乳腺癌的可变剪切事件特征与预后及免疫微环境相关性的研究

发布时间：2021-10-22 06:23

　　目的:可变剪切（Alternative Splicing,AS）已成为肿瘤发展和微环境形成的关键因素。目前迫切需要对AS事件进行全面分析及探究其在乳腺癌（Breast Cancer,BrCa）中的临床意义。方法:本研究对来自993名BrCa患者的肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据使用转录组测序（RNA Sequencing,RNA-Seq）对AS事件进行全基因组分析。然后,在BrCa组织和癌旁正常组织之间确定差异表达的可变剪切（Differentially expressed Alternative Splicing,DEAS）事件,并对DEAS事件进行功能富集分析。同时,使用生物信息学工具构建DEAS事件亲本基因相互作用网络和剪接网络和剪切调节网络。基于总生存期（Overall Survival,简称OS）和无病生存期（Disease-Free Survival,简称DFS）运用比例风险回归模型（proportional hazards model,Cox模型）方法鉴定出独立预后风险因素。此外,探究了BrCa基于独立预后风险因素可能的分子分... 

【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校

【文章页数】：58 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

（A）upset图显示BrCa七中类型剪切事件的交集；（B）七种AS事件模式的原理

硕士学位论文10图3-2染色体上AS事件及其亲本基因注释的Circos图。外圈由代表检测到的AS事件的点图，并链接到染色体中亲本基因的位置，红点代表差异表达的AS事件，蓝点代表没有差异表达的AS事件。中间的基因名字为DEAS事件亲本基因。连线表示DEAS事件的亲本基因之间的潜在相互作用。3.2DEAS事件的识别与富集分析直接比较处于不同病理状态的基因表达是筛选参与相应生物学过程的核心基因的有效方法。在许多先前的研究中，该方法已广泛用于鉴定BrCa相关功能基因[43]。同样，BrCa与癌旁正常组织之间存在表达明显不同的可变剪切事件也可能在整个BrCa过程中起着至关重要的作用。因此，我们整合了993例BrCa组织和113例癌旁正常组织的AS事件的PSI，以鉴定DEAS事件。最终，筛选出564个基因的678个DEAS事件。此外，使用基于DEAS事件的无监督分层聚类，将肿瘤和正常样品清晰地分为两个离散的组，表明筛选的DEAS事件是可信的（图3-3A）。火山图显示了高表达和低表达的DEAS事件和部分亲本基

乳腺癌的可变剪切事件特征揭示了与预后及免疫微环境相关性11因的名字（图3-3B）。尽管在BrCa队列中检测到了大量的ES事件，但在DEAS事件中ES事件只有一小部分，而AP事件占DEAS事件的39.2％。剪接模式的分布不均匀，表明在癌症发展中作用不同。异常的AS事件可能直接影响其亲本RNA的表达。显然，可变剪切事件可以通过影响mRNA的表达，从而进一步影响蛋白质的表达。接下来，我们通过生物学功能富集分析来分析DEAS事件的富集途径。图3-3（A）BrCa组织和癌旁正常组织的热图；（B）：BrCaDEAS事件的火山图，红点代表低表达或高表达的AS事件；BrCaDEAS事件亲本基因的GO分析（C）、KEGG分析（D），所选基因旁边的蓝色到红色代码表示logFC，GOterm代表与亲本基因相关的生物学行为。

【参考文献】：
期刊论文
[1]乳腺癌患者223例分子分型与新辅助化疗后MP评价的关系[J]. 沈梦露,韩记真,刘莹,成芳.  实用医学杂志. 2017(09)



本文编号：3450547