基于免疫相关的长链非编码RNAs的肾透明细胞癌预后分析
发布时间：2021-03-18 18:37
背景:长链非编码RNAs（lncRNAs）是肿瘤免疫微环境的重要调节剂,并且,lncRNAs可以通过lncRNA-TF-gene调控网络参与转录调控。目的:本研究通过分析肾透明细胞癌（ccRCC）中差异表达并与免疫相关的lncRNAs,寻找与ccRCC诊断和预后密切相关的生物标志物,并结合患者临床特征构建预后模型。方法:这项研究通过从癌症基因组图谱（TCGA）中提取了 ccRCC的高通量测序数据,结合LncMAP数据库及ImmPort数据库,筛选出被认为可能与肿瘤免疫相关的差异表达的lncRNAs。使用单变量Cox回归分析初步评估了lncRNAs的预后意义,经LASSO Cox回归进一步筛选与预后相关的lncRNAs,再由多因素Cox回归分析计算回归系数,风险评分公式计算患者风险评分,并将ccRCC患者分为高风险组和低风险组。其中TCGA数据集的样本分为训练集和测试集,分别用于构建和验证预后风险模型。结果:CTA-384D8.34,CTD-2035E11.5,FIRRE 和 RP11-348J24.2 的表达与肿瘤的T分期,转移,临床分期和病理分级均有相关（P<0.05）,基于4...
【文章来源】：南方医科大学广东省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－１在５３９个肿瘤组织和７２个正常组织之间的差异表达基因的火山图，蓝点代表下调，??红点代表上调
．。１１个ＩｎｃＲＮＡ－ＴＦ－ｇｅｎｅ三联体（补充表１）。还评估了?ｃｃＲＣＣ癌组织和正常组织??之间这４个ＩｎｃＲＮＡｓ的表达差异。注意到ｃｃＲＣＣ样品中ＦＩＲＲＥ，?ＲＰ１１－３４８Ｊ２４．２，??ＣＴＡ－３８４Ｄ８．３４和ＣＴＤ－２０３５Ｅ１１．５的表达水平均明显癌旁组织较高（图３－４Ａ；??均Ｐ?＜０．０５）。我们进一步分析了这４个关键ＩｎｃＲＮＡｓ的表达与临床病理特征之??间的关联，发现这４个ＩｎｃＲＮＡｓ的表达与肿瘤的Ｔ分期，转移，临床分期和病??理分级均有相关，ＨＲＲＥ、ＣＴＡ－３８４Ｄ８．３４和ＣＴＡ－３８４Ｄ８．３４随着肿瘤的Ｔ分期，??转移，临床分期和病理分级的进展而出现表达上调，ＲＰ１１－３４８Ｊ２４．２的表达量则??此变化相反（图３－４Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ；均Ｐ＜０．０５）。??１４
１?００?＇〇〇?／？??＾?１：ｉ—??ｉｌ?＼?！，ｋ?ｆ?，?ｌｕｅ／：?－．；：?．．．Ｋ．??ｒ：ｔｉ＝ｘ?￥－－ｉｊ！ｉ?＾ｒｕｒ??Ｄ，〇°?Ｅ?＂?Ｆ?！?ｉ?＾一??Ｉｆ??ｌｉ?＼?卜，，．二??Ｌｏ〇？？ｋＰ＜ＯＯＯｌＶ＾?？?‘?／?…?‘一?■?■二??」一：一?！：＇：??Ｇ，。〇ｊ?Ｈ?？?，ｊ?ｉ￣??—。，，：?？－?１?：Ｌ＿＿—－Ｊ－７－??ｌ］〇Ｍ?Ｉ＇＂?ｆ?編??￡?：ｔ＾??图３－５训练集、测试集及整组集合中４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分的鉴定和性能评估。Ａ，在训练集??中使用４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分对ｃｃＲＣＣ患者的总体生存进行的Ｋ－Ｍ生存曲线分析；Ｂ，训练集??中４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分的ＲＯＣ曲线分析；Ｃ，训练集中患者的４－ｌｎｃＲＮＡ的风险评分分布，??存活状态和表达谱，Ｄ，在测试集中使用４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分对ｃｃＲＣＣ患者的总体生存进行??的Ｋ－Ｍ生存曲线分析；Ｅ，测试集中４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分的ＲＯＣ曲线分析；Ｆ，测试集中患??者的４－ｌｎｃＲＮＡ的风险评分分布，存活状态和表达谱，Ｇ，在整组集合中使用４－〖ｎｃＲＮＡ风??险评分对ｃｃＲＣＣ患者的总体生存进行的Ｋ－Ｍ生存曲线分析；Ｈ，整组集合中４－ｌｎｃＲＮＡ风险??评分的ＲＯＣ曲线分析；Ｉ，整组集合中患者的４－ｌｎｃＲＮＡ的风险评分分布，存活状态和表达??谱。??Ｆｉｇｕｒｅ?３－５．?Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ａｎｄ?ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ?ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ?ｏｆ?４－ｌｎｃＲＮＡ?ｒｉｓｋ?ｓｃｏｒｅ?ｉｎ?ｔｒａｉｎｉｎｇ，?ｔｅｓｔｉｎｇ，
本文编号：3088744
【文章来源】：南方医科大学广东省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－１在５３９个肿瘤组织和７２个正常组织之间的差异表达基因的火山图，蓝点代表下调，??红点代表上调
．。１１个ＩｎｃＲＮＡ－ＴＦ－ｇｅｎｅ三联体（补充表１）。还评估了?ｃｃＲＣＣ癌组织和正常组织??之间这４个ＩｎｃＲＮＡｓ的表达差异。注意到ｃｃＲＣＣ样品中ＦＩＲＲＥ，?ＲＰ１１－３４８Ｊ２４．２，??ＣＴＡ－３８４Ｄ８．３４和ＣＴＤ－２０３５Ｅ１１．５的表达水平均明显癌旁组织较高（图３－４Ａ；??均Ｐ?＜０．０５）。我们进一步分析了这４个关键ＩｎｃＲＮＡｓ的表达与临床病理特征之??间的关联，发现这４个ＩｎｃＲＮＡｓ的表达与肿瘤的Ｔ分期，转移，临床分期和病??理分级均有相关，ＨＲＲＥ、ＣＴＡ－３８４Ｄ８．３４和ＣＴＡ－３８４Ｄ８．３４随着肿瘤的Ｔ分期，??转移，临床分期和病理分级的进展而出现表达上调，ＲＰ１１－３４８Ｊ２４．２的表达量则??此变化相反（图３－４Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ；均Ｐ＜０．０５）。??１４
１?００?＇〇〇?／？??＾?１：ｉ—??ｉｌ?＼?！，ｋ?ｆ?，?ｌｕｅ／：?－．；：?．．．Ｋ．??ｒ：ｔｉ＝ｘ?￥－－ｉｊ！ｉ?＾ｒｕｒ??Ｄ，〇°?Ｅ?＂?Ｆ?！?ｉ?＾一??Ｉｆ??ｌｉ?＼?卜，，．二??Ｌｏ〇？？ｋＰ＜ＯＯＯｌＶ＾?？?‘?／?…?‘一?■?■二??」一：一?！：＇：??Ｇ，。〇ｊ?Ｈ?？?，ｊ?ｉ￣??—。，，：?？－?１?：Ｌ＿＿—－Ｊ－７－??ｌ］〇Ｍ?Ｉ＇＂?ｆ?編??￡?：ｔ＾??图３－５训练集、测试集及整组集合中４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分的鉴定和性能评估。Ａ，在训练集??中使用４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分对ｃｃＲＣＣ患者的总体生存进行的Ｋ－Ｍ生存曲线分析；Ｂ，训练集??中４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分的ＲＯＣ曲线分析；Ｃ，训练集中患者的４－ｌｎｃＲＮＡ的风险评分分布，??存活状态和表达谱，Ｄ，在测试集中使用４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分对ｃｃＲＣＣ患者的总体生存进行??的Ｋ－Ｍ生存曲线分析；Ｅ，测试集中４－ｌｎｃＲＮＡ风险评分的ＲＯＣ曲线分析；Ｆ，测试集中患??者的４－ｌｎｃＲＮＡ的风险评分分布，存活状态和表达谱，Ｇ，在整组集合中使用４－〖ｎｃＲＮＡ风??险评分对ｃｃＲＣＣ患者的总体生存进行的Ｋ－Ｍ生存曲线分析；Ｈ，整组集合中４－ｌｎｃＲＮＡ风险??评分的ＲＯＣ曲线分析；Ｉ，整组集合中患者的４－ｌｎｃＲＮＡ的风险评分分布，存活状态和表达??谱。??Ｆｉｇｕｒｅ?３－５．?Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ａｎｄ?ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ?ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ?ｏｆ?４－ｌｎｃＲＮＡ?ｒｉｓｋ?ｓｃｏｒｅ?ｉｎ?ｔｒａｉｎｉｎｇ，?ｔｅｓｔｉｎｇ，
本文编号：3088744
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/zlx/3088744.html
