构建癌症精准医疗的基因组特征数据库和特征匹配系统
发布时间：2021-07-25 23:22
如何能更有效地治疗肿瘤?传统的治疗方式是依据同一肿瘤实体使用相同的药物进行治疗,而肿瘤来自相同解剖学位点被认为是同一种癌症实体。然而,因为癌症基因组学和转录组学的研究在肿瘤分子解析方面获得了实质性进展和突破,这个概念和治疗方式受到了挑战而进一步发展。随着癌症驱动事件在不同癌症类型中共享被识别和验证,使得新的治疗范式是在不同解剖学位点通过一个药物的非标签使用去靶向驱动信号通路。为了招募拥有相同分子特征的不同癌症类型病人去测试同一类治疗的疗效,所谓“basket”和“umbrella”临床实验被设计去实施药物的测试。然而,目前的研究已经表明这种药物的非标使用存在组织特异性的信号通路差异。由于癌症基因组特征（CGFs）集中反应癌症发生的背景,因此我们借助CGFs集中分析了癌症组织特异性在CGFs层面上的概况,以及癌症组织特异性的功能信号差异。此外,我们也调查了组织特异性CGFs的相关病例,执行了病例组织特异性特征分析。这些组织特异性差异的分析将有利于深入理解癌症发生的组织特异性和为癌症治疗提供建设性帮助。当前有许多资源存储常见的CGFs的信息,然而这些CGFs的组织起源和组织特征信息没有被包...
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１．１癌症的六个生物学能力特点（参考ＨａｎａｌｉａｎｅｔａＬ，２０１１）?〇??早在２０００年Ｗｅｉｎｂｅｒｇ等人（Ｈａｎａｈａｎ?ａｎｄ?Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，２０００）就认为在人类癌症??
￣ＨＢｉＳＩＩ??图１．１癌症的六个生物学能力特点（参考ＨａｎａｌｉａｎｅｔａＬ，２０１１）?〇??早在２０００年Ｗｅｉｎｂｅｒｇ等人（Ｈａｎａｈａｎ?ａｎｄ?Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，２０００）就认为在人类癌症??的发生和发展过程中癌细胞的特征包括六个生物学能力（见图１．１）。癌症的这??些特性形成一个有组织的原则去合理化肿瘤疾病的复杂性。它们包括维持增殖信??号（Ｓｕｓｔａｉｎｉｎｇ?ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ?ｓｉｇｎａｌｉｎｇ?）、避免生长抑制（Ｅｖａｄｉｎｇ?ｇｒｏｗｔｈ??ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒｓ）、抵抗细胞死亡（Ｒｅｓｉｓｔｉｎｇ?ｃｅｌｌ?ｄｅａｔｈ）、无限制复制潜能（Ｅｎａｂｌｉｎｇ??ｒｅｐｌｉｃａｔｉｖｅ?ｉｍｍｏｒｔａｌｉｔｙ）、诱导血管生成（Ｉｎｄｕｃｉｎｇ?ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、激活浸润和转??移（Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ?ｉｎｖａｓｉｏｎ?ａｎｄ?ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）。暗含在这些生物学能力中的是癌症基因??组的不稳定性，它产生的遗传多态性促进了癌组织获取能量、炎症，因此它们获??得了新的特性功能。２０１１?年，Ｗｅｉｎｂｅｒｇ?等人（Ｈａｎａｈａｎ?ａｎｄ?Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，?２０１１）在此基??础之上并结合近１０年来的癌症研究成果和相关概念的发展提出了癌症特征新的??四个癌症生物学能力（见图１．２），分别是：避免免疫摧毁（Ａｖｏｉｄｉｎｇ?ｉｍｍｕｎｅ??ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｏｎ）、异常调节的细胞能量（Ｄｅｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ?ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｅｎｅｒｇｅｔｉｃｓ）、基因组不??稳定和突变（Ｇｅｎｏｍｅ?ｉ
?第一章绪论??（见图１．３）。基于这个认识，我们需要明确几个概念：（１）起始原因的致瘤事??件（ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ?ｅｖｅｎｔｓ），?（２）致瘤事件影响信号传导通路（ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ?ｐａｔｈｗａｙｓ），??（３）这些信号传递了表型特点，（４）特征（ｈａｌｌｍａｒｋｓ）?也就是１．２．３节所述??的癌症的生物学能力。这些概念的解析和逻辑展示（图１．３）将进一步明确??Ｗｅｉｎｂｅｒｇ等人提出的“癌症特征”的框架。??Ｉ??Ｏｎｃｏｇｅｎｔｃ?ｅｖｅｎｔｓ?ａｎｄ?ｔｈｅｉｒ?ｅｆｆｅｃｔｓ．．．??（ａ）?．．．ａｔ?ｔｈｅ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ａ?ｓｉｎｇｌｅ?ｃｅｉｌ??Ｕｎｉｍｏｄａｌ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ?Ｍｉｘｅｄ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ?Ｍｉｘｅｄ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ??ａｉ?ａ＂?ｉ＃郑叮椋螅崳?％?Ｂ?、：８?Ａｈ?ｌＢ??Ｈａ，，＾?１＇２！：；３；?５６：７；８?（ｆＮ＾?Ｖ〇２＇７??（ｂ）?．．．ａｔ?ｔｈｅ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ａ?ｃｅｌｌ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ??Ｃｅｌｌ－ｃｅｌｌ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ??Ｅｖｅｎｔｓ?１?＾?８??／／幻衫Ｋ??Ｈａｌｌｍａｒｋｓ?１－＊－？＊＊２?３＾?４?５?６?７?８??＊■＊＊＊＂４＾ｕ??ＴｆｉＥＮＤＳｈ?Ｍｏｂｃｔ＾Ｍｅｔｉｃｉｎｏ??图１．３连续必要的致瘤特征事件导致癌症的发生。（参考Ｆｌｏｏｒ?ｅｔａ丨．，２０１２）??通过明确几个生物学概念，我们了解了?“癌症特征”框架背后的复杂生物学逻??辑。癌症被认为是一个发展的，动态的、混杂的系统（见图１．４）。这个复杂系??统网络影响了癌细胞环境
本文编号：3302978
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１．１癌症的六个生物学能力特点（参考ＨａｎａｌｉａｎｅｔａＬ，２０１１）?〇??早在２０００年Ｗｅｉｎｂｅｒｇ等人（Ｈａｎａｈａｎ?ａｎｄ?Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，２０００）就认为在人类癌症??
￣ＨＢｉＳＩＩ??图１．１癌症的六个生物学能力特点（参考ＨａｎａｌｉａｎｅｔａＬ，２０１１）?〇??早在２０００年Ｗｅｉｎｂｅｒｇ等人（Ｈａｎａｈａｎ?ａｎｄ?Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，２０００）就认为在人类癌症??的发生和发展过程中癌细胞的特征包括六个生物学能力（见图１．１）。癌症的这??些特性形成一个有组织的原则去合理化肿瘤疾病的复杂性。它们包括维持增殖信??号（Ｓｕｓｔａｉｎｉｎｇ?ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ?ｓｉｇｎａｌｉｎｇ?）、避免生长抑制（Ｅｖａｄｉｎｇ?ｇｒｏｗｔｈ??ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒｓ）、抵抗细胞死亡（Ｒｅｓｉｓｔｉｎｇ?ｃｅｌｌ?ｄｅａｔｈ）、无限制复制潜能（Ｅｎａｂｌｉｎｇ??ｒｅｐｌｉｃａｔｉｖｅ?ｉｍｍｏｒｔａｌｉｔｙ）、诱导血管生成（Ｉｎｄｕｃｉｎｇ?ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、激活浸润和转??移（Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ?ｉｎｖａｓｉｏｎ?ａｎｄ?ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）。暗含在这些生物学能力中的是癌症基因??组的不稳定性，它产生的遗传多态性促进了癌组织获取能量、炎症，因此它们获??得了新的特性功能。２０１１?年，Ｗｅｉｎｂｅｒｇ?等人（Ｈａｎａｈａｎ?ａｎｄ?Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，?２０１１）在此基??础之上并结合近１０年来的癌症研究成果和相关概念的发展提出了癌症特征新的??四个癌症生物学能力（见图１．２），分别是：避免免疫摧毁（Ａｖｏｉｄｉｎｇ?ｉｍｍｕｎｅ??ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｏｎ）、异常调节的细胞能量（Ｄｅｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ?ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｅｎｅｒｇｅｔｉｃｓ）、基因组不??稳定和突变（Ｇｅｎｏｍｅ?ｉ
?第一章绪论??（见图１．３）。基于这个认识，我们需要明确几个概念：（１）起始原因的致瘤事??件（ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ?ｅｖｅｎｔｓ），?（２）致瘤事件影响信号传导通路（ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ?ｐａｔｈｗａｙｓ），??（３）这些信号传递了表型特点，（４）特征（ｈａｌｌｍａｒｋｓ）?也就是１．２．３节所述??的癌症的生物学能力。这些概念的解析和逻辑展示（图１．３）将进一步明确??Ｗｅｉｎｂｅｒｇ等人提出的“癌症特征”的框架。??Ｉ??Ｏｎｃｏｇｅｎｔｃ?ｅｖｅｎｔｓ?ａｎｄ?ｔｈｅｉｒ?ｅｆｆｅｃｔｓ．．．??（ａ）?．．．ａｔ?ｔｈｅ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ａ?ｓｉｎｇｌｅ?ｃｅｉｌ??Ｕｎｉｍｏｄａｌ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ?Ｍｉｘｅｄ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ?Ｍｉｘｅｄ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓ??ａｉ?ａ＂?ｉ＃郑叮椋螅崳?％?Ｂ?、：８?Ａｈ?ｌＢ??Ｈａ，，＾?１＇２！：；３；?５６：７；８?（ｆＮ＾?Ｖ〇２＇７??（ｂ）?．．．ａｔ?ｔｈｅ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ａ?ｃｅｌｌ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ??Ｃｅｌｌ－ｃｅｌｌ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ??Ｅｖｅｎｔｓ?１?＾?８??／／幻衫Ｋ??Ｈａｌｌｍａｒｋｓ?１－＊－？＊＊２?３＾?４?５?６?７?８??＊■＊＊＊＂４＾ｕ??ＴｆｉＥＮＤＳｈ?Ｍｏｂｃｔ＾Ｍｅｔｉｃｉｎｏ??图１．３连续必要的致瘤特征事件导致癌症的发生。（参考Ｆｌｏｏｒ?ｅｔａ丨．，２０１２）??通过明确几个生物学概念，我们了解了?“癌症特征”框架背后的复杂生物学逻??辑。癌症被认为是一个发展的，动态的、混杂的系统（见图１．４）。这个复杂系??统网络影响了癌细胞环境
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