CDK12在胰腺癌中的表达及临床病理学意义
发布时间：2021-10-22 22:04
研究目的胰腺癌（Pancreatic adenocarcinoma,PAAD）是全球范围内恶性程度最高的消化道肿瘤之一,是所有恶性肿瘤中第四大死亡原因,5年生存率仅为5%。随着医疗技术发展,虽然PAAD的诊断与治疗得到了巨大的改善,但目前为止尚无治疗PAAD的特效药物。细胞周期蛋白依赖性激酶12（cyclin dependent kinase 12,CDK12）是转录相关的周期蛋白依赖性激酶之一,可使RNA聚合酶Ⅱ碳端氨基酸（carboxy terminal domain of RNA polymeraseⅡ,RNA pol II CTD）中的丝氨酸磷酸化,在多种肿瘤的发生、发展中具有重要作用。本研究检测了CDK12在胰腺癌细胞系和组织中的表达情况,分析了CDK12表达与PAAD患者临床病理特征之间的相关性及CDK12表达水平对于PAAD患者生存预后的影响,旨在为PAAD患者的辅助诊断、靶向治疗和患者预后生存的评估提供帮助。方法1生信学分析本研究通过HPA数据库分析了人体各组织、细胞中CDK12的表达水平,随后通过CCLE数据库、GENT数据库、GEPIA数据库分析了人类各肿瘤组织、细...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
CDK12在人体各组织、细胞中表达水平的分析,红色标记部分为CDK12在胰腺组织、细胞中的表达情况
兰州大学硕士学位论文 CDK12 在胰腺癌中的表达及临床病理学意义 多种肿瘤组织中高表达, 这些肿瘤主要有乳腺癌(Breast invasive carcinoma, BRCA)、急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia, LAML)、胃腺癌(Stomach adenocarcinoma, STAD)等, 而在肾嫌色细胞癌(Kidney Chromophobe, KICH)、甲状腺癌(Thyroid carcinoma, THCA)等肿瘤中 CDK12 呈低表达(如图 3-2C, 3-2D, 3-2E)。CDK12 在 PAAD 组织中表达的中位数为 12.75, 在正常胰腺组织中表达的中位数为 5.29, 与正常胰腺组织相比, CDK12 在 PAAD 中的表达增加了 2.41 倍 (结果见 3-2E)。
兰州大学硕士学位论文CDK12在胰腺癌中的表达及临床病理学意义18基因突变和CNAs分析,结果显示CDK12蛋白中存在Pkinase结构域之外的6个突变位点(如图3-3A),CDK12在不同的数据集中存在不同的突变频率,分别为4.35%(JHU),1.33%(TCGA),1.12%(TCGAPanCan2018),0.52%(QCMG2016)(如图3-3Bi)。UTSW和TCGA数据分析显示,PAAD患者中CDK12CNAs最多,主要表现为基因扩增,约占4%~6%(如图3-3Bii)。本研究还分析了168例TCGA,PanCancerAltas和149例TCGA,FirehoseLegacy的PAAD数据，结果显示胰腺癌CNAs与CDK12的表达水平密切相关(单因素方差分析,p＜0.05)(图3-3C)。图3-3cBioPortal工具分析的CDK12在PAAD中基因突变和拷贝数变化情况。图3-3A在组成CDK12蛋白的0-1490个氨基酸之间共检测到6个突变点的改变,突变类型和位置用棒状图标注;图3-3Bi柱状图表示PAAD中CDK12突变频率,图3-3Bii柱状图表示PAAD中CDK12基因拷贝数变化频率;图3-3C描述了TCGA数据库PAAD中CDK12表达与拷贝数改变的相关性,浅缺失(SD)、二倍体突变(D)、获得性突变(G)、扩增(A)。3.1.3.2CDK12在PAAD组织中mRNA水平的改变本研究通过Oncomine数据库分析了19项PAAD与正常胰腺组织CDK12mRNA表达差异性的研究,其中5项研究(GrutzmannPancreas,p=1.20E-2、LacobuzioPancreas,p=4.40E-2、SegaraPancreas,p=6.00E-3、BadeaPancreas,p=4.03E-7、PeiPancreas,p=2.15E-4)表明CDK12mRNA在PAAD组织中的表达显著高于正常组织,差异具有统计学意义(如图3-4Ai~v)。通过GEPIA数据库分析了179例PAAD和171例正常胰腺组织中的CDK12mRNA表达情况,结果显示与正常组织相比,PAAD组织中CDK12mRNA高表达(p＜0.05)(如图3-4B)。通过UCSCXena数据库我们分析了TCGA和GETX
【参考文献】：
期刊论文
[1]分子靶向时代胰腺癌综合诊治的现状与展望[J]. 张正奎,杨尹默. 中华外科杂志. 2020(01)
[2]胰腺癌诊疗规范（2018年版）[J]. National Health Commission of the People’s Republic of China;. 临床肝胆病杂志. 2019(02)
[3]胰腺癌综合诊治指南（2018版）[J]. 虞先濬,刘亮,徐华祥,武春涛,李浩. 临床肝胆病杂志. 2018(10)
[4]Histo-molecular oncogenesis of pancreatic cancer:From precancerous lesions to invasive ductal adenocarcinoma[J]. Giulio Riva,Antonio Pea,Camilla Pilati,Giulia Fiadone,Rita Teresa Lawlor,Aldo Scarpa,Claudio Luchini. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2018(10)
[5]ONCOMINE、cBioPortal和UCSC Xena的介绍,以EGFR为例[J]. 朱子清,李奇奇,赵晓娟,雷蕾. 基因组学与应用生物学. 2018(05)
本文编号：3451916
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
CDK12在人体各组织、细胞中表达水平的分析,红色标记部分为CDK12在胰腺组织、细胞中的表达情况
兰州大学硕士学位论文 CDK12 在胰腺癌中的表达及临床病理学意义 多种肿瘤组织中高表达, 这些肿瘤主要有乳腺癌(Breast invasive carcinoma, BRCA)、急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia, LAML)、胃腺癌(Stomach adenocarcinoma, STAD)等, 而在肾嫌色细胞癌(Kidney Chromophobe, KICH)、甲状腺癌(Thyroid carcinoma, THCA)等肿瘤中 CDK12 呈低表达(如图 3-2C, 3-2D, 3-2E)。CDK12 在 PAAD 组织中表达的中位数为 12.75, 在正常胰腺组织中表达的中位数为 5.29, 与正常胰腺组织相比, CDK12 在 PAAD 中的表达增加了 2.41 倍 (结果见 3-2E)。
兰州大学硕士学位论文CDK12在胰腺癌中的表达及临床病理学意义18基因突变和CNAs分析,结果显示CDK12蛋白中存在Pkinase结构域之外的6个突变位点(如图3-3A),CDK12在不同的数据集中存在不同的突变频率,分别为4.35%(JHU),1.33%(TCGA),1.12%(TCGAPanCan2018),0.52%(QCMG2016)(如图3-3Bi)。UTSW和TCGA数据分析显示,PAAD患者中CDK12CNAs最多,主要表现为基因扩增,约占4%~6%(如图3-3Bii)。本研究还分析了168例TCGA,PanCancerAltas和149例TCGA,FirehoseLegacy的PAAD数据，结果显示胰腺癌CNAs与CDK12的表达水平密切相关(单因素方差分析,p＜0.05)(图3-3C)。图3-3cBioPortal工具分析的CDK12在PAAD中基因突变和拷贝数变化情况。图3-3A在组成CDK12蛋白的0-1490个氨基酸之间共检测到6个突变点的改变,突变类型和位置用棒状图标注;图3-3Bi柱状图表示PAAD中CDK12突变频率,图3-3Bii柱状图表示PAAD中CDK12基因拷贝数变化频率;图3-3C描述了TCGA数据库PAAD中CDK12表达与拷贝数改变的相关性,浅缺失(SD)、二倍体突变(D)、获得性突变(G)、扩增(A)。3.1.3.2CDK12在PAAD组织中mRNA水平的改变本研究通过Oncomine数据库分析了19项PAAD与正常胰腺组织CDK12mRNA表达差异性的研究,其中5项研究(GrutzmannPancreas,p=1.20E-2、LacobuzioPancreas,p=4.40E-2、SegaraPancreas,p=6.00E-3、BadeaPancreas,p=4.03E-7、PeiPancreas,p=2.15E-4)表明CDK12mRNA在PAAD组织中的表达显著高于正常组织,差异具有统计学意义(如图3-4Ai~v)。通过GEPIA数据库分析了179例PAAD和171例正常胰腺组织中的CDK12mRNA表达情况,结果显示与正常组织相比,PAAD组织中CDK12mRNA高表达(p＜0.05)(如图3-4B)。通过UCSCXena数据库我们分析了TCGA和GETX
【参考文献】：
期刊论文
[1]分子靶向时代胰腺癌综合诊治的现状与展望[J]. 张正奎,杨尹默. 中华外科杂志. 2020(01)
[2]胰腺癌诊疗规范（2018年版）[J]. National Health Commission of the People’s Republic of China;. 临床肝胆病杂志. 2019(02)
[3]胰腺癌综合诊治指南（2018版）[J]. 虞先濬,刘亮,徐华祥,武春涛,李浩. 临床肝胆病杂志. 2018(10)
[4]Histo-molecular oncogenesis of pancreatic cancer:From precancerous lesions to invasive ductal adenocarcinoma[J]. Giulio Riva,Antonio Pea,Camilla Pilati,Giulia Fiadone,Rita Teresa Lawlor,Aldo Scarpa,Claudio Luchini. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2018(10)
[5]ONCOMINE、cBioPortal和UCSC Xena的介绍,以EGFR为例[J]. 朱子清,李奇奇,赵晓娟,雷蕾. 基因组学与应用生物学. 2018(05)
本文编号：3451916
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