miR-194-5p和SCAMP1基因与宫颈癌淋巴结转移相关性的初步研究
发布时间：2021-06-06 04:23
[目 的]使用生物信息学方法对Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中高通量测序的微阵列数据进行了分析,从有淋巴结转移（N+）与无淋巴结转移（NO）的宫颈癌组织样本间差异表达的基因（DEGs）中筛选出参与膜囊泡运输的相关基因分泌型载体膜蛋白（secretory carrier membrane protein 1,SCAMP1）,并进一步通过在线工具预测,得到可能调控SCAMP1的miRNA-miR-194-5p。基于以上的分析结果,我们进一步在宫颈癌细胞系、N+和NO的宫颈癌组织样本中检测miR-194-5p和SCAMP1的表达水平,并拟进一步在宫颈癌细胞系中研究miR-194-5p和SCAMP1分别对细胞迁移和侵袭能力的影响;最后,拟在宫颈癌细胞系中寻找miR-194-5p靶向调控SCAMP1基因的直接证据。[方 法]1、运用生物信息学的方法对Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中高通量测序的微阵列数据进行了分析,获得宫颈癌组织N+和NO之间表达差异基因（DEGs）和差异微小RNA（DEMs）,从DEGs中筛选出参与膜囊泡运输相关的...
【文章来源】：昆明医科大学云南省
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２鉴定ｓｔａｒＢａｓｅ和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中调控ＳＣＡＭＰＩ表达的重脅ｍｉＲＮＡ??
ＧＳＥ７４１０／３４８１?２／ＳＣＡＭＰ１??０６?｜???１３?１３?Ｏ?Ｃ３?ａ?ｔ３?Ｃ３ｔ３ａ〇〇ｔ３〇ａｔ３ｔ３ｕｔ３ａ〇ａ?ｔＳＣＪＯａＵａａｏｃａ?ＣＪ?〇?ｔ３?〇?ａ??ｗｉｔｈｏｕｔ?Ｖｍｐｈ?ｎｏｄｅ?ｍｅｔｓｓｔａｓｂ?Ｖｒｎｐｈ?ｎｏｄｅ??？?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｖａｌｕｅ??图１?ＧＳＥ７４１０数据集中ＳＣＡＭＰＩ在各样本组织中的表达??１．２预测得到ｍｉＲ－１９４－５ｐ可能靶向调控ＳＣＡＭＰＩ的表达??使用ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ预测结果显示约２７６个ｍｉＲＮＡ可能调控ＳＣＡＭＰＩ；?ｓｔａｒＢａｓｅ??预测结果显示约５８个ｍｉＲＮＡ可能调控ＳＣＡＭＰＩ?；使用ＦｕｎＲｉｃｈ３．１．３??（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｉｍｒｉｃｈ．ｏｒｇ／）功能富集分析工具绘制维恩图，筛选出３１个在ｓｔａｒＢａｓｅ??和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中重叠的ｍｉＲＮＡ?（图２?）；进一步分析比较后发现ｍｉＲＮＡ?：??ｍｉＲ－１９４－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２００ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－４２９、ｈｓａ－ｍｉＲ－４４６５??等都有可能与ＳＣＡＭＰＩ相互作用（表３），而其中ｍｉＲ－１９４－５ｐ保守性更高，推测??其最有可能直接靶向调控ＳＣＡＭＰＩ的表达。同时在数据集ＧＳＥ１０２９６９中恰巧发??现ｍｉＲ－１９４－５ｐ在Ｎ＋和ＮＯ的宫颈癌组织之间有明显差异；与ＮＯ组织相比，??ｍｉＲ－１９４－５ｐ?在?Ｎ＋的组织中表达下调，ｌｏｇＦＣ＝－２．２４，?ｐ＝０．０４７?（图?３）。??２７６?３１?＆８??Ｖ?＾??图２鉴定ｓｔａｒＢａｓｅ和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中调控ＳＣＡＭＰＩ表达的重脅ｍｉ
ｅｄ?ｃｏｎｔｅｘｔ＋＋?ｓｃｏｒｅ：各转录本３’?ＵＴＲ??加权分值；ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ?ｂｒａｎｃｈ?ｌｅｎｇｔｈ：每个结合位点在物种之间的系统发育分支长度的总和；??Ｐｅｔ：物种间进化评分值。??ＧＳＥ１?０２９６９／ｈｓａ－ｍｉＲ－１?９４－５ｐ??ＰＩ??甬藍?Ｋ?Ｋ?Ｒ?Ｋ??ｇ?Ｓ?＾?ｇ?ｇ?ｇ??ＣＯ?ＣＯ?ｔｏ?（Ｏ?＜〇??Ｃ３?Ｃ３?Ｃ３?〇?Ｌ３?Ｃ３??ｗｉｌｈｏｕｔｌ＾ｎｐｈ?ｎｏｄ？?ｌｙｍｐｈ?ｎｏｄｅ??■?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｖａｌｕｅ??图３?ＧＳＥ１０２９６９数据集中ｍｉＲ－１９４－５ｐ在各样本组织中的表达??２标本收集??２０１９年２月－２０１９年８月在云南省肿瘤医院妇科共采集６６例宫颈癌患者的??初始手术治疗后的组织样本；其中Ｎ＋组织样本１３例，Ｎ０组织样本５３例；每例??患者采集６管组织样本；所采集样本的临床资料齐全，患者年龄介于３８－７１岁。??３４??
本文编号：3213599
【文章来源】：昆明医科大学云南省
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２鉴定ｓｔａｒＢａｓｅ和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中调控ＳＣＡＭＰＩ表达的重脅ｍｉＲＮＡ??
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