长链非编码RNA RAET1K/miR-135a-5p调控CCNE1对肺腺癌预后的影响及其机制研究

发布时间：2021-06-06 06:11

　　前言:国际癌症研究机构发布的最新报告指出,肺癌仍然是最常见和致命的恶性肿瘤。通常,手术是治疗早期疾病患者的最佳选择,因为肺叶切除术后病理性I期非小细胞肺癌的五年生存率为45%至65%。但是,大约有70%的患者在疾病晚期被诊断出来,这些患者的五年生存率仅为16.38%。肺腺癌是非小细胞肺癌最常见的类型,约占病例的40%。因此,本研究的重点仅限于导致肺腺癌发生和预后不良的复杂分子机制。细胞周期失调导致细胞增殖增加,同时细胞周期调节因子的异常表达也是导致肿瘤形成的关键因素。多种靶向细胞周期的化学治疗剂已经被开发并应用,例如,顺铂是用于非特异性阻断细胞周期的最成功的抗癌药物之一。通过关注导致细胞周期调节器失调的复杂基因网络,可以开发出一种潜在的肺癌治疗策略。已经报道的先前研究中,非编码RNA,例如长非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）和微小RNA（micro RNA,miRNA）广泛的参与细胞周期调节过程。此外,据报道充当竞争内源性RNA（competing endogenous RNA,ce RNA）的lncRNA可以通过吸附miRNA产生类似海绵吸附水的效果... 

【文章来源】：中国医科大学辽宁省

【文章页数】：131 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

TCGA中肺腺癌早期和晚期差异表达RNA的火山图

中国医科大学博士学位论文20也就是对基因与基因之间相关系数进行5次幂的时候可以在0.85的最小程度达到最接近无尺度网络的矩阵。图1.3TCGA中肺腺癌确定无尺度邻接矩阵的软阈值A计算拟合过程中的无尺度拓扑重叠网络R2值，横坐标表示β值取为1到20时对应的构建无尺度网络的效力，红色的横线为我们设定的0.85的效力时β取值为5；B代表点之间连通性平均值，横坐标同样代表β值取为1到20时对应的点与点之间连通性平均值。3.3.3动态混合剪切树确定基因模块根据软阈值β为5，将基因表达矩阵近似地转化成无尺度的邻接矩阵，再转化成TOM拓扑重叠矩阵。利用cutreeDynamic()函数，限定每个模块基因至少包含30个基因，分割程度（deepSplit）为2且合并高度（mergeCutHeight）为0.25的参数设定下，将基因分成5个共表达模块和1个无序模块（灰色模块中的基因由于不能合并到任何其他五个模块中而被认为是无序的）并用不同颜色对这些基因模块进行上色命名。这五个模块中含有最少基因的模块为绿色，包括33个基因，蓝绿色模块含有最多的基因508个，并有102个基因不能聚集到任何一个模块，占全部基因的10.3%。进一步利用moduleEigengenes()函数计算不用颜色模块的ME值，再次通过ME值对模块在进行一次合并，通过建立系统聚类树（图1.4A）及MEDissThres

行了基因聚类树，以及热图的绘制，其中，上方对应的是基因的聚类树，而左方对应的也是基因的聚类树，因此在进行热图绘制的时候，基因的顺序是通过聚类树的顺序进行排列的，每一个颜色就对应到了一个具体的模块上面，而聚类树上面的一个大分支可以对应到一个具体的模块上面，热图的绘制是基于拓扑重叠矩阵绘制的，也就是利用了前面计算得到的拓扑重叠性的值进行绘制，当颜色越红，说明拓扑重叠性值越高，颜色浅，说明拓扑重叠性值校通过聚类可以发现，整个热图在聚类的过程中，它的对角线位置会聚集到比较红颜色的色块，如下图1.5A所示，对角线上色块可以对应到具体的模块上面，因为一个模块指的就是拓扑重叠性比较高的点，而深红色的区域指的就是拓扑重叠性比较高的基因，它能够被聚到一起，因此它会被划分到一个具体的模块上面，所以通过上图可以判断一下在WGCNA分析过程中，如果聚类的结果越好，对角线位置聚集到的比较深颜色的区域越聚集，说明对应的分析效果越好。对角线中的红色方块，通过横坐标和纵坐标的对应，可以发现会被对应到具体的模块上面，而这个具体的模块会被对应到聚类数上面的一个大分枝，由于热图的绘制是横坐标和纵坐标对应的都是聚类的基因，所以整个热图是呈对角线的位置进行对称的。再利用ME值计算模块之间的相关性，利用热图图1.5B表示，左和下的图例分别表示基因模块的颜色，图中为相关性表示的热图，图右为相关性系数对应的颜色。图1.5拓扑重叠矩阵的热图


本文编号：3213774