基于TCGA数据库构建和分析与膀胱癌临床分期相关的ceRNAs网络
发布时间：2021-07-06 00:09
目的:本文以生物信息学分析方法为基础,通过对膀胱癌（bladder cancer,BLCA）TCGA数据库mRNA,miRNA和lncRNA基因表达数据谱及临床数据的挖掘,构建和分析与膀胱癌临床分期相关的ceRNAs网络,寻找与膀胱癌发病、进展及生存相关的mRNA,miRNA和lncRNA,探究可能在膀胱癌诊断、进展和预后起到重要作用的相关基因。方法:下载癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中410例膀胱癌样本的RNA测序（RNA sequencing,RNA-Seq）数据、miRNA-seq数据以及这些患者的临床信息进行分析,根据临床分期,将133例临床分期为Ⅰ、Ⅱ的膀胱癌组织定为“早期”,将277例临床分期为Ⅲ、Ⅳ的膀胱癌组织定为”晚期”,筛选出与临床分期相关的差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA。为了进一步探索差异表达mRNAs的生物学功能,本研究利用R语言对差异表达mRNAs进行GO及KEGG通路分析,预测可能涉及的功能及信号通路。通过miRcode和mirRDB数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建出膀胱癌中与临床...
【文章来源】：蚌埠医学院安徽省
【文章页数】：46 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３膀胱癌中基于临床分期分类的差异表达ｍＲＮＡｓＧＯ及ＫＥＧＧ分析图??注：图Ａ为ＧＯ功能分析，主要由从上至下生物学功能、细胞组成和分子功能分析三部分??
春令參？?？氟？??？令?？??？?？?＿?？？？??？騰?？?？?？??．？．參？．?？冊?？??？？？？？？？？?：??？?？參攀？？驀？鲁?？?？??？?參?＇？令??備?令？?？?－?？?？??？?１?？??？?■？＊？？?？？??？？？？??图４差异表达ＩｎｃＲＮＡ－ｍｉＲＮＡ－ｍＲＮＡ?ｃｅＲＮＡ调节网络??注：正方形代表ｍｉＲＮＡ，圆形代表ｍＲＮＡ，菱形代表ＩｎｃＲＮＡ。蓝色代表下调基因??，红色代表上调基因。??４．ｃｅＲＮＡ网络中差异表达ＲＮＡｓ的预后分析：４４个ＤＥｌｎｃＲＮＡ中，有１９个与??膀胱癌患者预后相关（Ｐ＜?〇．〇５），其分别是ＡＣ００９８０３？丨、ＡＣ１１０４９１．１、??ＡＣ１２７４９６．３、ＡＤＡＭＴＳ９－ＡＳ１、ＡＬ０３３３８１．１、Ｃ１７ｏｒｆ７７、ＦＡＭ１５５Ａ－ＩＴ１、??ＦＮＤＣ卜?１Ｔ１、ＦＲＭＤ６－ＡＳ２、ＬＩＮＣ０００５２、ＬＩＮＣ００４５８、ＬＩＮＣ００５２３、ＮＡＶ２－ＡＳ２、??ＮＫＸ２－１－ＡＳ１、ＲＢＭＳ３－ＡＳ３、ＳＯＸ２－ＯＴ、ＳＰＡＮＸＡ２－ＯＴ１、ＶＣＡＮ－ＡＳ１、??ＺＮＦ３８５Ｄ－ＡＳｌ〇４５个ＤＥｍＲＮＡ中，有１２个与膀胱癌患者预后相关（Ｐ＜〇．〇５），??其分别是?ＣＤＨ１１、ＣＳＤＣ２、ＦＧＦ７、ＨＯＸＢ５、ＬＥＦＴＹ２、ＭＭＰ９、ＮＫＤ１、ＮＰＴＸ１、??ＰＴＧＩＳ、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＳＦＲＰ１、ＳＭＡＤ６。７?个?ＤＥｍｉＲＮＡ?中，有?４?个与膀胱癌患??者的预后相关（Ｐ?＜?〇．?〇５）?’?分别为?ｈｓａ－ｍｉｒ－２０４、ｈｓａ－ｍｉｒ－２１６ａ、ｈｓａ－ｍｉｒ－２１６ｂ、??ｈｓａ－ｍｉ
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【参考文献】：
期刊论文
[1]尿液中膀胱癌肿瘤标记物的研究进展[J]. 于浩,林天歆. 岭南现代临床外科. 2012(02)
本文编号：3267110
【文章来源】：蚌埠医学院安徽省
【文章页数】：46 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３膀胱癌中基于临床分期分类的差异表达ｍＲＮＡｓＧＯ及ＫＥＧＧ分析图??注：图Ａ为ＧＯ功能分析，主要由从上至下生物学功能、细胞组成和分子功能分析三部分??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]尿液中膀胱癌肿瘤标记物的研究进展[J]. 于浩,林天歆. 岭南现代临床外科. 2012(02)
本文编号：3267110
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