miRNA。利用TCGA数据库对食管鳞癌患者癌与癌旁差异表达的miRNA进行分析,对差异表达的miRNA进行单因素COX回归分析。结合miRNA基因芯片分析与TCGA数据库分析结果,初步探索与食管鳞癌患者预后相关的miRNA,并进行靶基因预测与基因功能富集,为后续进一步的分析与实验验证提供基础。利用qPCR技术对miRNA在食管鳞癌患者癌与癌旁组织中的差异表达以及食管鳞癌组织中miRNA的表达水平与食管鳞癌患者生存的关系进行验证。采用EORTC QLQ-C30量表与QLQ-OES18量表,对食管鳞癌患者进行生命质量的随访调查,研究食管鳞癌患者术前生命质量情况,并结合TTD模型,初步探讨食管鳞癌患者术后生命质量变化情况以及miRNA与生命质量变化的关系。结果1、通过miRNA基因芯片分析发现了69个食管鳞癌患者癌与癌旁组织中差异表达的miRNA... 

【文章来源】：福建医科大学福建省

【文章页数】：97 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

中分化鳞状细胞癌HE染色病理切片图（样本编号001）

意为每百万 reads 中来自于某基因的 reads 数，考虑了测序深度对读段计数的影响。排除在超过一半患者样品中不表达的 miRNA，最后共对 709 个 miRNA与食管鳞癌患者的预后关系进行研究，输出单因素COX回归分析的P值与HR值。3.6 结合芯片与 TCGA 数据库分析结果筛选目标 miRNA结合 miRNA 基因芯片分析结果与 TCGA 数据库分析结果，共同确认将要进行后续验证的 miRNA。定义筛选标准为：1.在基因芯片分析结果中满足 P＜0.05，Fold-change＞3；2.TCGA 数据库分析结果中满足 FDR＜0.01，Fold-change＞3；3.基因芯片分析结果与 TCGA 数据库分析结果的 miRNA 表达调整方向一致；4.在利用 TCGA 数据库进行的单因素 COX 回归分析中 P＜0.05。筛选流程的简明示意图如图 1.2 所示。

20图 1.3 基于基因芯片分析的食管鳞癌组织与癌旁组织差异表达的 miRNA 热图。色越深代表表达量越高。001C、002C、003C、004C、005C 为食管鳞癌组织，001N、00003N、004N、005N 为癌旁组织。TCGA 数据库分析结果应用 TCGA 数据库中 96 例食管鳞癌组织样本以及 13 例癌旁组织样本RNA-seq 数据，利用 R 语言的 edgeR 包[24; 31]进行分析，以 FDR＜0.01 且差倍数大于 3 为筛选标准，得到差异表达的 miRNA 共 110 个，其中上调的 58


本文编号：2979968